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"Les êtres humains peuvent être infectés par 2 autres coronavirus, communs aux animaux et aux êtres humains - Après une infection par Sars-CoV-2 (cause de la pandémie de COVID-19 et variant constamment), le risque d’être réinfecté est réduit de 97% et la durée de vie des anticorps dans l’organisme serait de 13 mois mais pas contre le variant sud-africain – Bilan de la mortalité mondiale plus lourd qu’annoncé" par Jacques Hallard

dimanche 23 mai 2021, par Rédaction d'ISIAS


ISIAS Coronavirus

Les êtres humains peuvent être infectés par 2 autres coronavirus, communs aux animaux et aux êtres humains - Après une infection par Sars-CoV-2 (cause de la pandémie de COVID-19 et variant constamment), le risque d’être réinfecté est réduit de 97% et la durée de vie des anticorps dans l’organisme serait de 13 mois mais pas contre le variant sud-africain – Bilan de la mortalité mondiale plus lourd qu’annoncé

Jacques Hallard , Ingénieur CNAM, site ISIAS – 23/05/2021

Plan du document : Introduction Sommaire Auteur


Introduction

Il est rapporté ici qu’au moins deux autres coronavirus peuvent infecter les êtres humains. La variabilité de ces virus est activement étudiée, notamment pour comprendre les mutations du virus SARS-CoV-2 rencontrées et examinées à travers le monde (Grande Bretagne, Brésil, Afrique du Sud, Japon, France, etc…), mais également pour tenir compte de la très grande variabilité de virus apparentés de la famille des coronavirus qui sont observés chez de nombreuses espèces animales.

Virologues et épidémiologistes sont préoccupés par l’émergence possible de nouvelles formes potentielles de pandémies, par le passage de ces coronavirus partagés entre les espèces animales, et potentiellement chez les êtres humains.

Par ailleurs, des résultats expérimentaux récents, obtenus au CHU de Strasbourg [Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg], ont indiqué qu’après une infection par le Sars-CoV-2 qui cause la pandémie de COVID-19 depuis 2019, le risque d’être réinfecté est réduit de 97% et que la durée de vie des anticorps dans l’organisme serait de 13 mois. Mais ces travaux montrent également – hélas ! - les limites biologiques du mécanisme : les anticorps fabriqués après une infection persistent jusqu’à 13 mois… mais qu’ils ont impuissants par exemple contre le variant apparu en Afrique du Sud ! L’efficacité à long terme des campagnes de vaccinations, menées par les autorités politiques et sanitaires au niveau mondial, est elle-même à considérer à la lumière de ces résultats.

Une démonstration supplémentaire de la grande variabilité des coronavirus vient d’être faite dans la région Nouvelle Aquitaine [Région Nouvelle-Aquitaine] en France avec la mise en évidence d’un cluster dans un quartier de la ville de Bordeaux où « 46 personnes se sont avérées positives à un rare variant d’intérêt du Covid-19 ».

Au niveau mondial la pandémie de COVID-29 s’avère avoir fait des dommages considérables ; dans son dernier rapport, l’OMS estime que « le nombre de morts liés directement ou indirectement à ce coronavirus Sars-CoV-2 s’est élevé à au moins trois millions en 2020, soit 1,2 million de décès supplémentaires par rapport aux données officielles »…. « Mais le décompte réel des morts pourrait atteindre le double ou le triple de ce chiffre », selon le Dr Samira Asma, sous-directrice générale de l’OMS chargée de la division ‘Données et analyse’ : en fait, « environ six à huit millions de décès pourraient constituer une estimation prudente », a-t-elle déclaré !

Face à la généralisation de cette pandémie, « la communauté internationale se mobilise » en particulier en Amérique latine et Carabes où un million de morts sont estimés, à comparer aux décès (en milliers de morts dénombrés) dans d’autres pays très affectés par la pandémie de COVID-19 : Etats-Unis 589, Brésil 444, Inde 291, Mexique 221, Royaume Uni 128, Italie 125, Russie 118, France 108, Allemagne 87, etc…

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Sommaire

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Image au microscope électronique d’un nouveau coronavirus de type canin isolé chez un enfant malaisien atteint de pneumonie et cultivé dans des cellules de chien. Centre d’imagerie moléculaire et cellulaire/Centre de recherche et de développement agricole de l’Ohio/Université d’État de l’Ohio.

Une équipe de chercheurs rapporte aujourd’hui que huit enfants hospitalisés pour une pneumonie en Malaisie il y a plusieurs années, présentaient des signes d’infection par un nouveau coronavirus similaire à celui trouvé chez les chiens. Seuls sept coronavirus étaient auparavant connus pour infecter l’homme, le dernier en date étant le SARS-CoV-2, à l’origine de la pandémie de COVID-19. La découverte de ce nouvel agent pathogène humain probable, ainsi que le signalement d’un coronavirus qui semble être passé du porc à l’homme il y a de nombreuses années, pourraient élargir considérablement la liste des membres de la famille virale qui constituent une autre menace mondiale.

« Je pense que plus nous chercherons, plus nous découvrirons que ces coronavirus traversent partout la barrière des espèces », déclare Stanley Perlman, virologue à l’université de l’Iowa, qui n’a pas participé à ces nouveaux travaux.

Les chercheurs n’ont pas établi de lien définitif entre ces deux nouveaux virus et la maladie humaine. Et rien ne prouve que les deux nouveaux coronavirus puissent se transmettre d’une personne à l’autre - chaque infection peut avoir été un saut sans issue vers une personne à partir d’un hôte non humain.

Mais de nombreux chercheurs s’inquiètent du fait que les virus puissent développer cette capacité chez une personne ou chez les animaux qu’ils infectent normalement. La séquence complète du génome du virus trouvé chez un patient malaisien, rapportée aujourd’hui dans ‘Clinical Infectious Diseases’, révèle une chimère de gènes provenant de quatre coronavirus : deux coronavirus canins précédemment identifiés, un connu pour infecter les chats, et ce qui ressemble à un virus porcin.

Il s’agit du premier rapport suggérant qu’un coronavirus de type canin peut se répliquer chez l’homme, et d’autres études devront confirmer cette capacité. Les chercheurs ont cultivé le virus dans des cellules tumorales de chien, mais pas encore dans des cellules humaines.

Contrairement au SRAS-CoV-2 et à d’autres coronavirus humains connus, ’nous n’avons pas de preuve évidente que cette souche [de coronavirus] particulière est mieux adaptée à l’homme en raison de sa structure en épi’, déclare la virologue vétérinaire Anastasia Vlasova de l’Université d’État de l’Ohio (OSU), à Wooster, auteure principale de l’étude. Les infections humaines dues aux coronavirus canins pourraient se produire ’à une fréquence beaucoup plus élevée que nous ne le pensions auparavant’, ajoute-t-elle. Il se peut que ce virus particulier ne se transmette pas d’une personne à l’autre, mais nous n’en sommes pas certains, avertit Mme Vlasova.

Les huit enfants dont Anastasia Vlasova et ses collègues ont étudié les échantillons de tissus, vivaient pour la plupart dans des maisons longues ou des villages traditionnels dans les zones rurales ou suburbaines du Sarawak, à Bornéo, où ils étaient probablement fréquemment exposés aux animaux domestiques et à la faune de la jungle. Ils faisaient partie des 301 patients hospitalisés pour une pneumonie en 2017-18 et les chercheurs ont analysé leurs échantillons nasopharyngés - des tissus de la partie supérieure de la gorge - pour détecter une grande variété de coronavirus humains et non humains.

Les diagnostics hospitaliers standards pour la pneumonie ou d’autres maladies respiratoires n’auraient pas détecté les coronavirus du chien et du chat. Jusqu’à récemment, personne ne recherchait ces virus chez les patients atteints de telles maladies. ’Ces coronavirus canins et félins sont partout dans le monde’, affirme M. Stanley Perlman.

La séquence complète du nouveau virus provenant des échantillons des enfants ressemble le plus à un coronavirus canin. Cependant, la séquence de sa protéine spike, qui se fixe aux récepteurs de la cellule hôte pour déclencher une infection, est étroitement liée à la séquence spike du coronavirus canin de type I et à celle d’un coronavirus porcin connu sous le nom de virus de la gastro-entérite transmissible (TGEV). De plus, une partie de la protéine du pic présente une similarité de 97 % avec le pic d’un coronavirus félin.

Il est peu probable que cette chimère soit apparue en une seule fois, mais elle est plutôt le résultat de remaniements génétiques répétés entre différents coronavirus au fil du temps. ’Il s’agit d’une mosaïque de plusieurs recombinaisons différentes, se produisant encore et encore, lorsque personne ne les recherche pour les observer. Et puis, boum !, on obtient cette monstruosité’, explique le virologue Benjamin Neuman de l’université A&M du Texas, basée à College Station.

L’animal qui a effectivement transmis le nouveau virus à l’homme pourrait être un chat, un porc, un chien ’ou un carnivore sauvage’, explique Vito Martella, virologue vétérinaire à l’université de Bari, en Italie. Il prévoit de passer au crible des échantillons fécaux stockés provenant d’enfants italiens atteints de gastro-entérite aiguë pour voir s’il peut trouver quelque chose de similaire.

Les chercheurs savaient déjà que trois sous-types de coronavirus canins se mélangent facilement avec les coronavirus félins et porcins. ’Ce qui est le plus surprenant, c’est que ces virus [animaux] peuvent effectivement causer des maladies chez l’homme’, déclare Perlman, car on s’attendrait à ce qu’ils soient dépourvus de certains des gènes importants pour s’adapter à l’homme.

Sept des huit enfants dont les tissus contenaient des séquences du virus avaient moins de cinq ans, et quatre d’entre eux étaient des nourrissons, issus pour la plupart de groupes ethniques indigènes. Chacun a été hospitalisé pendant 4 à 7 jours et s’est rétabli ensuite.

Les scientifiques divisent les coronavirus en quatre genres - alpha, bêta, gamma et delta - et le nouveau est un alpha. Il s’agit du troisième coronavirus alpha à infecter des personnes ; les deux autres provoquent des rhumes courants et la plupart des gens y sont exposés dès le début de leur vie. Ce schéma peut expliquer pourquoi seuls les enfants ont peut-être été rendus malades par ce nouveau coronavirus. Ralph Baric, virologue à l’Université de Caroline du Nord, à Chapel Hill, suggère que les adultes pourraient avoir une certaine immunité contre le coronavirus alpha nouvellement découvert, en raison de leur exposition répétée aux deux autres.

Jusqu’à présent, les coronavirus humains les plus dangereux - SRAS-CoV-1, SRAS-CoV-2 et MERS-CoV - sont les bêtacoronavirus. Les chercheurs n’ont pas vu les alphascoronavirus déclencher une épidémie de maladie grave chez l’homme, dit M. Neuman, ’mais cela ne semble pas très rassurant dans le monde sauvage des virus.’

En mars, des chercheurs de l’Université de Floride ont rapporté dans un preprint sur ‘medRxiv’ la première preuve de la présence d’un coronavirus delta porcin qui infecte les humains, dans le sérum de trois enfants haïtiens qui ont eu de la fièvre en 2014-15. Les chercheurs ont transféré les échantillons de sérum dans des cellules de singe et ont pu cultiver des virus qu’ils ont fait correspondre, génétiquement, à des coronavirus porcins connus. (Les travaux ont été soumis à une revue à comité de lecture).

On pensait autrefois que les coronavirus delta n’infectaient que les oiseaux. Puis, en 2012, un coronavirus delta a infecté des porcs à Hong Kong. Il ’semble être passé des oiseaux chanteurs’, explique Linda Saif, coronavirologue à l’OSU, qui a isolé le virus dans des cultures cellulaires de porcs.

Le même virus a provoqué une importante épidémie mortelle de maladie diarrhéique chez des bébés porcs aux États-Unis en 2014. Depuis, il a été démontré qu’il infecte des lignées cellulaires d’humains, de porcs et de poulets ; des études en laboratoire ont montré que le virus provoque une infection persistante et une maladie diarrhéique lorsqu’il est introduit dans la volaille. ’Il est à part, un virus de type ‘champ gauche’ qui infecte à la fois les espèces aviaires et les mammifères’, explique Baric. ’Il n’y a pas d’autres coronavirus qui, à ma connaissance, peuvent faire cela’.

Certains virologues ont qualifié le coronvirus delta de Hong Kong de menace de pandémie. Le virus haïtien est très différent et les virologues veulent tester les enfants et les adultes locaux pour détecter les anticorps contre ce virus. Si sa capacité à infecter des personnes est confirmée, il pourrait également être considéré comme une menace de pandémie, selon M. Saif.

Ensemble, les deux rapports soulignent l’importance des maladies animales dans la santé publique et la nécessité de vaccins contre le coronavirus pour les animaux domestiques. ’Cette recherche montre clairement que d’autres études sont désespérément nécessaires pour évaluer les questions essentielles concernant la fréquence de la transmission inter-espèces [du coronavirus] et le potentiel de propagation inter-humaine’, déclare Baric.

Gregory Gray, de l’université Duke, auteur principal de l’étude sur le coronavirus chimérique malaisien, préconise également une surveillance des patients atteints de pneumonie dans les zones connues pour être des points chauds pour les nouveaux virus ou dans les lieux où de grandes populations d’animaux et d’humains se mélangent, comme les marchés d’animaux vivants et les grandes exploitations agricoles. ’Ces retombées prennent des années’, explique M. Gray. ’Ce n’est pas comme dans les films. Ils passent par différentes étapes pour infecter les humains’. Jusqu’à présent, les indications sont que le virus chimérique n’a pas évolué pour se transmettre efficacement entre les personnes.

Le rapport COVID-19 de ‘Science’ est soutenu par la Fondation Heising-Simons

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Forget throat swabs : Dutch company claims its breathalyzer can help sniff out COVID-19

Scientists tracking coronavirus variants struggle with global blind spots

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Posté dans : Health Plants & Animals Coronavirus - doi:10.1126/science.abj5504

Anthony King - Anthony King is a freelance science journalist based in Dublin. Anthony King est un journaliste scientifique indépendant basé à Dublin.

Sciencehttps://www.sciencemag.org/(American Association for the Advancement of Science)

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© 2021 American Association for the Advancement of Science. All rights Reserved. AAAS is a partner of HINARI, AGORA, OARECHORUS, CLOCKSS, CrossRef and COUNTER. Source : https://www.sciencemag.org/news/2021/05/two-more-coronaviruses-can-infect-people-studies-suggest

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  • Covid-19 : la recherche française mobilisée - « Comment lutter contre la variabilité des virus ? Comprendre la mutation du virus SARS-CoV-2 » Frédérique Vidal - 1ère publication : 25.01.2021 - Mise à jour : 11.03.2021

    Site Covid-19 : la recherche mobilisée

Diffusion du #4 webinaire mercredi 27 janvier à 17h45 sur les réseaux sociaux du ministère avec Yazdan Yazdanpanah et Sylvie Van Der Werf. Communiqué - 1ère publication : 25.01.2021 - Mise à jour : 11.03.2021

Le ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation a lancé mercredi 16 décembre 2020 une plateforme d’information grand public pour tout savoir sur la recherche dans la lutte contre la Covid-19. En complément de cette plateforme, la ministre Frédérique Vidal a souhaité faire intervenir de nombreux scientifiques ou responsables reconnus pour leur expertise sur des sujets qui font l’actualité et dans des formats pédagogiques et accessibles au plus grand nombre et notamment des webinaires.

Le prochain webinaire sera diffusé en direct sur les réseaux sociaux du ministère (Facebook, Twitter), ce mercredi 27 janvier à 17h45. Il réunira Yazdan Yazdanpanah, directeur de l’ANRS maladies infectieuses émergentes, professeur de maladies infectieuses et tropicales à l’hôpital Bichat Claude Bernard et à l’Université de Paris, Sylvie van der Werf, directrice du CNR virus des infections respiratoires, directrice du département de virologie de l’Institut Pasteur et professeur à l’Université de Paris, ainsi que Camille Galy et Youenn Madec, étudiants en journalisme à la Sorbonne Nouvelle, sur le thème d’actualité suivant : « Comment lutter contre la variabilité des virus ? Comprendre les mutations du virus SARS-CoV-2 ».

Pour rappel, plusieurs webinaires ont déjà été diffusés :

  • #1 webinaire : « Mieux comprendre la recherche autour des vaccins » avec Gilles Bloch, président de l’Inserm et Marine Lorphelin, interne en médecine ;
  • #2 webinaire : « Virus dans les eaux usées : un temps d’avance ? » avec Yvon Maday, Professeur de Mathématiques Appliquées de classe exceptionnelle à Sorbonne Université et à l’Institut Universitaire de France, Laurent Moulin, Responsable du Département R&D chez Eau de Paris, le Contre-amiral Patrick Augier, commandant le bataillon de marins-pompiers de Marseille et Elodie Chabrol, influenceuse scientifique ;
  • #3 webinaire : « Où en est-on des traitements antiviraux contre la Covid-19 ? » avec Sandrine Belouzard, virologue et chercheuse au CNRS ainsi que Marie, vulgarisatrice scientifique sur la chaîne YouTube La boîte à curiosités.
    D’autres rendez-vous continueront d’être proposés deux fois par mois pour permettre à chacun de s’informer et d’échanger avec des scientifiques sur des sujets qui font la une de l’actualité en lien avec la recherche sur la Covid-19.

Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche

LOGO MESRI | Université de Paris

Source : https:///cid157487/www.enseignementsup-recherche.gouv.fr/cid157487/-comment-lutter-contre-la-variabilite-des-virus-comprendre-la-mutation-du-virus-sars-cov-2.html ou https://twitter.com/sup_recherche/status/1354393552680316930

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Issue {{}} Med Sci (Paris) Volume 19, Number 8-9, Août-Septembre 2003
Page(s) 885 - 891
Section Repères : Perspective/Horizons
DOI https://doi.org/10.1051/medsci/20031989885
Published online 15 August 2003


Med Sci (Paris) 2003 ; 19 : 885–891

SRAS : 1. Le virus

SARS-Cov : 1. The virus

Isabelle Tratner*

médecine/sciences, Faculté Xavier-Bichat, 16, rue Henri Huchard, 75018 Paris, France

* tratner@bichat.inserm.fr


Résumé

L’agent infectieux responsable de la transmission du SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère) est un coronavirus. Ces virus ont fait l’objet d’une abondante littérature, surtout du fait des maladies qu’ils induisent dans certaines espèces animales d’élevage et des problèmes socio-économiques qui en découlent. Chez l’homme, les deux souches de coronavirus prototypes, nommées 229 E et OC43, sont responsables d’environ 30% des rhinites virales. Bien que ces maladies soient bénignes, certains auteurs notaient, dès 1998, que « la capacité d’évolution et d’adaptation des coronavirus est importante et peut engendrer l’apparition de variants dont le pouvoir pathogène serait modifié en faveur du virus ». On se félicite aujourd’hui des données accumulées - matériel qui ne peut qu’accélérer la mise au point d’une lutte efficace contre cette nouvelle pandémie. Le séquençage complet de plusieurs isolats du SARS-CoV (severe acute respiratory syndrome coronavirus) issus de malades atteints du SRAS met en évidence les similitudes et les différences entre ce nouveau virus et les souches de coronavirus préalablement caractérisées.

© 2003 médecine/sciences - Inserm / SRMS


Qui sont les coronavirus ?

Les coronavirus sont des virus sphériques enveloppés, de 60 à 220 nm de diamètre, dont la structure, en partie encore hypothétique, comporterait une nucléocapside hélicoïdale à l’intérieur d’une capside de structure icosahédrique, ellemême entourée d’une enveloppe membranaire (Figure 1) [
1
4]. Ils ont été nommés d’après leur aspect en couronne en microscopie électronique (Figure 2).

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Figure 1.Structure des coronavirus. A. Représentation schématique d’une particule virale. L’enveloppe est formée des protéines S (spike), M et M’ (membranaires) et E (enveloppe). La nucléocapside (NC), formée par l’ARN génomique associé à la protéine N, est contenue dans la capside, elle-même entourée de l’enveloppe. B. Structure schématique de l’ARN génomique et des ARN subgénomiques d’un coronavirus prototype. L’ARN génomique (brin +) code pour les protéines d’enveloppe et de nucléocapside ainsi que pour la réplicase, transcrite à partir de l’ORF (open reading frame) 1a puis de l’ORF 1b par changement de phase de lecture. La polyprotéine produite par l’ORF 1a/1b est ensuite protéolysée en diverses protéines qui forment le complexe réplicatif. Les protéines structurales S, M, N et E sont traduites à partir de la première phase de lecture (en vert) des ARNm initiés en aval dans la séquence génomique du coronavirus. À l’extrémité 5’ des ARN, une séquence 5’-leader est présente, identique à l’extrémité 5’ de l’ARN génomique (boîte rouge). AAA = polyadénylation (d’après [5]).

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Figure 2.Aspect d’un coronavirus en microscopie électronique. Le nom coronavirus provient de l’aspect en couronne des spicules qui sont formées par la protéine S à la surface de l’enveloppe virale (photo, Pierre Lebon).

Tableau I.

Situation mondiale le 17 juin 2003 (données OMS : http://www. who.int/csr/sars/country/en/).


Biologie moléculaire


Coronavirus connus

Leur génome est constitué d’un ARN linéaire simple brin, non segmenté, de polarité positive (qui peut donc être directement traduit en protéine), d’environ 30 kb (le plus grand des virus à ARN) [4] et qui code pour 7 à 10 protéines. Certaines de ces protéines sont bien caractérisées comme la réplicase et les protéines structurales N (nucléocapside), S (spike), E (enveloppe, aussi appelée sM) et M et M’ (membrane), ainsi que la protéine de surface HE (haemagglutinin esterase) qui n’est présente que chez certains coronavirus. La protéine N est une nucléoprotéine qui s’associe à l’ARN pour former la nucléocapside. La protéine S, comme la protéine E, est une protéine de l’enveloppe. Glycoprotéine de grande taille (de 1 100 à 1 450 acides aminés), elle forme des extensions (spicules) à la surface de la particule virale et est responsable de l’attachement à la cellule hôte et de la fusion membranaire lors de l’infection, ainsi que de l’induction d’anticorps neutralisants. La protéine M est la protéine majoritaire de la capside, mais elle est également insérée dans l’enveloppe où elle interagit avec la protéine S, et présente au niveau de la nucléocapside où elle interagit avec la protéine N. La protéine M’ serait une protéine M modifiée. Le gène de la réplicase code pour une protéine présomptive de 740 à 800 kDa qui présente des homologies de séquence avec diverses protéines (protéases, ARN polymérase dépendante de l’ARN, facteur de croissance et protéine à doigt de zinc) qui sont produites par coupure protéolytique du produit de traduction primaire.


SARS-CoV

Deux équipes, l’une américaine [
2] et l’autre canadienne [
3], ont réalisé le séquençage complet du génome des coronavirus isolés à partir des prélèvements réalisés sur des patients atteints de SRAS. Les deux séquences ne varient que par une dizaine de bases sur 29 000. La séquence confirme l’appartenance du virus au groupe des coronavirus, mais diffère de celle des deux coronavirus humains connus. On y retrouve les gènes codant pour les protéines de structure, pour la réplicase et une dizaine de cadres de lecture codant pour des protéines qui ne présentent aucune homologie de séquences avec des protéines déjà caractérisées. Le gène de la protéine de surface HE est absent du génome du SARS-CoV. La comparaison de séquence avec les réplicases et les protéines N, M, S et E des coronavirus déjà connus produit des pourcentages d’identité qui varient de 20 à 50 % et place le SARS-CoV dans un nouveau groupe qui ne semble pas avoir évolué à partir d’un coronavirus déjà connu (Figure 3).

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Figure 3.Arbre phylogénétique simplifié des différents coronavirus connus. Les coronavirus sont subdivisés en trois groupes sur la base des propriétés antigéniques et des homologies de séquences. Le SARS-CoV n’appartient à aucun des groupes déjà identifiés (d’après [2, 3, 5]). TGEV, transmissible gastroentritis virus ; PEDV, porcine epidemic diarrhea virus ; FIPV, feline infectious peritonitis virus ; FECV, feline enteric coronavirus ; CCV, canine coronavirus ; BCV, bovine coronavirus, MHV, murine hepatitis virus ; HEV, hemagglutinating encephalomyelitis virus ; SDAV, sialodacryoadenitis virus ; SARS-CoV, severe acute respiratory syndrome coronavirus ; IBV, infectious bronchitis virus ; TCV, turkey coronavirus


Cycle infectieux


Coronavirus connus

Le virus se réplique dans le cytoplasme des cellules infectées (Figure 4). Le génome viral pénètre dans le cytoplasme par endocytose et/ou fusion membranaire. À partir de l’ARN génomique, une polymérase est traduite qui synthétise, par un mécanisme encore mal connu, un brin d’ARN de polarité négative. Celui-ci servira de matrice pour la production d’ARN messagers codant pour les différentes protéines de capside, et d’ARN génomiques qui seront ensuite encapsidés. Les particules virales sont transportées et relarguées à la surface des cellules via l’appareil de Golgi.

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Figure 4.Cycle infectieux d’un coronavirus. L’ensemble du processus de réplication virale a lieu dans le cytoplasme. Après interaction des protéines S avec des récepteurs cellulaires et fusion membranaire, l’ARN génomique viral introduit dans le cytoplasme donne naissance, par traduction, à la réplicase qui porte l’activité polymérase. La polymérase permet la production d’ARN génomique et d’ARNm codant pour les différentes protéines structurales du coronavirus. L’ARN génomique s’associe à la protéine N pour former la nucléocapside. Les particules virales sont assemblées et excrétées de la cellule via le réticulum endoplasmique rugueux (RER) et dans l’appareil de Golgi. La séquence 5’-leader à l’extrémité 5’ des ARN est représentée en rouge. AAA : polyadénylation


SARS-CoV

La protéine de nucléocapside N du SARS-CoV contient une séquence riche en acides aminés basiques qui est absente de tous les autres coronavirus connus et qui pourrait être un signal de translocation nucléaire. Il est possible que cette protéine ait acquis une nouvelle fonction nucléaire qui pourrait expliquer le pouvoir pathogène de ce virus [3].


Hôtes et maladies


Coronavirus connus

Virus à tropisme multiple (respiratoire, entérique, neurologique et hépatique), les coronavirus infectent les vertébrés, oiseaux et mammifères. Chez l’homme, ils seraient responsables de 10 à 30 % des rhumes (en deuxième position après les rhinovirus). Ils provoquent des infections touchant tout l’arbre respiratoire [
6] et ont été incriminés, chez l’enfant, dans des entérocolites nécrosantes. Des coronavirus induisent des pathologies chez le chat (péritonite infectieuse féline), chez le chien et le porc (gastro-entérite) et chez les oiseaux et volailles (affections respiratoires).

L’ensemble des coronavirus connus est classé en trois groupes sur la base des propriétés antigéniques (Figure3). Les deux coronavirus humains prototypes, 229 E et OC43, appartiennent à deux groupes différents (1 pour 229 E et 2 pour OC43).


SARS-CoV

Pour identifier le virus responsable du SRAS, les tissus et sécrétions biologiques de personnes atteintes de la maladie ont été soumis à un dépistage immunohistochimique pour la présence de micro-organismes pathogènes bactériens, viraux et fongiques connus [
7
9]. Des résultats négatifs ont été obtenus dans tous les cas, y compris avec les anticorps dirigés contre les coronavirus des groupes 1, 2 et 3. L’ensemble des analyses immuno-histochimiques et génomiques converge donc pour placer le SARS-CoV dans un nouveau groupe de coronavirus indépendant des trois groupes déjà caractérisés (Figure 3).


Récepteurs cellulaires


Coronavirus connus

Des récepteurs cellulaires responsables de l’interaction avec la protéine S des coronavirus ont été identifiés pour plusieurs souches de coronavirus. Les virus du groupe 1 (dont l’HCoV 229 E) utilisent l’aminopeptidase N comme récepteur, une métalloprotéase présente à la surface des cellules épithéliales de l’intestin, du poumon et du rein [
10]. D’autres coronavirus, dont l’HCoV OC43, interagissent avec les résidus de type acide sialique sur les glycoprotéines cellulaires via la protéine de surface HE, présente chez les virus du groupe 2 [
11]. Des données récentes obtenues in vitro sur un coronavirus à tropisme gastro-intestinal suggèrent que ces deux types d’interactions pourraient être nécessaires à l’infection des cellules de l’épithélium intestinal in vivo [
12]. Le complexe majeur d’histocompatibilité de classe I a également été décrit comme récepteur de l’HCoV OC43 [
13].


SARS-CoV

La faible homologie entre les protéines S du SARS-CoV et des autres coronavirus connus (20 à 27%) ne permet pas d’émettre d’hypothèses quant au type de récepteur cellulaire impliqué dans l’infection par ce nouveau coronavirus. On note cependant l’absence du gène codant pour la protéine HE chez le SARS-CoV.


Une exceptionnelle capacité de mutation et de recombinaison



Coronavirus connus

Les coronavirus, comme de nombreux autres virus à ARN, présentent une variabilité génétique importante. Elle est à la fois la conséquence de l’absence d’activité de correction d’erreur de l’ARN polymérase responsable de la réplication de leur matériel génétique et d’une fréquence élevée de recombinaison. Dans le cas du coronavirus murin MHV (mouse hepatitis virus), la recombinaison peut survenir avec une fréquence de 1,3 % pour 1300 nucléotides, et atteindre ainsi 25% pour l’ensemble du génome [
14]. Des événements de recombinaison ont également été observés lors de la co-infection d’oeufs fécondés avec deux souches de coronavirus aviaires [
15]. Cette variabilité génétique a été dans le passé la cause d’un changement de tropisme d’une souche de coronavirus porcin [
16]. In vitro, la seule modification d’un acide aminé dans la région aminoterminale de la protéine S a permis de modifier le tropisme d’une souche de coronavirus porcin qui, de gastroentérique et respiratoire, est devenu exclusivement respiratoire [
17].


SARS-CoV

La séquence des protéines prédite à partir du séquençage complet du génome du SARS-CoV n’est pas en faveur de son émergence par mutation ou recombinaison de coronavirus connus. Les pourcentages d’homologies caractérisés sont faibles et s’appliquent à des domaines dispersés au sein des protéines. Les données actuellement disponibles suggèrent que le SARS-CoV pourrait être issu soit d’un coronavirus humain non pathogène, et de ce fait jamais identifié, soit du franchissement de barrière d’espèce par un virus non caractérisé.


Diagnostic et traitements


Diagnostic

Dès avril 2003, l’hypothèse qu’un coronavirus serait l’agent infectieux responsable du SRAS était proposé par trois équipes différentes ayant utilisé des approches expérimentales similaires [79,
18]. Après infection de cellules en culture par des prélèvements issus de cas avérés de SRAS, l’observation en microscopie électronique des cellules infectées suggérait la présence d’un coronavirus. L’amplification par RT-PCR aléatoire, puis le séquençage d’un fragment d’ADN spécifique des cellules infectées a confirmé l’appartenance du virus isolé au groupe des coronavirus. L’ARN de ce virus est présent dans les différents types de prélèvements analysés (sécrétions respiratoires, urine, selles et biopsies) pour la plupart des patients étudiés. On observe également la présence d’anticorps contre ce nouveau virus chez les patients infectés. La disponibilité de la séquence complète du virus va permettre d’affiner les analyses par RT-PCR qui sont pour l’instant les seuls outils diagnostiques fiables et rapides, dans l’attente du développement éventuel d’anticorps sensibles et spécifiques.


Mode de transmission

Chez le chat, le chien et le porc, la transmission de la maladie est principalement de type oro-fécal. La maladie à tropisme pulmonaire est transmise par inhalation d’aérosol, par contact direct avec une personne infectée ou indirectement par des objets contaminés. Une étude réalisée au sein du personnel soignant du Queen Mary Hospital de Hong Kong indique que le port du masque est l’élément le plus déterminant dans la protection contre une infection par le SRAS et suggère donc que l’inhalation d’aérosol serait le mode de transmission majeur de la maladie [
19].


Traitements utilisés

Les traitements établis empiriquement [
20] sont les traitements généralement utilisés pour les pneumopathies : antiviraux et antibiotiques à large spectre accompagnés de corticostéroïdes pour réduire la réaction inflammatoire qui peut être dévastatrice lors de charges virales importantes. L’efficacité de ces traitements n’est pour l’instant pas démontrée. En particulier, l’utilisation comme antiviral de la ribavirine, un nucléoside analogue de la guanosine, est très controversée au vu de ses effets secondaires potentiels (anémie hémolytique, effet tératogène), alors que les premiers essais in vitro n’indiquent pas d’efficacité de cette molécule ni sur la réplication du virus, ni sur sa propagation d’une cellule à l’autre.


Perspectives thérapeutiques

Il existe des vaccins contre les coronavirus pour les animaux de compagnie ou d’élevage, mais aucun chez l’homme, la pathologie ayant été jusqu’à ce jour bénigne. Ces vaccins sont de type virus inactivé. Des essais thérapeutiques en cours - rapportés par la presse - utiliseraient le sérum de patients guéris de la pneumopathie atypique pour traiter des malades résistants à l’association antiviraux/ corticostéroïdes [
21]. Les premiers résultats seraient encourageants (70% des 70 patients traités auraient quitté l’hôpital), mais des cohortes plus importantes devront être traitées avant de substituer ce traitement au protocole en cours. Par ailleurs, il existe des inhibiteurs puissants et spécifiques de l’interaction avec l’aminopepidase N, récepteur cellulaire de certains coronavirus, dont l’action sur les cellules infectées par le SARS-CoV pourra être testée. D’autres inhibiteurs de l’infection par les coronavirus ont pour cible la principale protéase virale (3CLpro) qui contrôle le clivage du produit de traduction du gène de la réplicase. Les premières modélisations structurales réalisées sur la protéase du SARS-CoV indiquent une importante conservation de la structure du site de fixation du substrat et permettent d’espérer que les inhibiteurs existants pourront être utilisés dans la lutte contre le SRAS [
22].


Conclusions

Moins d’un an s’est écoulé depuis l’apparition de cette nouvelle maladie dans la province du Guangdong au sud de la Chine. Durant cette courte période, au moins 8000 personnes ont été atteintes par la maladie dans 32pays différents et plus de 700 en sont mortes. Dans le même temps, l’agent infectieux principal a été identifié et son génome séquencé. L’épidémie semble aujourd’hui circonscrite dans la plupart des foyers majeurs. La situation reste cependant préoccupante, en particulier concernant une possible expansion aux pays en voie de développement, incapables d’assurer les mesures sanitaires propres à enrayer l’épidémie, comme c’est peut-être déjà le cas dans certaines provinces chinoises. De nombreuses questions restent posées : le coronavirus est-il le seul agent pathogène impliqué ou la gravité des symptômes dépend-elle de l’association avec d’autres agents infectieux (paramyxovirus ou bactérie de type Chlamydiae) qui ont été identifiés chez une proportion significative de malades atteints du SRAS ? Quels sont les modes précis de transmission ? Et surtout quelle est l’origine de ce nouveau coronavirus pathogène pour l’homme ? Au-delà de cette dernière interrogation, force est de constater qu’il faut s’attendre à l’avenir à l’émergence de nouvelles maladies infectieuses que les moyens modernes de communication et les mouvements des populations pourront propager rapidement à l’ensemble de la planète. La « mondialisation » devra aussi être sanitaire et médicale.

https://www.medecinesciences.org/articles/medsci/full_html/2003/07/medsci2003198-9p885/medsci2003198-9p885-img1.jpg


Remerciements

Je remercie vivement le Dr Astrid Vabret pour ses commentaires et suggestions.


Références


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    Liste des tableaux

Tableau I. Situation mondiale le 17 juin 2003 (données OMS : http://www. who.int/csr/sars/country/en/). Dans le texte


Liste des figures

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Figure 1.Structure des coronavirus. A. Représentation schématique d’une particule virale. L’enveloppe est formée des protéines S (spike), M et M’ (membranaires) et E (enveloppe). La nucléocapside (NC), formée par l’ARN génomique associé à la protéine N, est contenue dans la capside, elle-même entourée de l’enveloppe. B. Structure schématique de l’ARN génomique et des ARN subgénomiques d’un coronavirus prototype. L’ARN génomique (brin +) code pour les protéines d’enveloppe et de nucléocapside ainsi que pour la réplicase, transcrite à partir de l’ORF (open reading frame) 1a puis de l’ORF 1b par changement de phase de lecture. La polyprotéine produite par l’ORF 1a/1b est ensuite protéolysée en diverses protéines qui forment le complexe réplicatif. Les protéines structurales S, M, N et E sont traduites à partir de la première phase de lecture (en vert) des ARNm initiés en aval dans la séquence génomique du coronavirus. À l’extrémité 5’ des ARN, une séquence 5’-leader est présente, identique à l’extrémité 5’ de l’ARN génomique (boîte rouge). AAA = polyadénylation (d’après [5]).
Dans le texte

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Figure 2.Aspect d’un coronavirus en microscopie électronique. Le nom coronavirus provient de l’aspect en couronne des spicules formées par la protéine S à la surface de l’enveloppe virale (photo, Pierre Lebon).
Dans le texte

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Figure 3.Arbre phylogénétique simplifié des différents coronavirus connus. Les coronavirus sont subdivisés en trois groupes sur la base des propriétés antigéniques et des homologies de séquences. Le SARS-CoV n’appartient à aucun des groupes déjà identifiés (d’après [2, 3, 5]). TGEV, transmissible gastroentritis virus ; PEDV, porcine epidemic diarrhea virus ; FIPV, feline infectious peritonitis virus ; FECV, feline enteric coronavirus ; CCV, canine coronavirus ; BCV, bovine coronavirus, MHV, murine hepatitis virus ; HEV, hemagglutinating encephalomyelitis virus ; SDAV, sialodacryoadenitis virus ; SARS-CoV, severe acute respiratory syndrome coronavirus ; IBV, infectious bronchitis virus ; TCV, turkey coronavirus
Dans le texte

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Figure 4.Cycle infectieux d’un coronavirus. L’ensemble du processus de réplication virale a lieu dans le cytoplasme. Après interaction des protéines S avec des récepteurs cellulaires et fusion membranaire, l’ARN génomique viral introduit dans le cytoplasme donne naissance, par traduction, à la réplicase qui porte l’activité polymérase. La polymérase permet la production d’ARN génomique et d’ARNm codant pour les différentes protéines structurales du coronavirus. L’ARN génomique s’associe à la protéine N pour former la nucléocapside. Les particules virales sont assemblées et excrétées de la cellule via le réticulum endoplasmique rugueux (RER) et dans l’appareil de Golgi. La séquence 5’-leader à l’extrémité 5’ des ARN est représentée en rouge. AAA : polyadénylation
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Si les coronavirus se sont retrouvés sur le devant de la scène avec la Covid-19, cette famille de virus est connue depuis longtemps, notamment pour les maladies qu’elle provoque chez les animaux. Celles-ci sont variées mais atteignent principalement les systèmes respiratoires et digestifs. Ces vingt dernières années, les coronavirus ont été responsables chez l’Homme de trois épidémies à syndromes respiratoires aigus sévères : le Sars-CoVS en 2003, le Mers-CoV en 2012 et enfin le Sars-Cov2 en 2019. Ces trois virus émergents ont tous pour ancêtre des virus isolés chez différentes espèces de chauves-souris. Ils ont vraisemblablement franchi la barrière inter-espèces en passant d’abord par un autre mammifère puis à l’Homme. Depuis de nombreuses années, l’Anses mène avec ses partenaires institutionnels des travaux de recherche autour des mécanismes de transmission inter-espèces des coronavirus. 

Que sont les coronavirus ? 

Les coronavirus sont une famille regroupant de nombreux virus. Ils touchent de nombreuses espèces de mammifères et d’oiseaux, certains peuvent se transmettre à l’Homme ou lui être spécifiques. Les maladies qu’ils provoquent sont variées mais touchent principalement les systèmes respiratoires et digestifs. Ils ont en commun la particularité d’être fortement transmissibles. En matière de santé animale, de nombreux coronavirus sont connus, que ce soit chez les chiens, les chats, les porcs, les ruminants, les chevaux, les dromadaires, les oiseaux ou la faune sauvage, notamment les chauves-souris.

Quelles maladies provoquent-ils ?

La gravité des infections provoquées est très variable. En médecine vétérinaire, les infections par ces virus sont fréquentes. Elles peuvent avoir un impact économique non négligeable, particulièrement dans les élevages de jeunes ruminants, de porcs ou chez le poulet et la dinde. Les volailles peuvent par exemple être contaminées par le coronavirus de la bronchite infectieuse, les dindes et les pintades ayant en plus des coronavirus qui les infectent spécifiquement au niveau digestif. Les porcs sont eux sujets aux virus de la diarrhée épidémique porcine, de la gastroentérite transmissible ou au coronavirus respiratoire porcin. Les chats peuvent contracter le virus de la péritonite infectieuse féline, une maladie mortelle, tandis que les jeunes chevaux et les jeunes bovins sont atteints de troubles digestifs. Enfin, l’impact de l’infection de la faune sauvage (chauves-souris, hérissons, rongeurs..) est inconnu. 

Comment les coronavirus se transmettent-il d’une espèce à une autre ? 

L’épidémie de Covid-19 nous rappelle que les mutations des coronavirus peuvent parfois leur permettre de changer d’hôte. En effet, ces virus ont la capacité d’évoluer rapidement par des modifications de leur matériel génétique, qui mute fréquemment. Ils peuvent également se recombiner, c’est-à-dire échanger des portions de génome, ce qui peut se produire si deux coronavirus différents co-infectent une même cellule hôte. Cette évolution peut leur conférer la capacité de toucher de nouveaux organes cibles ou de s’adapter à de nouvelles espèces hôtes. Ces nouveaux virus peuvent être particulièrement pathogènes car la nouvelle espèce hôte n’y étant pas habituée, elle n’a pas les défenses immunitaires nécessaires pour répondre efficacement à cette nouvelle infection. Cependant, si ces évènements ont été assez fréquemment détectés dans un passé récent (le virus de la Covid-19 est le troisième coronavirus qui passe de l’animal à l’Homme en une vingtaine d’années), le phénomène n’est pas nouveau : un des virus responsables du rhume chez l’homme, le coronavirus OC43, est estimé avoir évolué à partir de la transmission à l’homme du coronavirus bovin, à la fin du XIXème siècle.

Que fait l’Anses sur les coronavirus ?

L’Anses mène divers travaux sur les coronavirus chez les volailles, les porcs, les chats et la faune sauvage. La survenue de l’épidémie de la Covid-19 a renforcé ses travaux sur le sujet, notamment sur la possibilité de transmission inter-espèce et les techniques de traitement et de diagnostic selon des approches qui pourraient être intéressantes dans une démarche de virologie comparée En voici quelques exemples :

Connaître les virus en circulation chez les animaux 

Les trois laboratoires Anses de la Rage et de la faune sauvage à Nancy, de Santé animale à Maisons Alfortet de Ploufragan-Plouzané-Niortont participé au projet ANR EPICOREMde 2014 à 2018. Coordonné par le Centre hospitalier universitaire de Caen, ces travaux ont permis de mettre en évidence la diversité importante de coronavirus qui circulent au sein des populations animales domestiques et sauvages en France et en Europe. De nouvelles espèces virales ont été décrites chez l’Homme et dans la faune domestique et sauvage. En parallèle, les chercheurs ont suivi l’évolution d’un Betacoronavirus, groupe-frère des Sars-CoV au sein d’une colonie de chauves-souris. Ce volet a permis de comprendre la dynamique d’évolution du virus au sein d’une population hôte.

Actuellement, le laboratoire de santé animale d’Alfort coordonne le projet européen MuseCovauquel participent aussi deux autres laboratoires de l’Anses (le laboratoire Anses de Ploufragan-Plouzané-Niort et le laboratoire de Nancy). Il vise à mieux comprendre la diversité des souches de coronavirus circulant dans les populations animales, dont le SARS-CoV2. L’objectif est de mieux connaître la dynamique des infections par les coronavirus dans diverses populations animales et de détecter rapidement l’émergence de variants particulièrement pathogènes.

Enfin, le laboratoire Anses de Ploufragan-Plouzané-Niort s’intéresse aux mutations et aux mécanismes moléculaires qui accompagnent la transmission des coronavirus aviaires chez les différentes espèces de volailles ou qui autorisent les remaniements génétiques chez les coronavirus porcins.

Mieux comprendre les mécanismes de transmission inter-espèces

L’unité mixte de recherche de Virologie (EnvA-Inrae-Anses) du laboratoire de Santé animale à Maisons-Alfort mène, en lien avec une équipe Inserm, un projet de recherche sur les déterminants moléculaires de pathogénicité du coronavirus félin. Ce virus peut provoquer chez le chat une maladie mortelle appelée péritonite infectieuse féline. Les mécanismes qui favorisent le passage de la barrière inter-espèce sont étudiés. Ces travaux sont réalisés en collaboration avec le laboratoire de la rage et de la faune sauvage à Nancy, sur les interactions possibles avec les coronavirus présents dans la faune sauvage, et celui de Ploufragan-Plouzané-Niort, sur les coronavirus aviaires.

Développer les techniques de diagnostic et de traitement

Le laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort développe des méthodes de diagnostic moléculaire ou sérologique des coronavirus aviaires et porcins. Un projet, débuté fin 2019 vise à mettre au point un test sérologique (ELISA), permettant de détecter des anticorps produits en réponse à une infection par la souche européenne du coronavirus de la dinde (Tcov), qui n’existe pas pour le moment. 
Le laboratoire de la rage et de la faune sauvage a développé les méthodes de diagnostic moléculaire et sérologique de l’infection des visons par le Sars-CoV-2 pour réaliser la première enquête au sein des élevages français. Ceci a permis de détecter un des quatre élevages comme contaminés avec plus de 90% des animaux ayant une réponse positive en sérologie. 

Du côté des traitements, le laboratoire de la Rage et de la faune sauvage a participé quant à lui au projet Timing, financé par l’ANR et coordonné par INRAE. Il a étudié l’effet bénéfique ou délétère des interférons de type I. Il s’agit de petites protéines produites naturellement dans le corps en réponse à une infection virale. De nombreuses études ont montré qu’un défaut de production de ces interférons par l’organisme serait associé au développement de formes sévères de la COVID-19. Cependant, les interférons de type I ne sont pas toujours bénéfiques, car ils peuvent provoquer une inflammation excessive. Le projet Timing a permis de montrer sur modèles animaux que seule l’administration très précoce de l’interféron (avant l’infection ou juste après) était bénéfique et que contrairement à l’hypothèse, l’administration tardive n’était pas délétère. 

Appréhender l’évolution génétique des coronavirus 

Par ailleurs, les coronavirus ont un fort potentiel d’évolution, par des événements de mutation, voire de recombinaison, puis de sélection. Depuis 2018, le laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort étudie l’évolution génétique des coronavirus du poulet (IBV) et de la dinde (TCoV). Depuis 2018, l’unité étudie notamment l’évolution génétique de coronavirus aviaires en présence d’une vaccination ou non. Les résultats ont montré que l’évolution génétique d’un coronavirus aviaire est très rapide (dès le premier passage chez les sujets non vaccinés) et différente chez les sujets vaccinés et non vaccinés. Ces résultats permettent de mieux appréhender l’évolution de coronavirus en présence d’une immunité vaccinale. 

Évaluer la transmissibilité de la Covid-19 de l’animal à l’Homme

L’Agence a par ailleurs été sollicitée pour rendre des avis sur les risques de transmission du virus SARS-Cov-2 de l’animal à l’Homme. Elle a ainsi déterminé que, même si certaines espèces, comme les chats, les furets, les visons et les hamsters étaient sensibles au Covid-19, les animaux domestiques et les animaux sauvages ne jouent aucun rôle dans le maintien et la propagation du SARS-CoV-2 en France, où la diffusion du virus est le résultat d’une transmission interhumaine par voie respiratoire. Cependant, le risque de constitution d’un réservoir animal existe. L’Anses recommande donc d’être particulièrement vigilant lors des contacts entre l’Homme et les espèces capables d’héberger le virus (chats, visons…), en cas de densité importante d’animaux, et de promiscuité animal-Homme, particulièrement en milieu clos ou confiné.

Éviter l’exposition au coronavirus en milieu professionnel

Dans le cadre de ses missions sur la santé au travail, l’Anses a également émis des recommandations sur les mesures à adopter pour éviter les contaminations en milieu professionnel autres que les soins et la santé. Elle mène également un projet de recherche, SACADA, visant à identifier comment le virus circule dans les ateliers de préparation de la viande et à proposer des mesures de prévention adaptées. De par leurs caractéristiques notamment le froid, l’humidité et la nécessité de faire des efforts physiques, ces milieux professionnels sont en effet favorables à la propagation du virus entre travailleurs.

Photo : Centers for Disease Control and Prevention

En savoir plus

Retrouvez toutes les recherches de l’Anses sur la Covid-19

Retrouvez les recommandations et l’ensemble des travaux de l’Anses sur la Covid-19

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fév 2021 // Rapport AVIS et RAPPORT AST de l’Anses sur le projet d’arrêté du 30 avril 2020 précisant les modalités d’épandage de boues issues du traitement des eaux usées urbaines pendant la crise de Covid-19

fév 2021 // Avis AVIS révisé de l’Anses relatif à la surveillance de l’infection par le virus SARS-CoV-2 au sein des élevages de visons en France et lien avec la santé des travailleurs auprès des visons

oct 2020 // Avis AVIS de l’Anses relatif à l’estimation des risques potentiels liés au port de masques traités avec de la zéolithe d’argent et de la zéolithe d’argent et de cuivre

oct 2020 // Avis AVIS de l’Anses relatif au rôle épidémiologique éventuel de certaines espèces animales dans le maintien et la propagation du virus SARS-CoV-2

sep 2020 // Avis Extrait d’AVIS de l’Anses relatif à la demande d’appui scientifique et technique relatif à la surveillance sanitaire à mettre en œuvre dans les élevages de visons SARS-CoV-2

jui 2020 // Avis AVIS de l’Anses relatif à l’élaboration d’un référentiel des exigences pour les procédés de traitement des masques chirurgicaux, FFP et équivalents en vue de leur réutilisation

juin 2020 // Avis NOTE AST de l’Anses relative à deux projets de protocoles de suivi d’abattement des phages dans les boues et l’actualisation des connaissances concernant, la présence de SARS-CoV-2 dans les eaux usées/boues, l’efficacité des procédés d’hygiénisation des boues en ce qui concerne l’abattement du SARS -CoV-2, les procédés qui pourraient conduire à un abattement des teneurs en SARS-CoV-2 pour les boues non hygiénisées et l’infectiosité du SARS-CoV-2 dans différentes matrices

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juin 2020 // Avis AVIS de l’Anses relatif aux critères d’efficacité des désinfectants hydroalcooliques pour l’hygiène humaine et la garantie de cette efficacité tout au long de leur cycle de vie

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La classification des coronavirus

Les coronavirus sont subdivisés en 4 genres Alpha-, Beta-, Delta et Gammacoronavirus (alpha, beta et gamma correspondant anciennement aux groupes 1, 2 et 3). Les coronavirus aviaires des oiseaux domestiques appartiennent au genre gamma, tandis que les coronavirus humains appartiennent aux genres alpha et beta. Le virus du SRAS et du nouveau coronavirus sont classés dans le genre béta. D’autres coronavirus, pathogènes respiratoires plus ou moins sévères de l’homme, sont connus depuis plusieurs années, ils appartiennent aux genres alpha- (souches NL63 et 229E) ou beta (souches HKU1 et OC43).

Mots-clés : Coronavirus, Zoonoses, Maladies animales, Santé animale

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Par auteur - ANSES

Source : https://www.anses.fr/fr/content/les-coronavirus-des-virus-partag%C3%A9s-par-les-animaux-et-les-hommes

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  • Covid-19 : ce que l’on sait de l’immunité contre le virus après la parution de l’étude du CHU de Strasbourg - Article rédigé par franceinfo France Télévisions - Publié le 21/05/2021 19:01 – Document ‘francetvinfo.fr’
    Après une infection au Sars-CoV-2, le risque d’être réinfecté est réduit de 97%, révèle une étude du centre hospitalier universitaire de Strasbourg, qui établit à 13 mois la durée de vie des anticorps dans l’organisme.

Photo - Une infirmière de l’hôpital de Strasbourg se fait administrer une dose du vaccin Pfizer-BioNTech, le 8 janvier. (PATRICK HERTZOG / AFP)

Une nouvelle encourageante dans la lutte contre la pandémie de Covid-19 a été révélée jeudi 20 mai. Pendant plus d’un an, les équipes du CHU de Strasbourg se sont intéressées aux anticorps dirigés contre la protéine Spike (ou S) du virus Sars-CoV-2 et les résultats de leur étude montrent qu’ils persistent ’jusqu’à 13 mois après l’infection’. Les scientifiques révèlent également que la concentration de ces anticorps dans l’organisme permet de neutraliser le variant découvert en Angleterre, mais pas celui apparu en Afrique du Sud. Franceinfo vous résume les conclusions de cette étude.

Les anticorps persistent jusqu’à 13 mois…

Strasbourg a été l’une des premières villes touchées par l’épidémie en France. C’est en voyant affluer toujours plus de patients que l’idée de l’étude s’est imposée aux chercheurs du CHU, raconte à franceinfo la professeure Samira Fafi-Kremer, qui a piloté le projet. ’De nombreux volontaires sont des membres du personnel hospitalier, qui a été lourdement touché par la maladie’, souligne-t-elle.

Plus d’un an après le début des recherches, les scientifiques révèlent que les anticorps dirigés contre la protéine Spike du virus Sars-CoV-2 persistent ’jusqu’à 13 mois après l’infection’ dans l’organisme. Cette protéine fonctionne comme une clé qui permet au virus de pénétrer dans nos cellules. 

Pour obtenir ce résultat, 1 309 personnes ont été suivies depuis avril 2020, dont 393 avaient déjà contracté le Covid-19. Selon le CHU, sur ce dernier groupe, ’un an après l’infection, 97% des individus ont gardé leurs anticorps anti-S’, dirigés contre la protéine Spike, et ce, quelle que soit la gravité de la maladie. 

En comparant le nombre de réinfections survenues au cours de l’étude au sein de ce groupe avec le nombre de nouvelles infections au sein du groupe témoin de 916 personnes, les chercheurs calculent que le risque de contracter la maladie est ’réduit de 96,7% chez les personnes anciennement infectées’, grâce à ’la persistance à long terme des anticorps anti-S’. 

’On a eu une phase d’inquiétude car pendant sept mois, le taux d’anticorps présents dans l’organisme des patients déjà infectés n’a cessé de diminuer. Mais finalement, il s’est avéré que le taux restant était suffisant pour lutter contre le virus.’

Samira Fafi-Kremer, cheffe de service du laboratoire de virologie des hôpitaux universitaires de Strasbourg à franceinfo

Les chercheurs ont démontré que les anticorps qui sont dirigés contre la protéine Spike baissent plus rapidement chez les hommes que chez les femmes, mais persistent chez presque tout le monde jusqu’à 13 mois après l’infection. 

… mais ils sont impuissants contre le variant apparu en Afrique du Sud

Les scientifiques ont relevé que, treize mois après, la concentration de ces anticorps dans l’organisme permet de neutraliser ’le virus sauvage’ (la forme initiale du virus) et le variant apparu en Angleterre, mais pas celui apparu en Afrique du Sud. ’On sait que la mutation du variant sud-africain lui permet d’échapper à l’anticorps’, confirme Samira Fafi-Kremer.

La professeure souligne que selon l’étude, la vaccination, même à dose unique, ’renforce la protection contre les variants en augmentant de manière significative’ les quantités d’anticorps. 

’Cette étude réalisée sur une grande cohorte fournit des informations cruciales sur la persistance des anticorps et sur le risque de réinfection, souligne Samira Fafi-Kremer. On comprend mieux la dynamique de l’épidémie, et si une dose de vaccin suffit, on peut espérer entrevoir la fin du tunnel.’

L’étude va se prolonger

Les résultats de l’étude strasbourgeoise viennent appuyer ceux d’une étude italienne, parue début mai dans la revue académique Nature Communications (en anglais). Elle montre que les anticorps resteraient dans le sang pendant au moins huit mois et ce, ’indépendamment’ de la gravité de la maladie, de l’âge des patients ou de la présence d’autres pathologies.

L’étude a été réalisée en suivant 162 patients positifs au Sars-CoV-2 (67% d’hommes, 63 ans en moyenne) qui se sont présentés aux urgences de l’hôpital San Raffaele, à Milan, durant la première vague de l’épidémie en Italie. Les premiers échantillons de sang ont été recueillis au moment du diagnostic, en mars-avril 2020, les derniers fin novembre 2020.

L’étude du CHU de Strasbourg sera prolongée pour continuer le suivi à 18 mois et 24 mois pour mieux évaluer la dynamique des anticorps sur le long terme. 

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Source : Shttps://www.francetvinfo.fr/sante/maladie/coronavirus/covid-19-ce-que-l-on-sait-de-l-immunite-contre-le-virus-apres-la-parution-de-l-etude-du-chu-de-strasbourg_4632633.html

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  • Un cluster mis en évidence quartier Bacalan à Bordeaux : 46 personnes positives à un rare variant d’intérêt du Covid-19 Publié le 21/05/2021 à 17h04 • Mis à jour le 21/05/2021 à 19h50 - Alice Robinet avec Marie Neuville – Document ‘france3-regions.francetvinfo.fr’
    Alice Robinet (photo) est chargée de mission en économie de la santé-environnement au Ministère de la Transition écologique

Marie Neuville (@NeuvilleMarie) Journaliste France TV (photo)

Une opération de dépistage massive est organisée à partir de vendredi 21 mai 2021 dans le quartier de Bacalan à Bordeaux, après la découverte d’un cluster. On compte désormais 46 personnes positives, à un ’variant d’intérêt’ rare, mais déjà détecté en France. Il semble plus transmissible, selon l’ARS. 

Illustration - Une opération de dépistage est organisée à partir de ce vendredi 21 mai à Bordeaux après la découverte d’un cluster, dont un variant d’intérêt semble être à l’origine. • © France 3 Aquitaine - Gironde Bordeaux

Un variant du Covid-19, qui n’avait jusqu’ici été détecté que sur de rares cas en France, semble être à l’origine d’un cluster dans le quartier de Bacalan à Bordeaux depuis le week-end dernier, comme l’indique le professeur Patrick Dehail, conseiller médical auprès du directeur de l’ARS. 

’On a identifié 46 cas positifs au moment où je vous parle, avec l’identification d’un variant d’intérêt, qui peut être préoccupant, du fait d’une mutation qui le rend plus transmissible, peut-être, que les précédents. Ce variant a été identifié par un séquençage au CHU de Bordeaux, et c’est en confirmation auprès du CNR de Lyon’ précise-t-il. 

Il s’agit ’d’un variant déjà connu, mais qui n’avait jusqu’alors produit que quelques cas sur le territoire national’ ajoute Patrick Dehail. ’Ce variant n’est pas nouveau, mais il n’y a, à ma connaissance, pas de lieu en France où il a contaminé autant de personnes sur un même endroit. Nous avons deux chaînes de transmissions reliées entre elles sur ces 46 cas, nous avons pu être extrêmement réactifs avec l’aide de tout le monde pour essayer de circonscrire au mieux les choses.’

Dépistage massif et vaccination anticipée ? 

Ce vendredi, une importante opération de dépistage a débuté, organisée par l’ARS dans le quartier, au sein de la salle communale Pierre Tachou. Elle doit durer sept jours, et tous les habitants du quartier sont invités à s’y présenter. 

Parmi les 46 personnes contaminées, dont des jeunes et des enfants, aucun cas grave n’est signalé. D’autre part, aucune des personnes contaminées n’avait été vaccinée. 

Si pour le représentant de l’ARS, ’il n’y a pas d’inquiétudes à avoir au-delà de cette transmissibilité un peu augmentée’, des discussions sont engagées avec le ministère de la Santé pour anticiper l’ouverture à la vaccination des plus de 18 ans avant le 31 mai, dans le quartier de Bacalan, voire pour tout Bordeaux. 

Mise à jour à 19h45 : l’ARS de Nouvelle-Aquitaine nous indique que, en accord avec le ministère de la Santé, la vaccination sera ouverte aux plus de 18 ans sans restriction pour les habitants de Bacalan, alors que c’est prévu pour le reste de la France à partir du 31 mai. En revanche, cette décision ne s’étend pas encore à tout Bordeaux. 

regardez le reportage de Marie Neuville et Nicolas Pressigout : 

Cluster de Bacalan à Bordeaux : 46 personnes positives à un rare variant d’intérêt du Covid-19

Actualités - France 3 Régions

Confidences d’un pied cassé • Sabine Besançon

Source : https://france3-regions.francetvinfo.fr/nouvelle-aquitaine/gironde/bordeaux/cluster-de-bacalan-a-bordeaux-46-personnes-positives-a-un-rare-variant-d-interet-du-covid-19-2100775.html

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  • Coronavirus dans le monde : le nombre de morts est trois fois plus important que le bilan officiel Par Catherine Unac (suivre ce journaliste) - Publié le 21/05/2021 à 16:00 – Document ‘midilibre.fr’ Coronavirus, SantéPhoto d’un cimetière  : le nombre de morts du Covid-19 dans le monde serait de 6 à 8 millions. MAXPPP - Sadak Souici / Le Pictorium
    Les bilans officiels des décès liés à la pandémie de Covid-19 sont probablement ’largement sous-estimés’, a prévenu vendredi l’Organisation mondiale de la Santé (OMS), qui suggère que le nombre de morts à travers le monde pourrait être deux à trois fois plus élevé.

Dans son rapport statistique annuel, l’OMS estime que le nombre de morts liés directement ou indirectement au Covid-19 s’est élevé à au moins trois millions en 2020, soit 1,2 million de décès supplémentaires par rapport aux données officielles.

’Nous sommes vraisemblablement confrontés à une sous-estimation significative du nombre de décès directement ou indirectement imputés au Covid-19’, selon l’OMS.

Le double ou le triple 

Selon un décompte arrêté au 20 mai 2021, le bilan officiel de la pandémie s’élève à 3,4 millions de morts à travers le monde, mais le décompte réel pourrait atteindre le double ou le triple de ce chiffre, selon le Dr Samira Asma, sous-directrice générale de l’OMS chargée de la division Données et analyse.

6 à 8 millions de morts selon l’OMS

’Je pense pouvoir dire qu’environ six à huit millions de décès pourrait constituer une estimation prudente’, a-t-elle déclaré lors d’un point de presse virtuel.

Ces nouvelles estimations intégreraient non seulement les décès non recensés bien qu’imputables au Covid-19 mais aussi les décès indirectement liés à la pandémie.

Par exemple ceux résultant du recul du recours aux soins pour d’autres pathologies faute de disponibilité hospitalière ou en raison des restrictions de déplacements, entre autres, a expliqué William Msemburi, analyste données à l’OMS.

Certains pays n’ont pas de système fiable de recensement

L’agence sanitaire de l’Onu a également expliqué cette sous-estimation de la surmortalité liée à la pandémie de Covid-19 par l’absence dans certains pays de système fiable de recensement des décès, ainsi que par le fait que dans de nombreux cas, des patients contaminés sont morts avant d’avoir été testé pour dépister la présence éventuelle du coronavirus SARS-CoV-2.

Même ceux ayant des données fiables ont eu des sous-estimations

Au vu de ces différents facteurs, même les pays ou régions disposant de systèmes d’enregistrement des données relativement fiables n’ont pas été épargnés par les sous-estimations.

Ainsi l’OMS estime que la surmortalité dans la zone Europe s’est élevée à 1,1 ou 1,2 million de décès en 2020, soit le double des 600 000 de morts imputées au Covid-19 dans la région.

Dans la région Amériques, la surmortalité a atteint 1,3 à 1,5 million l’an dernier, soit 60 % de plus que le bilan officiel de 900 000 morts liés au Covid-19.

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Source : https://www.midilibre.fr/2021/05/21/coronavirus-dans-le-monde-le-nombre-de-morts-trois-fois-plus-important-que-le-bilan-officiel-9558453.php

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  • Virus : la communauté internationale se mobilise, un million de morts en Amérique latine AFP, publié le samedi 22 mai 2021 à 08h05 – Document ‘actu.orange.fr’ –

Photo - Un médecin auprès d’un malade de Covid-19 victime de la murcomycose, à Jabalpur, en Inde, le 20 mai 2021 ¼ © AFP, Uma Shankar MISHRA

La communauté internationale se mobilise face à la pandémie : le FMI a proposé vendredi un plan de 50 milliards de dollars pour y mettre fin et trois grands laboratoires ont promis des millions de vaccins à prix coûtant aux pays pauvres, tandis que l’Amérique latine a franchi le seuil du million de morts du Covid-19.

Ces annonces interviennent au moment où plusieurs pays européens, dont l’Espagne, ont annoncé lever leurs restrictions de voyages dans l’espoir de sauver la saison touristique qui démarre tout juste.

L’Allemagne, en revanche, a classé la Grande-Bretagne à partir de dimanche comme zone de mutation des variants par l’Allemagne, a indiqué vendredi l’institut de veille sanitaire Robert Koch.

Cela aura pour conséquence de limiter les voyages de la Grande-Bretagne vers l’Allemagne. Tous les voyageurs venant de ce territoire seront soumis à une période de quarantaine de deux semaines, qui ne pourra être raccourcie même si le test est négatif.

Et en France, tous les habitants majeurs d’un quartier de la ville de Bordeaux, dans le sud-ouest, vont pouvoir être rapidement vaccinés, sans conditions, après la découverte d’un cluster de quelques dizaines de personnes testées positives à un variant qualifié de ’préoccupant’.

Dans cette course de vitesse, le Fonds monétaire international a dévoilé un plan d’envergure, à l’occasion du sommet mondial de la santé organisé à Rome dans le cadre du G20, dont le financement est estimé à 50 milliards de dollars, avec un objectif de vaccination d’au moins 40% de la population mondiale d’ici la fin de l’année.

Le plan vise à faire vacciner au moins 60% de la population mondiale d’ici la fin de 2022 pour permettre une reprise économique durable.

A la fin du mois d’avril, moins de 2% de la population africaine avait été vaccinée, rappelle le FMI, alors que plus de 40% de la population aux États-Unis et plus de 20% en Europe avait reçu au moins une dose de vaccin contre le Covid.

Face à cette situation, les producteurs de vaccins contre le Covid-19 Pfizer/BioNTech, Moderna et Johnson & Johnson se sont, eux, engagés vendredi au cours du sommet du G20 à fournir à prix coûtant ou réduit 3,5 milliards de doses aux pays les plus pauvres en 2021 et 2022.

Environ 1,3 milliard de doses devraient être livrées cette année, le reste en 2022. 

- ’30 millions de doses’ -

La France, elle, va donner d’ici la fin 2021 ’au moins 30 millions de doses de différents vaccins’ au programme Covax, le mécanisme mondial de fourniture de vaccins aux pays pauvres, a annoncé vendredi le président Emmanuel Macron, devant le sommet.

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La présidente de la Commission européenne Ursula von der Leyen a de son côté annoncé au début du sommet que l’UE allait fournir 100 millions de doses de vaccin contre le Covid-19 aux pays les plus pauvres.

’Tout le monde, partout’ doit avoir accès aux vaccins, a-t-elle déclaré à Rome. 

Si la situation reste critique dans certaines parties du monde, en Europe, l’heure est au déconfinement. 

L’Espagne, deuxième destination touristique mondiale avant la pandémie, a annoncé qu’elle laisserait entrer sur son territoire toutes les personnes vaccinées à partir du 7 juin.

Les Britanniques, premier contingent de touristes dans ce pays, seront de leur côté autorisés à venir librement à partir de lundi, a ajouté le chef du gouvernement Pedro Sanchez. 

En Allemagne, de nombreuses mesures anti-Covid ont été levées vendredi, avant le long week-end de la Pentecôte.

A Berlin, les bars à bière en plein air, comme les terrasses des restaurants ou les piscines, fermés depuis novembre, ont pu rouvrir, avec toutefois encore de strictes règles sanitaires.

Des assouplissements étaient également prévus vendredi dans la région la plus peuplée, la Rhénanie-du-Nord-Westphalie, ainsi que dans d’autres Länder, dont la Thuringe, la Saxe et la ville de Hambourg.

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La Norvège, où la pandémie semble sous contrôle, a de son côté annoncé vendredi un nouvel allègement de ses mesures sanitaires à compter du 27 mai. Les bars pourront vendre de l’alcool jusqu’à minuit (contre 21H00 actuellement) sans obligation de servir de la nourriture.

- Un million de morts en Amérique latine -

En Amérique latine et aux Caraïbes, plus d’un million de décès dus au Covid-19 ont été officiellement recensés depuis le début de la pandémie, l’une des rares régions où les chiffres repartent à la hausse, selon un comptage de l’AFP vendredi à 21H05 GMT.

Le Covid-19 a fait plus de 3,43 millions de morts dans le monde depuis son apparition fin 2019, selon un bilan établi par l’AFP vendredi à partir de sources officielles.

La pandémie a fortement décéléré dans le monde cette semaine, avec 638.600 contaminations enregistrées quotidiennement, l’Europe concentrant les plus fortes décrues, selon un bilan de l’AFP arrêté à jeudi.

L’Inde reste, elle, de loin, le pays ayant enregistré le plus grand nombre de nouvelles contaminations en valeur absolue sur la semaine (295.500 cas quotidiens).

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Traduction, collecte d’informations et classement,[compléments] et intégration de liens hypertextes par Jacques HALLARD, Ingénieur CNAM, consultant indépendant – 23/05/2021

Site ISIAS = Introduire les Sciences et les Intégrer dans des Alternatives Sociétales

http://www.isias.lautre.net/

Adresse : 585 Chemin du Malpas 13940 Mollégès France

Courriel : jacques.hallard921@orange.fr

Fichier : ISIAS Coronavirus Diversité animale et variations des virus Limites des vaccins et lourd bilan mondial.7.docx

Mis en ligne par le co-rédacteur Pascal Paquin du site inter-associatif, coopératif, gratuit, sans publicité, indépendant de tout parti, géré par Yonne Lautre : https://yonnelautre.fr - Pour s’inscrire à nos lettres d’info > https://yonnelautre.fr/spip.php?breve103

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