"Les scientifiques veulent construire une arche de Noé pour le microbiome humain" par Carolyn Beans

Traduction & compléments par Jacques Hallard



ISIAS Biologie Santé

Les scientifiques veulent construire une arche de Noé pour le microbiome humain : le projet vise à protéger les microbes bénéfiques vivant dans et sur le corps humain

Ajout d’informations sur le microbiome en annexe

L’article d’origine de Carolyn Beans a été publié le 12 juin 2020 par Science News sous le titre « Scientists want to build a Noah’s Ark for the human microbiome  » et il est accessible sur ce site : https://www.sciencenews.org/article/scientists-want-build-noah-ark-human-microbiome

Lactobacillus bacteria

Les bactériesLactobacillus présentes dans nos intestins, et présentées ici dans une illustration informatique, ne sont que quelques-uns des nombreux résidents microbiens de l’homme qui disparaissent. Science Photo Library / Alamy Banque D’Images

[D’après Wikipédia, « Lactobacillus acidophilus est une bactérie lactique de la famille des Lactobacillaceae1,2 :

  • en forme de bâtonnet aux extrémités arrondies, de 1,5 - 6 µm de long
  • non mobile
  • apparaissant isolée, par paires ou en courtes chaînes
  • homo-fermentaire obligatoire (produisant exclusivement de l’acide lactique DL à partir du glucose, capable de fermenter l’amidon pour la majorité des souches mais incapable de fermenter les pentoses)
  • demandant les facteurs de croissance suivants : pantothénate de calcium, acide folique, niacine et riboflavine. La thiamine n’est pas nécessaire.
  • croissant à 35−45 °C pour la plupart des souches et ne croissant pas à moins de 15 °C et à plus de 45−48 °C suivant les souches
  • le pH optimum de croissance se situant à 5,5 - 6,0 ; la croissance est possible pour pH<3,5
  • anaérobie (parmi les lactobacilles c’est la moins tolérante de l’oxygène)
  • en tant que Lactobacillus, elle est Gram-positive et non sporulée
    Ce lactobacille a été isolé dans la cavité buccale et le tractus digestif de l’homme et de l’animal, et dans la flore vaginale de la femme. Il est présent dans le lait, le levain panaire et le vin1.

Il est classé parmi les probiotiques et est utilisé en cette qualité dans des laits fermentés à l’acidophilus et comme anti-infectieux intestinal dans plusieurs produits… » - Article complet sur https://fr.wikipedia.org/wiki/Lactobacillus_acidophilus ].

Suite de l’article traduit 

Notre corps héberge un vaste écosystème de bactéries, virus et champignons. Alors que les scientifiques commencent à comprendre comment ce microbiome soutient la santé humaine, les caractéristiques de la vie moderne, telles que les antibiotiques et les aliments transformés, peuvent pousser bon nombre de nos résidents microbiens vers l’extinction.

Maintenant, une équipe internationale de scientifiques veut sauvegarder la santé à long terme de l’humanité en créant une arche de Noé pour les microbes. S’inspirant du ‘Svalbard Global Seed Vault’, qui protège la diversité des plantes cultivées du monde des catastrophes, naturelles ou d’origine humaine, l’équipe propose de créer le Microbiota Vault pour préserver les collections de microbiomes humains qui pourront un jour être utilisées pour prévenir les maladies.

[D’après Wikipédia, « La Réserve mondiale de semences du Svalbard (en norvégien Svalbard globale frøhvelv, en anglais Svalbard Global Seed Vault et littéralement Chambre forte mondiale de graines du Svalbard), est une chambre forte souterraine sur l’île norvégienne du Spitzberg destinée à conserver dans un lieu sécurisé des graines de toutes les cultures vivrières de la planète et ainsi de préserver la diversité génétique. Le projet a été réalisé par l’architecte Peter W. Søderman1. Ce site a été choisi parce que le climat et la géologie du Spitzberg se prêtent parfaitement à un tel projet de conservation et que les pays scandinaves sont fortement impliqués dans ce dernier. Creusée près de la petite ville de Longyearbyen (1 900 habitants)2 dans l’archipel arctique du Svalbard à environ 1 120 km du pôle Nord, cette chambre forte est gérée par un accord tripartite entre le gouvernement norvégien, l’organisation internationale Global Crop Diversity Trust et la banque génétique nordique (une coopération des États scandinaves sous l’autorité du Conseil des ministres nordiques). La première pierre a été posée le 19 juin 2006 en présence des premiers ministres de Norvège, de Suède, de Finlande, du Danemark et d’Islande. L’inauguration officielle a eu lieu le 26 février 20083. Le 27 mars 2017, un deuxième bunker a été construit sur l’île de Spitzberg destiné à protéger des données telles que des textes, photos ou vidéos : l’Arctic World Archive4. En mai 2017, la chambre forte a été inondée, le pergélisol ayant fondu sous l’effet du réchauffement climatique, sans pour autant endommager les réserves de graines5,6… » - Article complet sur ce site : https://fr.wikipedia.org/wiki/R%C3%A9serve_mondiale_de_semences_du_Svalbard ].

Suite de l’article traduit 

Le projet est à la fois possible et prudent, une équipe d’experts indépendants dans deux entreprises basées en Suisse, EvalueScienceet ‘Advocacy’, comme cela a été rapporté le 11 juin 2020. « Si nous ne sommes qu’au début de vraiment comprendre et élucider quel est le rôle du microbiote, il est bien sûr prudent de sauvegarder au moins une partie de cette diversité avant qu’elle ne disparaisse », explique Dominik Steiger, chef directeur d’exploitation d’EvalueScience, basée à Zurich.

Des études, effectuées principalement chez l’animal, suggèrent qu’un microbe manquant ou un manque de diversité microbienne peut contribuer à un large éventail de problèmes de santé, allant de l’obésité et des troubles inflammatoires de l’intestin (SN : 10/16/17), à l’infection à C. difficile (SN : 10/24/18) et la maladie de Lou Gehrig (SN : 7/22/19).

Les chercheurs soupçonnent que de nombreuses pratiques modernes contribuent au déclin de nos partenaires microbiens bénéfiques, notamment la naissance par césarienne (SN : 9/18/19), une alimentation faible en fibres (SN : 1/15/16) et la surutilisation d’antibiotiques (SN : 31/07/15).

Photo - Le ‘Svalbard Global Seed Vault’ construit sur l’archipel norvégien du Svalbard protège la diversité des plantes cultivées du monde contre les catastrophes naturelles ou d’origine humaine. Les scientifiques proposent maintenant un coffre-fort pour le microbiote pour protéger de la même manière l’avenir du microbiome humain. RelaxedPace / iStock / Getty Images Plus

« Les populations rurales s’urbanisent et les populations traditionnelles vivant dans les savanes et dans les jungles se déplacent vers les villes », explique Maria Gloria Dominguez-Bello, microbiologiste à l’Université Rutgers au Nouveau-Brunswick, N.J., et chef de file de l’initiative ‘Microbiota Vault’. « Ce que nous constatons, c’est que nous perdons la diversité [du microbiome] et, parallèlement, qu’il existe une corrélation avec l’augmentation des maladies chroniques ».

Dominguez-Bello a travaillé avec des chercheurs locaux au Venezuela, en Bolivie, au Pérou et au Brésil, pour collecter et étudier des échantillons de selles auprès des populations autochtones de ces pays. En 2017, elle et ses collègues ont publié une étude dans la revue ‘Science’ qui montre que plus une société est industrialisée, moins son microbiome est diversifié. Aux États-Unis, la diversité intestinale de la population est près de la moitié de celle des Amérindiens les plus isolés d’Amérique du Sud, dit-elle.

Les collections de recherche de Dominguez-Bello ont été menacées à plusieurs reprises, par des troubles politiques lorsque son laboratoire était basé au Venezuela, suite à l’ouragan Sandy [le dix-huitième cyclone tropical de la saison cyclonique 2012 dans l’océan Atlantique nord] , après qu’elle eut déménagé son laboratoire à l’Université de New York.

L’idée de ‘Microbiota Vault’, proposée pour la première fois dans un article scientifique de 2018, est que les collections de microbiomes, dont beaucoup comme celles de Dominguez-Bello existent déjà dans les établissements de recherche ou de santé du monde entier, seraient conservées localement et stockées dans un coffre de sauvegarde, placé dans un emplacement politiquement stable. Le rapport de faisabilité recommande la Suisse ou la Norvège, peut-être même aux côtés ou au sein du ‘Svalbard Global Seed Vault’.

Le rapport suggère également que les spécimens pourraient être conservés par cryoconservation, en les refroidissant à des températures très basses. En guise de sauvegarde, les chercheurs devraient également envisager d’utiliser une technique de ‘freeze-drying’, moins testée et connue sous le nom de lyophilisation [La lyophilisation, ou anciennement cryodessiccation, est la dessiccation d’un produit préalablement congelé, par sublimation. Le solvant sublimé est généralement de l’eau, mais ce peut être également un alcool…]

L’initiative, gérée comme une organisation mondiale à but non lucratif, encouragerait le développement de plus de collections de microbiomes, en créant des cours pour former des chercheurs du monde entier en vue de collecter des échantillons auprès des populations autochtones de leurs régions. Dans une phase pilote, Dominguez-Bello prévoit d’accueillir un cours à Lima, au Pérou, avec des collaborateurs des universités locales, mais le calendrier est incertain en raison de la pandémie de coronavirus.

Le financement d’une telle initiative proviendrait probablement à l’origine d’entités de recherche et d’organisations philanthropiques, mais pourrait croître pour inclure une plus grande partie du financement gouvernemental une fois le projet mieux établi, explique Steiger.

« Le ‘Microbiota Vault’ semble vraiment avoir un potentiel énorme pour la santé humaine », explique Matthew Kelly, pédiatre et spécialiste de la santé mondiale à l’Université Duke, qui n’est pas impliqué dans l’initiative. Mais Kelly prévient que l’éthique du projet est complexe, et les chercheurs devront clairement communiquer avec les communautés autochtones sur les avantages, le cas échéant, de leur participation à cette recherche.

L’éthique sera une composante majeure des cours, explique Dominguez-Bello. Dans un article d’opinion publié en 2016 dans ‘Nature Microbiology’, elle et ses coauteurs déclarent que toute commercialisation résultant d’échantillons prélevés sur des peuples autochtones « devrait se faire avec les normes éthiques les plus élevées, le respect des cultures autochtones et impliquant un médiateur de leur choix, familiarisé avec les systèmes financiers et les conditions qui peuvent défendre leurs intérêts ».

De nombreuses communautés autochtones reconnaissent également les avantages potentiels pour la santé de la mise en banque de leurs microbes, car elles progressent également sur leurs territoires vers l’industrialisation, dit-elle.

[Peuples autochtones (Définition de l’UNESCO)

Dans toutes les régions du monde vivent des peuples autochtones, qui détiennent, occupent ou utilisent 22% des terres de la planète. Au nombre de 370 à 500 millions, les peuples autochtones représentent plus de la moitié de la diversité culturelle du monde ; ils ont créé et parlent la majorité des quelque 7.000 langues vivantes. Nombre d’entre eux souffrent encore de marginalisation, d’extrême pauvreté et autres violations des droits humains. En établissant des partenariats avec les peuples autochtones, l’UNESCO se propose de les soutenir en s’attaquant aux multiples difficultés auxquelles ils sont confrontés, et en reconnaissant l’importance du rôle qu’ils jouent dans le maintien de la diversité du paysage culturel et biologique du monde. L’UNESCO place les besoins des peuples autochtones parmi ses domaines d’action prioritaires. Pour plus d’informations sur les peuples autochtones, veuillez envoyer un courriel à indigenouspeoples@unesco.org

Vers une politique de l’UNESCO sur l’engagement auprès des peuples autochtones

Journée internationale des peuples autochtones

2019 Année internationale des langues autochtones

Source : https://fr.unesco.org/indigenous-peoples ].

Citations

D. Steiger and A. Heuss. Microbiota Vault feasibility study. microbiotavault.org. Published online June 11, 2020.

S.A. Smits et al. Seasonal cycling in the gut microbiome of the Hadza hunter-gatherers of Tanzania. Science. Vol. 357, August 25, 2017, p. 802. doi : 10.1126/science.aan4834.

M.G. Dominguez Bello et al. Preserving microbial diversity. Science. Vol. 362, October 5, 2018, p. 33. doi : 10.1126/science.aau8816.

M.G. Dominguez-Bello et al. Ethics of exploring the microbiome of native peoples. Nature Microbiology. June 24, 2016. doi : 10.1038/nmicrobiol.2016.97.

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Science News

Science News Internship | PhD Graduate Education at Northeastern University

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Annexe - Ajout d’informations sur le microbiome


Contenu de l’annexe :

1. Introduction d’un article de Wikipédia

2. Comment votre microbiome contrôle votre vie - 18 juillet 2019 - Vasu Appanna - Document ‘theconversation.com’

3. Définition du microbiome : un groupe de bactéries amies

4. Accès à une sélection d’articles sur Microbiome et Microbiote postés sur notre site ISIAS / https://isias.lautre.net/spip.php?page=recherche&amp ;recherche=microbiome+microbiote

1.
Introduction d’un article de Wikipédia

Le microbiome (du grec micro, «  petit  », et bios, «  vie  ») est l’« aire biotique » (aire de vie) du microbiote, le mot microbiote désignant ici les espèces autrefois regroupées sous le terme « microflore », c’est-à-dire celles qui prédominent ou sont durablement adaptées à la surface et à l’intérieur d’un organisme vivant1. Ce terme est introduit en 2001 par le généticien et microbiologiste américain Joshua Lederberg pour intégrer la notion d’une communauté écologique comprenant symbiotes, commensaux et pathogènes partageant l’espace corporel humain, dans le but de reconnaître leur fonction de déterminants de la santé et de la maladie2.

En anglais, le terme microbiome fait référence aux génomes (données génétiques) d’un microbiote. Cette définition ne semble cependant pas faire consensus parmi les auteurs français : d’après Pascale Cossart « on parle de ’microbiote’ pour désigner l’ensemble des espèces microbiennes présentes dans un environnement, et de ’microbiome’ quand il s’agit de l’ensemble des gènes présents dans ce microbiote »3.

Photo : La muqueuse de l’estomac (ici vue en coupe, au microscope) abrite certains micro-organismes, en dépit de l’extrême acidité du milieu stomacal.
L’une de ces espèces (Helicobacter pylori) joue un rôle dans l’ulcère gastro-duodénal.

Sommaire

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2.
Comment votre microbiome contrôle votre vie - 18 juillet 2019, 15:45 CEST – Auteur : Vasu Appanna {{}}(photo) Professor, Biochemistry, Laurentian University - Document ‘theconversation.com’

La compréhension du microbiome humain mènera à des percées dans le domaine des soins de santé, y compris le traitement de maladies comme le syndrome du côlon irritable. Shutterstock

Les bactéries, éléments constitutifs essentiels de tout organisme vivant, sont au centre de toutes les formes de vie sur Terre.

La mitochondrie, présente dans la plupart des organismes, et qui génère de l’énergie dans la cellule de même que le chloroplaste, un capteur d’énergie solaire situé dans les plantes, peuvent être liés à leurs ancêtres bactériens. Ces microbes spécialisés ont jeté les bases de la biodiversité.

Les microbes font partie de tous les organismes multicellulaires. Ils remplissent une myriade de fonctions essentielles à la vie, y compris la digestion des nutriments et les processus de signalisation. Les microbes qui font partie intégrante des organismes vivants sont appelés le microbiome. Le microbiome se trouve dans les créatures aussi simples que l’hydre et aussi complexes que les humains, les éléphants et les arbres.

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Un organe invisible

Les microbes jouent un rôle important dans le fonctionnement du corps humain. Le microbiome humain est composé de virus, de bactéries et de champignons vivant en colonies à l’intérieur du corps et sur la peau.

Bien que ces microbes aient toujours fait partie de l’anatomie humaine, ils n’ont été visualisés que récemment grâce à des avancées technologiques comme les outils d’imagerie moléculaire et le séquençage du génome de nouvelle génération.

Nous pouvons maintenant visualiser ces entités microbiennes au fur et à mesure qu’elles opèrent et exécutent des tâches vitales.

https://images.theconversation.com/...;;q=45&auto=format&w=754&fit=clip

« Le microbiome est le plus gros organe dont vous n’avez peut-être jamais entendu parler, pesant jusqu’à trois kilogrammes ». Microbes humains : The Power within (2018), Author provided

Le microbiome humain est l’un des plus gros organes, pesant environ deux à trois kilogrammes chez un adulte. Bien qu’il soit invisible, il manifeste sa présence avec des bruits et des odeurs occasionnels.

Le microbiome nous confère les traits uniques que nous possédons. Sa composition change au cours de notre vie, et une diminution du nombre et de la diversité de ses constituants est associée aux maladies et au vieillissement. En fait, on sait que les personnes en santé et les centenaires hébergent une plus grande diversité de partenaires microbiens que les personnes en mauvaise santé.

À chacun son microbiome

Le microbiome travaille en harmonie avec divers organes du corps et aide à son bon fonctionnement. Par exemple, les microbes vivant à la surface de la peau protègent contre l’invasion de bactéries et d’agents pathogènes opportunistes. Ces microbes aident également à cicatriser les plaies, à fortifier le système immunitaire et à produire des molécules de signalisation volatiles essentielles à la communication dans le corps et le système nerveux.

L’intestin, qui abrite la plus grande quantité de microbes, ne pourrait pas remplir son rôle sans l’assistance microbienne. Les microbes de l’intestin possèdent une variété d’enzymes dédiées à la digestion des glucides complexes et à l’extraction des nutriments des aliments que nous consommons. Une personne moyenne consomme jusqu’à 60 tonnes de nourriture au cours de sa vie. Un tube digestif dépourvu de microbes nécessiterait encore plus de nourriture, une situation dont le monde préfère se passer.

Les microbes intestinaux produisent également des vitamines comme la B12 (essentielles à l’activité métabolique), des hormones, des neurotransmetteurs et une pléthore de métabolites faisant partie intégrante des processus corporels normaux. Ils jouent également un rôle actif dans le devenir des médicaments que nous ingérons. En fait, les médicaments pris par voie orale interagissent d’abord avec le microbiome intestinal avant d’atteindre leurs cibles prévues.

Les entités moléculaires, comme les acides gras à chaîne courte, dérivées du microbiome font partie de notre processus normal de développement.

Les microbes sont uniques à la fois à l’individu et à l’endroit sur le corps où ils sont logés. Par exemple, la peau grasse du visage favorise la prolifération des propionibactéries tandis que les muqueuses du nez sont peuplées de bactéries du genre Corynebacterium. L’estomac possède des bactéries tolérantes à l’acide tandis que le côlon abrite des bactéries anaérobies.

Image 15/21 de 1000 Handshakes, un projet de cartographie bioartistique du microbiome. François-Joseph Lapointe, Université de Montréal, CC BY

À l’aube d’une révolution

Cet organe invisible est modulé par des facteurs disparates tels que l’hérédité, la géographie, l’alimentation et le mode de vie. Bien que la prise d’empreintes digitales microbiennes n’en soit qu’à ses débuts, il est clair qu’une personne vivant dans une zone urbaine abritera une communauté microbienne différente de celle d’un habitant d’une zone rurale.

Le microbiome est comme n’importe quel autre organe. La perturbation de ses composantes cellulaires -connue sous le nom de dysbiose - peut déclencher une série de maladies comme l’obésité, le syndrome du colon irritable, la dermatite et le déséquilibre neurologique. Certaines de ces maladies peuvent être guéries par l’utilisation de probiotiques et de prébiotiques conçus pour corriger le déséquilibre microbien.

Bien que ce vaste organe invisible n’ait été visualisé que récemment, l’effritement de ses fonctions, conjugué à la compréhension de ses origines, pourrait entraîner des changements majeurs dans les soins de santé, l’éducation sanitaire, la nutrition et les caractéristiques personnelles.

Livre – 1èrede couverture  : Comprendre le microbiome humain et le rôle qu’il joue dans la santé et le bien-être va révolutionner notre approche du corps et de ses soins. Springer

L’identification de chaque constituant microbien et de son rôle permettra de classer chaque individu selon son type de microbe, ce qui pourrait être aussi révolutionnaire que la découverte des groupes sanguins au XXe siècle. La prise d’empreintes digitales microbiennes entraînerait un changement sismique dans la qualité et la prestation des soins de santé.

La manipulation et l’enrichissement de certaines communautés microbiennes - appelées génie microbiologique - amélioreraient la santé, rajeuniraient les organes, iraient jusqu’à améliorer certains traits de caractère et mèneraient au développement de médicaments plus efficaces.

Les crèmes enrichies de microbes pour les maladies de la peau et les suppléments nutritionnels enrichis de microbes sont déjà régulièrement présentés comme des cures personnalisées. Le suivi des microbes et de leurs métabolites peut devenir une stratégie moléculaire courante pour identifier les individus et même leurs comportements.

Nous n’en sommes qu’à l’aube d’une révolution dans le domaine de la santé, et à l’échelle de la société toute entière.

La version originale de cet article a été publiée en anglais.

Mots clefs : santé bactéries intestin microbiote microbes

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Règles de republication – The Conversation

Source : https://theconversation.com/comment-votre-microbiome-controle-votre-vie-120387

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3.
Définition du microbiome : un groupe de bactéries amies – Communiqué askthescientists.com

Nous ne sommes jamais seuls. Des milliers de milliards de microbes amis fourmillent dans l’organisme et c’est loin d’être mauvais. Tous ensemble, ils forment le microbiome – un mot souvent entendu, mais un concept qui reste mal compris. La définition du microbiome est pourtant assez simple. C’est cette multitude de bactéries, champignons, protozoaires et virus tout juste mentionnée. La définition est simple, mais ne vous y trompez pas : le microbiome est un sujet presque inépuisable.

Si vous entendez « microbiome » pour la première fois, ne vous affolez pas. Inutile de sortir le désinfectant. Vous n’avez pas à vous sentir dégoûtant ou sale, ni à avoir des démangeaisons parce que vous êtes l’écosystème de milliers de milliards de bactéries et d’autres microbes.

Le microbiome est normal même en vivant sainement. Nombre d’études laissent entendre que cette communauté de microbes peut même jouer un rôle plus important dans la santé.

Toujours un peu mal à l’aise ? Une présentation du microbiome pourrait sans doute vous rassurer. Allons au-delà de sa simple définition et découvrons les bactéries amies.

Notions de base en bactériologie 

D’autres microbes vivent dans le microbiome, mais les bactéries, en nombre dominant, ont fait plus souvent l’objet d’études. Elles retiendront ainsi davantage notre attention dans cet article. Une information de base sur les bactéries est un excellent point de départ pour approfondir le sujet du microbiome.

Ce qu’il faut d’abord savoir des bactéries, c’est qu’elles sont en nombre incalculable. Même invisibles à l’œil nu, elles dominent pourtant la planète.

Elles forment le pourcentage le plus élevé de toutes les formes de vie sur Terre. Le poids total des bactéries est supérieur à celui de l’ensemble des êtres humains. On estime leur nombre total à cinq millions de millions de milliards de milliards. Un nombre si élevé qu’il est impossible à énoncer. Disons qu’il s’agit d’un cinq suivi de 30 zéros.

Ensuite, les bactéries sont du groupe des procaryotes. Unicellulaires, ces derniers sont dotés d’une membrane externe primitive, sans éléments cellulaires précis et sans noyau distinct. Tous les ingrédients essentiels à la vie – ADN, protéines et autres – flottent autour dans un liquide cellulaire appelé cytoplasme.

D’un groupe biologique différent, les humains, les animaux et autres formes de vie cellulaires complexes sont des eucaryotes. Chez ces organismes multicellulaires, des membranes entourent les organites (éléments de la cellule remplissant des fonctions précises) et le noyau des cellules.

L’organisme et les bactéries

Ayant acquis des notions de base en biologie, il est temps de voir les interactions des bactéries et microbes avec l’être humain. Commençons par des données arithmétiques.

Le nombre de bactéries est supérieur à celui de quoi que ce soit d’autre sur Terre, mais il en va différemment de l’organisme. On a déjà estimé que le nombre de cellules dans le microbiome était supérieur à celui dans l’organisme, selon un rapport de dix à un. Des études récentes ramènent plutôt ce rapport à environ un pour un. Même s’il s’agit du dixième de ce que l’on a longtemps tenu pour vérité, il reste que l’être humain vit avec des milliards de bactéries.

L’organisme forme des communautés où logent des bactéries et microbes d’une grande diversité. Ils sont très différents selon qu’ils résident dans la peau, le nez, la bouche, les oreilles ou les aisselles. Cette différence existe même entre bactéries et microbes vivant entre les orteils et sur d’autres parties du pied. L’intestin – auquel on pense dès que le mot « microbiome » est prononcé – peut en contenir à lui seul 40 000 de souches ou espèces différentes. En raison de la rivalité pour s’approprier espace et nourriture qu’elle installe, cette diversité est importante.

L’égoïsme caractérise les bactéries comme toutes les autres formes de vie. Elles ne vivent pas avec l’être humain par héroïsme ou compassion. L’impératif biologique d’une bactérie est d’assurer sa subsistance et celle de ses descendants. Par bonheur, l’organisme a évolué et tire parti de cet égoïsme, ce qui crée un processus où tous les partis sont gagnants (la symbiose). Les bactéries ont de la nourriture et l’organisme utilise des composés produits par les bactéries.

Cette relation plutôt productive pourrait nous inciter à qualifier les bactéries de bonnes ou mauvaises. Ce serait beaucoup trop simple, même s’il existe des cas très clairs – les bactéries pathogènes nocives. Par contre, le cas d’autres bactéries n’est pas aussi tranché, car règle générale, la plupart sont inoffensives ou légèrement bénéfiques.

La façon de voir certaines bactéries (bonnes ou mauvaises, saines ou nocives) dépend souvent de leur localisation. Une souche bactérienne peut être bénéfique dans une zone de l’organisme, en aidant à la digestion ou au bon fonctionnement immunitaire. Par contre, elle peut être nuisible ailleurs. La seule quantité de bactéries peut être problématique. Par exemple, un système immunitaire affaibli peut permettre à une souche bactérienne de se multiplier et de croître jusqu’à créer une population qui pose problème.

Par ailleurs, les bactéries ne passent pas soudainement du rôle de héros à celui de méchant. Loin de se comporter de cette façon, elles demeurent sensiblement les mêmes en tout temps : des égoïstes qui ne cessent d’essayer de se multiplier. Si elles se retrouvent au mauvais endroit, là où la symbiose est difficile, ou si le nombre de ces microbes est excessif, elles peuvent causer bien des torts.

Si les bactéries sont pour la plupart inoffensives et ne peuvent être classées comme bonnes ou mauvaises, qu’en est-il des probiotiques ? Il existe des souches bactériennes dont la recherche a montré les bienfaits dans certains cas, mais des cas rares très précis étant donné les milliards de cellules et les milliers de souches. Conséquemment, il importe de prendre des probiotiques évalués et éprouvés pour survivre dans une zone déterminée de l’organisme et procurant des bienfaits validés.

Sur la piste du microbiome

Aussitôt qu’ils entendent « microbiome », la plupart des gens pensent à l’intestin. Même si les microbes abondent dans la partie inférieure du tube digestif, d’autres communautés de bactéries diverses logent ailleurs dans l’organisme.

Découvrons à quel endroit :

  • Intestin : L’estomac héberge peu de bactéries. Comme c’est un milieu très acide peu invitant, rares sont celles qui y survivent. Situation très différente dans l’intestin, surtout parce que c’est là où la nourriture réside le plus longtemps. Le microbiome intestinal a été étudié sous tous les angles et il est donc plus facile d’identifier bon nombre des catégories bactériennes de l’intestin.
  • Parmi la multitude de microbes peuplant l’intestin grêle et le gros intestin, les plus abondants sont les bactéroidetes (une catégorie de bactéries). Les populations dans l’intestin grêle et le gros intestin sont distinctes et avec des souches différentes dominant chacun.
  • Peau : L’organe le plus volumineux de l’organisme héberge sa propre communauté de bactéries et d’autres microbes. Les pires peurs des germaphobes sont confirmées : le corps est recouvert de bactéries. Les plis et replis de la peau offrent tout l’espace voulu pour l’établissement de diverses communautés microbiennes. Il faut pourtant rappeler que la plupart des bactéries sont inoffensives en temps normal et la plupart sont classées comme actinobactéries (une autre catégorie de bactéries).
  • Bouche : Les dents, la langue, les joues, les lèvres et le palais constituent l’habitat de bactéries dont la plupart sont inoffensives ou bénéfiques. Près de 300 différentes espèces ont été trouvées dans la bouche. Et à ce jour, on ne parle que des bactéries qui portent un nom.
  • Oreilles, nez, sinus et gorge : Des bactéries arrivent à s’épanouir dans chacune de ces zones à l’environnement particulier. Elles sont regroupées ici parce qu’elles sont reliées entre elles et aussi avec celles de la bouche.
    Nous sommes loin d’avoir fait le tour de toutes les communautés bactériennes de l’organisme. Elles résident dans les organes génitaux, les poumons et en tout autre endroit où elles se sentent les bienvenues. Même si l’intestin retient davantage l’attention des chercheurs, ceux-ci étudient cependant de plus près d’autres régions de l’organisme. Ces travaux de recherche contribueront à une meilleure connaissance du microbiome et d’un plus grand nombre de ces bactéries amies.

La formation du microbiome

L’être humain est façonné par l’écosystème dans lequel il vit et il en va de même du microbiome… dont l’être humain est l’écosystème.

C’est ce qui explique le caractère unique du microbiome qui prend forme au gré de toutes les expériences que chacun vit depuis le moment de sa naissance. Que ce soit par voie naturelle ou césarienne, la naissance influe sur le microbiome du nouveau-né. Le régime alimentaire et l’environnement ont un impact sur l’organisme de l’être humain et sur les bactéries amies qui y vivent. L’âge est aussi un autre important facteur de différenciation.

Étant donné la série de variables et la grande diversité des bactéries dans l’écosystème de l’organisme, il est difficile de savoir quelles souches de bactéries « normales » ou « saines » chacun hébergera. Une configuration régulière d’un microbiome particulier serait un travail très exigeant qui demanderait beaucoup de temps. Un tel processus effectué une seule fois ne révélerait pas grand-chose. Un aperçu général du microbiome fournit toutefois suffisamment d’information pour le comprendre sans devoir énumérer des milliers de souches bactériennes.

En résumé, les bactéries coexistant avec nous sont celles qui découvrent un créneau biologique, tout en étant aussi les plus aptes à s’adapter à un milieu donné et à y survivre. Chacun est en quelque sorte aux commandes de son microbiome et nous insistons sur « en quelque sorte ». Ce n’est pas aussi simple que de choisir nos bactéries préférées, parce que beaucoup de facteurs nous échappent. Nous savons que les bonnes habitudes – un bon sommeil, l’exercice et un régime alimentaire sain – favorisent un microbiome bénéfique.

Par contre, les bactéries sont des espèces vivantes rivalisant avec des milliards de leurs semblables pour l’espace et la nourriture. Nous pouvons certes influer sur les résultats de cette compétition, mais sans cependant réussir à les fausser entièrement. Pour ces mêmes raisons, le microbiome ne cesse de changer.

L’utilité du microbiome pour l’être humain

La réponse est simple : il est très utile. La recherche dévoile de plus en plus les fonctions qu’exerce le microbiome pour l’être humain et sa santé.

Voici un exemple très révélateur : la croissance de souris élevées en l’absence d’une communauté bactérienne, c.-à-d. nées et élevées en milieu stérile, est différente de celle de souris avec un microbiome. Les souris exemptes de tout germe présentent des anomalies comportementales et d’autres problèmes de santé contrairement aux souris normales.

Règle générale, le microbiome contribue aux processus digestifs, à la fonction immunitaire, au maintien d’un poids santé, au fonctionnement du système nerveux, et plus encore. C’est là un tout autre sujet. Nous expliquerons en détail comment les bactéries amies favorisent la santé dans le prochain article de notre série sur le microbiome.

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