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"Dix ans d’études sur le génome humain : d’énormes quantités de données et pas de progrès en vue" par le Dr. Mae-Wan Ho

Traduction et compléments de Jacques Hallard
mardi 27 juillet 2010 par Ho Dr Mae-Wan

Ten years of the Human Genome Reams of Data & No Progress in Sight
Les progrès dans le séquençage de l’ADN et les technologies du calcul informatique sont annoncés dans la « grande biologie » et avec une abondante prolifération des données, mais aucun progrès n’apparaît quant à la compréhension de la vie, aux questions de santé ou des pathologies : la communauté des sciences du vivant est prise entre le Charybde de la « biologie des systèmes » et le Scylla du réductionnisme
Dr. Mae-Wan Ho

Rapport ISIS 27/07/2010
La version originale en anglais, avec toutes les references est intitulée Ten years of the Human Genome ; elle est accessible par les members de l’ISIS sur le site : www.i-sis.org.uk/tenYearsOfTheHuman...
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[Un scénario imaginaire] Elle a fait atterrir doucement la capsule sur le plancher océanique. La pression d’air est réajustée avec un sifflement léger, comme un soupir de soulagement. Le AQuod est un miracle de conception technique pour les manoeuvres furtives sous-marines. Elle avait réussi à éluder les caches des gardes-côtes et des patrouilles sous-marines de la région, ainsi pouvait-elle naviguer dans la course poursuite avec une grande habileté et il n’y avait pas eu d’accrochages autour. À un moment donné, elle était à peine à quelques mètres de la carcasse d’un sous-marin géant, avant de dévier aussitôt fortement.
Alimenté électriquement à bord par un petit réacteur de faible énergie et super-simplifié, le sillage de l’Aquod dans l’eau est silencieux comme celui d’un poisson, avec pas ou très peu de turbulences dans sa trace. Non seulement il est entièrement construit en matériaux transparents aux radars, mais la surface extérieure est également équipée de caméras-vidéos avec une projection de flux continus d’images vers l’arrière, qui le rendent effectivement, à la fois, invisible dans l’eau et à partir des satellites.
Une analyse rapide de son environnement, avec l’aide des caméras, a confirmé qu’elle avait réussi à naviguer sur le côté sud de l’île, derrière les gardes-côtee en patrouille où l’entrée secrète du complexe avait été localisé.
Elle ne pouvait pas distinguer les contours peu profonds du littoral et les frondes découpées des algues s’agitaient de manière sinueuse autour de la capsule.

Rapidement, elle revêtit sa tenue ‘Skinflint’, en commençant par les jambes et les bras qui se terminaient avec un étranglement au niveau des orteils et des doigts ; puis elle tira le capuchon sur sa tête et assura la couverture sur sa poitrine et son ventre.
Sa tenue s’accrochait à elle comme une seconde peau qui l’isolerait contre la froide eau glaciale, la protégeant des dents, des griffes et d’ autres objets tranchants, tout en lui permettant de se déplacer comme un requin avec une vision nocturne. Après avoir vérifié que son corps nu était bien recouvert complètement, elle appuya sur un petit bouton sur son poignet gauche et elle devint instantanément invisible, y compris pour elle-même.
Elle prit une profonde inspiration avant de s’aventurer vers l’extérieur ; sa mission était de détruire le ‘Goomizon’, un supercalculateur très complexe, actuellement sous la juridiction officielle de la Commission du génome humain des Nations Unies, bien que les entreprises qui permirent la mise en place de l’installation de stockage des bases de données soient toujours maintenues sous le contrôle des affaires à visées commerciales.

La sécurité avait été renforcée depuis que les “Genome Warriors”, les "Combattants du génome" avaient juré de détruire le Goomizon après de nombreuses tentatives infructueuses, dans le but de pirater la base de données afin d’en supprimer le contenu.
Le Goomizon disposait des séquences du génome d’environ la moitié de l’espèce humaine où elles « étaient stockées, y compris les 60 millions d’êtres humains qui avaient été proposés pour la ’solution humaine finale’, parce qu’elles portaient de mauvaises combinaisons de ‘SNP’ [Polymorphisme nucléotidique simple] dans leurs génomes, dans leur propre génome ou dans celui des fils qui viendraient à être procréés par ces personnes ....

  Revenons à la réalité des célébrations plutôt discrètes

Le dixième anniversaire du séquençage du génome humaine peut difficilement se dérouler sans tambour ni trompette. Ainsi, le meilleur et le pire sont réunis une fois de plus ; bien que les célébrations, si l’on peut les qualifier en tant que telles, aient été relativement discrètes et silencieuses [1].
Les résultats obtenus ont été modestes, voire décevants, en particulier en regard des promesses faites lorsque le génome avait été dévoilé il y a dix ans à la Maison Blanche, aux Etats-Unis.
Clinton avait déclaré que les résultats [2] « allaient révolutionner le diagnostic, la prévention et le traitement de la plupart, sinon toutes les maladies humaines ». Lors d’une conférence de presse, Francis Collins, à l’époque Directeur de l’Agence du génome à l’Institut National de la Santé, avait déclaré que le diagnostic génétique des maladies serait accompli dans les 10 ans et que les traitements commenceraient peut-être à se déployer cinq ans après.
Certains d’entre nous avaient exprimé des doutes considérables quant au fait de savoir si ces promesses pourraient être tenues [3] ( Human Genome -The Biggest Sellout in Human History , ISIS TWN rapport).

  Le succès de la ’grande biologie’ dans le séquençage de l’ADN

Le grand succès accompli dans les dix ans qui viennent de s’écouler depuis la publication de la première carte du génome humain, réside dans le progrès phénoménal qui a été réalisé dans les technologies de séquençage de l’ADN. Il a fallu dix ans d’efforts internationaux qui coûtèrent des milliards de dollars pour séquencer le premier génome humain.

Aujourd’hui, cela peut être effectué en un jour, avec une seule machine pour seulement quelques milliers de dollars, a déclaré Craig Venter [4], qui a dirigé la société privée Celera, cette société qui venait de se joindre, en partant de rien, à un consortium public pour la course au séquençage du premier génome humain. Actuellement, les génomes peuvent être séquencés environ 50.000 fois plus rapidement qu’en 2000. Une partie importante de cette accélération tient au fait que le premier séquençage du génome humain peut désormais servir de référence, à partir duquel les données des nouvelles séquences peuvent être comparées.

En dehors de l’espèce humaine, les génomes séquencés atteignent plus de 3.800. Au total, 13 génomes humains complets ont été publiés, en particulier celui de l’archevêque Desmond Tutu d’Afrique du Sud [2]. En 2011, une équipe internationale s’attend à compléter la phase de production des données du programme ’1000 Genome Project’, destiné à produire des séquences assemblées de haute précision, à partir de plus de 1.000 personnes dont les ancêtres sont venus d’Europe, d’Asie et d’Afrique.

Pendant ce temps, le programme ’10.000 Genome Project’ a été lancé pour créer un "zoo génomique" - une collection des génomes de 10.000 espèces de vertébrés, environ un exemplaire de chacun des genres de vertébrés qui existent [5]. Et le Welcome Trust a annoncé une étude de la séquence de 10.000 génomes au Royaume-Uni [6], totalisant environ 1 personne sur 6.000, vivant dans ce pays, dans l’espoir de découvrir beaucoup des variantes génétiques rares qui sont importantes dans les cas de maladies humaines.

L’ouverture de la ‘big science’, la ‘grande science’ pour la biologie [2] a certainement compté parmi les grands succès de la carte du génome humain. Les autres efforts de la ‘grande biologie’ incluent le projet international HapMap (2002-2005), qui a cartographié les polymorphismes nucléotidiques simples (SNP), les points qui diffèrent souvent dans les génomes de l’espèce humaine (avec l’intention de réunir ceux-ci en groupes associés et des ensembles de groupes ou clusters, ou encore ‘haplotypes’), l’Encyclopédie des éléments d’ADN (ENCODE), qui vise à identifier tous les éléments fonctionnels dans le génome humain, et le Genome-Wide Association Studies (GWAS), les Etudes associées à l’échelle du génome, pour découvrir les variations communes et importantes de l’ADN qui interviennent dans les maladies humaines.
Pour la recherche scientifique, la décision la plus importante a été de rendre librement accessibles en ligne les données concernant les séquences humaines, un effort coordonné par le Département américain de l’Énergie et le National Institutes of Health (NIH), l’Institut national de la santé des Etats-Unis [7]. Cela a contribué au séquençage du génome de Néandertal et a permis de retracer les origines de l’espèce humaine (voir encadré), tout cela ayant été tant vanté dans la presse.

Mais le plus important, sinon la plus importante contribution du génome humain à la science, à mon avis - à peine mentionné dans la presse, excepté indirectement – réside dans la disparition définitive du déterminisme génétique, à la faveur de l’épigénétique et du génome fluide, notions dans lesquelles les influences de l’environnement jouent un rôle clé dans le marquage et même dans les changements au niveau des gènes eux-mêmes [8 -11] (voir The Human Genome Map, the Death of Genetic Determinism and Beyond, un rapport de l’ISIS ; Death of the Central Dogma et d’autres articles de la série, SiS 24 ; Epigenetic Inheritance - What Genes Remember *, enfin Nurturing Nature **, une publication scientifique de l’ISIS).
* La version en français s’intitule "Hérédité épigénétique “What Genes Remember” " De quoi les gènes se souviennent-ils ? " par le Dr. Mae-Wan Ho ; elle est accessible sur le site http://yonne.lautre.net/spip.php?ar...
** La version en français s’intitule Prendre soin de la nature

Malheureusement, de gros intérêts financiers, des droits acquis et le manque d’imagination conspirent pour maintenir vivant le mythe du génome. Prenons donc le temps de faire le point sur ce qui a vraiment été atteint.

  L’histoire de l’évolution humaine à partir du génome humain

L’histoire de notre espèce a évolué, se déployant autour du séquençage du génome de Néandertal et de la cartographie de la diversité des populations humaines.

Les Néandertaliens, les proches des humains d’aujourd’hui, sont tout d’abord apparus dans les fossiles d’Europe, datés d’environ 400.000 ans, et ils vivaient dans une grande partie de l’Europe et en Asie occidentale, avant de disparaître 30.000 ans avant notre ère.

Mais l’analyse du génome de Néandertal, récemment séquencé, a montré que son génome est plus étroitement lié aux génomes d’Asie, d’Europe et de la Papouasie-Nouvelle-Guinée, qu’avec les génomes des pays africains. Cela donne à penser que les Néandertaliens s’étaient croisés avec les hommes modernes au Moyen-Orient après que ces derniers aient quitté l’Afrique, mais avant qu’ils ne s’étendent en Asie et en Europe [12, 13].

Le génome de Néandertal et des humains modernes sont identiques à 99,84 pour cent. Le séquençage du génome de Néandertal ne fut pas une mince affaire, car il fut extrêmement difficile d’extraire de l’ADN stérile à partir d’os fossiles, en premier lieu, et sans disposer de la séquence d’un génome humain standard, il aurait été impossible de filtrer les séquences bactériennes contaminantes. Les travaux ont été réalisés par 56 chercheurs scientifiques repartis dans 20 laboratoires.

Des chercheurs de l’Université de Stanford, en Californie aux États-Unis, ont réalisé une étude de 650.000 SNP communs chez 938 individus non apparentés, de 51 populations du monde entier : d’Afrique sub-saharienne, d’Afrique du Nord, d’Europe, du Moyen-Orient, d’Asie cenrale et du sud, d’Asie orientalede, d’Océanie et des Amériques [14].

En analysant séparément chaque génome, ils ont réussi à séparer les 938 individus dans les principaux grands groupes continentaux, qui sont compatibles avec les théories de l’archéologie et de la linguistique, et indiquant que les ancêtres de nombreuses populations de l’homme sont originaires d’Afrique (l’hypothèse "out-of-Africa"). De façon significative, la plus grande partie de la diversité génétique (88,9 à 94.percent) existe au sein des populations ou des groupes ethniques, alors que la différence entre les groupes ethniques compte pour moins de dix pour cent de la diversité génétique, ce qui ne donne aucune substance, ni aucun argument aux théories génétiques reposant sur la notion des races, et encore moins sur le racisme.

La diversité génétique des populations a été jugée la plus élevée en Afrique sub-saharienne, et elle diminue progressivement avec la distance à partir de cette zone. Cette tendance est conforme à une série d’ « effets fondateurs », dans laquelle l’expansion de la population suit les migrations successives d’un petit nombre d’individus hors de l’emplacement précédent, à partir d’une origine unique en Afrique sub-saharienne. D’autres études de moindre envergure sont parvenues aux mêmes conclusions, comme par exemple, une analyse de 525.910 SNP et de 396 loci variables pour le nombre de copies (répétitions variables dans le génome) dans un échantillon mondial de 29 populations [15].

L’étude de la diversité humaine a été entachée par une polémique qui n’a pas encore fini d’être entièrement résolue [16] (voir Celebrating the Uses of Human Genome Diversity, SiS 48).

  Ce n’est pas bon pour les affaires

Pour le magazine Fortune, cela s’est traduit par « la grande déception de l’ADN » [17]. En termes de santé humaine, le séquençage du génome humain n’a pas été à la hauteur du battage et du remue-ménage qui l’accompagnaient. En outre, l’obsession autour de l’ADN peut avoir entravé le développement d’autres approches pour comprendre et traiter les maladies. « Pour le moins, le tapage autour de l’ADN a détourné des ressources vers des efforts et des entreprises qui ont maintenant presque toutes disparues - faillites, reventes -, ou qui ont été réorientées en dehors de la génomique pure ».

Le nombre de nouveaux médicaments autorisés ont été de 25 en 2009 (contre seulement 11 en 2005), comparativement à 53 en 1996.

La plupart des tests génétiques proposés en ligne par les entreprises, telles que ‘23 and me’ et ‘Codeme’, ne sont pas validés, et même s’ils ont été validés, ils ne révèlent en général qu’un facteur de risque légèrement supérieur. Seuls, 35.000 clients ont déjà opté pour ‘23 and me’, une société qui a été largement médiatisée depuis son lancement en 2007 et que le magazine Time a dénommée en 2008 avec ses génomes personnalisés : "l’innovation de l’année".

Un éditorial paru dans la revue scientifique Nature [18] a noté que les sociétés de biotechnologie comme ‘Celera’, ‘Decode Genetics’ à Reykjavik en Islande, et ‘Human Genome Sciences’ de Rockville, ont dû repenser leurs hypothèses optimistes selon lesquelles la vente de l’information génétique humaine pourrait leur faire faire des profits. L’excitation autour des sociétés d’innovation ‘start-up’, commençant à proposer des tests génétiques personnels, a très vite disparu quand il est apparu clairement que leurs prédictions avaient peu de valeur en matière d’attrait pour l’actionnariat.

  Pas grand chose de nouveau pour la santé

En matière de santé publique pour les populations humaines, le séquençage du génome humain a-t-il été bénéfique ? La revue Nature a conclu et rapporté [18] une « réponse étonnamment honnête » … à partir de dirigeants, sur les efforts déployés dans les programmes concernés, s’accordant pour répondre « pas beaucoup ». Le journal New York Times confirme cet avis [19] : « Une décennie plus tard, les cartes génétiques n’ont abouti qu’à produire quelques traitements nouveaux ».

Francis Collins, qui était alors à la tête du consortium public pour le séquençage du génome humain et qui est maintenant directeur de l’US National Institutes of Health, l’Institut National de la Santé aux Etats-Unis, a admis cela [2] : « Les conséquences pour la médecine clinique, cependant, ont jusqu’à présent été modestes ». Malgré quelques avancées majeures, « il est juste de dire que le Projet du génome humain n’a pas encore eu de répercussions directes sur les soins de santé chez la plupart des individus ».

Néanmoins, Francis Collins a vaillamment tenté de sauver la situation [2] : « La promesse d’une révolution dans la santé humaine reste bien réelle. Ceux qui avaient en quelque sorte escompté des résultats spectaculaires du jour au lendemain sont peut-être déçus, mais il ne faut pas oublier que la génomique obéit à la première loi de la technologie : nous avons toujours surestimé les effets à court terme des nouvelles technologies et sous-estimé leurs effets à long terme ». Mais aussi, ces espoirs ont tous été déçus par les dernières et les plus récentes révélations qui sont issues des laboratoires.

Actuellement, quelque 850 sites sur le génome, la plupart d’entre eux situés à proximité de gènes, ont été impliqués dans des maladies communes, a déclaré Eric Lander [19], directeur du Broad Institute, à Cambridge, dans le Massachusetts aux Etats-Unis, et l’un des chefs de file du projet HapMap. Il croit fermement que le projet et son hypothèse motivante a fait ses preuves. Mais la plupart des sites liés à des maladies ne sont pas situés dans les gènes et ils n’ont pas de fonction connue. Certains généticiens soupçonnent même que certaines associations sont fausses.

L’équipe de recherche dirigée par Nina Paynter du Brigham and Women’s Hospital à Boston aux Etats-Unis, a examiné 101 variantes SNP qui avaient été considérées comme liées à une maladie cardiaque, en suivant 19.000 femmes pendant 12 ans [20]. Ces 101 variantes SNP dans leur ensemble se sont avérées n’avoir aucune valeur dans la prédiction de la maladie. En revanche l’histoire de la famille, s’est révélée comme étant le facteur prédictif le plus significatif, comme cela était déjà considéré avant la génomique.
Robert Weinberg, chercheur sur le cancer à l’Institut Whitehead et au MIT à Cambridge, a fait remarqué [21] qu’il y a peu de choses à montrer par rapport à tout le temps consacré et à tout l’argent investi dans les études de la génomique se rapportant au cancer.

  Révolution de la biologie ou prolifération sans fin de données

Un sondage de la Revue scientifique Nature, portant sur plus de 1.000 chercheurs scientifiques, a révélé qu’ils ont répondu que « l’espoir d’une révolution contre les maladies humaines n’est pas encore arrivé » [22]. Ce que le séquençage a apporté avec lui, c’est en fait une révolution en biologie ; 69 pour cent des personnes qui ont répondu ont déclaré que le Projet du génome humain les ont inspiré, soit pour devenir un scientifique, soit pour changer l’orientation de leurs recherches.

Quelque 90 pour cent ont déclaré que leurs propres travaux de recherche ont bénéficié du séquençage du génome humain, avec 46 pour cent qui disent qu’il a fait "beaucoup". Près du tiers d’entre eux utilisent le séquençage « presque tous les jours » dans leurs recherches. « Pour les jeunes chercheurs comme moi, il est difficile d’imaginer comment les biologistes pourraient progresser sans le séquençage », a écrit un chercheur.

Les conséquences modestes sur les sciences de la vie ne sont guère surprenantes, compte tenu des investissements énormes qui ont été consacrés aux travaux de séquençage et dans la génomique : les résultats qui en découlent tiennent à la manière dont la biologie est appréhendée. Robert Weinberg, pour sa part, est mécontent de la révolution de la biologie et de la proportion croissante des budgets nationaux de recherche des États-Unis qui sont engloutis dans la génomique et son ‘alliée’, la biologie des systèmes, au détriment de projets orientés vers des hypothèses ‘à petite échelle’.

Les plus forts impacts du séquençage du génome, selon le sondage, ont fait avancer les outils du métier, le séquençage et la bio-informatique. « Mais les "rêves de données" constituent des "cauchemars d’analyses" ».

Il y a une sorte de déception du fait que, malgré de telles quantités de données, il y a encore tellement de choses que nous ne comprenons pas, a déclaré David Lipman, directeur du National Center for Biotechnology Information à Bethesda, dans le Maryland aux Etats-Unis. L’absence de logiciels adéquats pour analyser les données, le manque de bioinformaticiens et la puissance exigée pour les calculs sont également parmi les problèmes majeurs rencontrés.

Une sorte de ’’Cloud Computing’’, ’’d’informatique nébuleuse’’, est envisagée, dans laquelle les laboratoires vont acheter une puissance de calcul et de stockage dans des établissements de calcul à distance, par l’intermédiaire des sociétés comme Google, Amazon et Microsoft. L’initiative European Nucleotide Archive, les archives européennes des nucléotides, a été lancé le 10 mai 2010 à l’European Molecular Biology Laboratory, le Laboratoire européen de biologie moléculaire, auprès de l’European Bioinformatics Institute, l’Institut européen de bioinformatique basé à Cambridge au Royaume-Uni : il offre aux laboratoires une possibilité de stockage gratuit à distance, de leurs données sur le génome et un accès à l’utilisation des outils bioinformatiques.

Les données semblent susceptibles de proliférer massivement et sans fin. Pour Todd Golub, directeur du Programme sur le cancer au Cancer Program at the Broad Institute, à Cambridge, dans le Massachusetts aux Etats-Unis, les grandes enquêtes impartiales sur la génomique constituent la voie à suivre [23].

D’autres chercheurs, non satisfaits des travaux sur l’ADN (génomes), sur les transcrits d’ARN (transcriptomes) et sur les protéines (protéomes), se demandent même quelles sont les différences que ces données apportent au phénotype ou à la morphologie et à la fonction des cellules, dans lesquelles chacun des gènes peut se trouver réduit au silence par l’ARN interférence [24].
L’uilisation de courtes séquences d’ARN, synthétisées chimiquement, destinées à interférer avec l’expression de gènes spécifiques, donne une illustration des cellules affectées par les photographies prises au cours du temps. L’enregistrement se fait en trois exemplaires sur les 67 cellules en deux jours pour chaque gène ; il existe environ 21.000 gènes dans le génome humain.

  Une complexité inimaginable

Mais c’est la complexité inimaginable et enchevêtrée de la génétique moléculaire qui fait en fin de compte abandonner tout espoir de relier des éléments précis de l’ADN à n’importe quelle maladie : laissons les gens seuls et tranquilles avec leur comportement, leurs personnalités ou d’autres attributs physiques et mentaux.

Juste au moment où nous avons finalement eu l’habitude de penser qu’un gène au niveau moléculaire constituait les séquences codantes (éventuellement lues comme une séquence d’acides aminés dans les protéines), avec l’action conjointe de différentes régions régulatrices pour démarrer et arrêter les processus ; tout cela permettrait de déterminer dans quelle mesure le gène est exprimé, quand, où et pour combien de temps ? Nous avons besoin de réfléchir à nouveau à tout cela.

De nouveaux résultats de recherche obtenus à partir du programme ENCODE ont révélé à quel point ces ‘gènes’ sont des petites pièces dispersées dans tout le génome, avec des imbrications avec des morceaux d’autres gènes [25].
Comme les gènes sont reliés entre eux, les fonctions le sont aussi. Plusieurs séquences d’ADN peuvent avoir la même fonction et, inversement, la même séquence d’ADN peut avoir différentes fonctions. Il est vain d’essayer de définir un gène ou une fonction séparée de tout morceau d’ADN.

C’est en fin de compte pourquoi les gènes concernant des maladies communes ne peuvent jamais être trouvés ; même chose pour le comportement ou tout autre attribut physique ou mental et psychique.

Comme exemple de la complexité inimaginable et enchevêtrée en cause, le journaliste scientifique Erica Check Hayden, écrivant dans la revue Nature [26] et qui a fait un rapport sur une seule protéine, p53 ; cette protéine a été reconnue pour supprimer le cancer en causant l’apoptose (mort cellulaire programmée). Elle s’avère en fait avoir une foule d’autres fonctions.

Des chercheurs japonais ont récemment découvert que la protéine p53 permet d’agir sur plusieurs types de petits ARN qui maintiennent la croissance des cellules en contrôle. Même avant cela, il était clair que la protéine p53 était située au centre d’un réseau dynamique de protéines, d’interactions chimiques et génétiques. Les chercheurs savent maintenant que p53 se lie à des milliers de sites dans l’ADN, et certains de ces sites sont des milliers de paires de bases très éloignées de tout gène. Elle influe sur la croissance cellulaire, sur la mort et sur la réparation de l’ADN. Elle se lie aussi à de nombreuses autres protéines, qui peuvent modifier son activité, et ces interactions protéine-protéine peuvent être réglées par l’ajout de modificateurs chimiques, tels que les phosphates et les groupes méthyle.

Grâce à l’épissage alternatif de l’ARN transcrit, la protéine p53 qui en résulte peut prendre neuf formes différentes, dont chacune a ses propres activités et ses propres modificateurs chimiques.

Les biologistes se rendent compte maintenant que la protéine p53 est également impliquée dans les processus au-delà du cancer, tels que la fertilité et le tout début du développement embryonnaire. « En fait, les biologistes semblent volontairement ignorer de tenter de comprendre la protéine p53 elle-même. Au lieu de cela, ils se sont réorientés vers l’étude du réseau de la protéine p53, représentée dans des dessins animés contenant des cases, des cercles et des flèches, qui sont censés symboliser le dédale de ces interactions », comme l’a écrit Hayden. [26].

Ainsi, le scénario décrit au début de cet article [en lettres italiques] ne va pas se produire en raison du défaut de combinaisons identifiables des SNP. Mais il y a certainement un potentiel pour que de puissants gouvernements ou des terroristes fassent un mauvais usage des données, comme par exemple, pour créer une arme biologique qui ciblerait une population présentant certains SNP et avec certaines séquences répétées ...

  Le réductionnisme de Charybde en Scylla et la stupide prolifération des données

Ironiquement, Weinberg se retrouve lui-même défenseur de la vieille approche réductionniste qui a été abandonnée pour laisser place à la ‘biologie des systèmes’ [21]. La biologie des systèmes, a-t-il dit, est constituée de moyens et de voies expérimentés et testés qui sont minés, afin de constituer et construire une science, qui est le réductionnisme ; « l’idée selon laquelle les systèmes biologiques complexes peuvent être compris par leur démantèlement, à travers leurs pièces constitutives et en étudiant chaque élément de façon isolée ». Ceci est clairement contredit par les complexités enchevêtrées des fonctions des gènes décrites ci-dessus.

Weinberg reproche aux “projets générateurs de données très abondantes“ qu’ils « n’ont pas encore abouti à un consensus clair sur la façon dont de nombreuses mutations somatiques sont nécessaires pour créer une tumeur humaine et qu’ils ne nous ont pas donné quelques percées importantes dans notre compréhension de la façon dont chaque tumeur se développe ».

La plupart des grandes entreprises ambitieuses consistent à assembler les nombreux éléments de signalisation en interaction dans les cellules individuelles à l’intérieur des schémas de câblage, surnommés “boules de poils“. « Mais ces idées ne nous ont donné que quelques aperçus conceptuels sur la question de savoir comment et pourquoi les cellules et les tissus se comportent comme ils le font ».

Il a conclu ainsi : « Les enjeux sont élevés. Les répercussions des grandes agences, pour se défausser de leurs allocations de fonds, se feront sentir pendant toute une génération. Les effets à long terme seront une incapacité croissante de nombreuses disciplines biologiques à attirer les jeunes les plus brillants et talentueux ».

Le pressentiment de Weinberg [21] résume le dilemme de la biologie, prise entre le Charybde de la prolifération des données et le Scylla de l’approche réductionniste discréditée, rejetée par la plupart des biologistes ; la voie royale de la ‘biologie des systèmes’ est largement prise pour une alternative à la biologie réductionniste [27] (voir No System in Systems Biology et d’autres articles de la même série, SiS 21)

Lorsque le projet de séquençage du génome humain a été annoncé il y a dix ans, j’ai écrit [3] : « La bio-informatique souffre de l’illusion réductrice selon laquelle la connaissance surviendra automatiquement, une fois que l’information sera complètement et totalement énumérée. La biologie moléculaire croule sous la surcharge d’informations. Ce dont nous avons besoin, c’est d’un bond vers un nouveau paradigme pour comprendre l’organisme vivant comme un tout cohérent ».

Dans le cas contraire, les recherches sur le génome humain resteront un trou noir financier qui engloutit toutes les ressources scientifiques publiques et privées, sans aucun retour, ni aux investisseurs, ni pour l’amélioration de la santé publique des nations ». Cette évaluation est encore plus pertinente aujourd’hui qu’elle ne l’était alors.

Dans le cas contraire, les recherches sur le génome humain resteront un trou noir financier qui engloutit toutes les ressources scientifiques publiques et privées, sans aucun retour, ni aux investisseurs, ni pour l’amélioration de la santé publique des nations ». Cette évaluation est encore plus pertinente aujourd’hui qu’elle ne l’était alors.

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 Définitions et compléments en français :

  Traduction, définitions et compléments :


Jacques Hallard, Ing. CNAM, consultant indépendant.
Relecture et corrections : Christiane Hallard-Lauffenburger, professeur des écoles
honoraire.
Adresse : 19 Chemin du Malpas 13940 Mollégès France
Courriel : jacques.hallard921@orange.fr
Fichier : ISIS Génétique Ten years of the Human Genome French version.2


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