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"L’allégation selon laquelle une équipe chinoise aurait caché les premières séquences du SRAS-CoV-2 pour empêcher la recherche de l’origine du virus suscite la fureur" par Jon Cohen

Traduction & Compléments par Jacques Hallard

mercredi 30 juin 2021, par Cohen Jon


ISIAS Chine Coronavirus

L’allégation selon laquelle une équipe chinoise aurait caché les premières séquences du SRAS-CoV-2 pour empêcher la recherche de l’origine du virus suscite la fureur

Traduction du 30 juin 2021 par Jacques Hallard de l’article de Jon Cohen en date du 23 juin 2021 diffusé par ‘sciencemag.org’ [American Association for the Advancement of Science : AAAS ...]sous le titre «  Claim that Chinese team hid early SARS-CoV-2 sequences to stymie origin hunt sparks furor » ; accessible sur ce site : https://www.sciencemag.org/news/2021/06/claim-chinese-team-hid-early-sars-cov-2-sequences-stymie-origin-hunt-sparks-furor

https://www.sciencemag.org/sites/default/files/styles/inline__450w__no_aspect/public/AP_21028398240950-1280x720.jpg?itok=Uc4F35Dz

Un grand nombre des premiers cas de COVID-19 ont été liés à un marché de produits de mer à Wuhan, en Chine ; mais une nouvelle analyse d’autres séquences précoces du coronavirus pourrait pointer ailleurs que dans cette ville. Kyodo via AP Images

Le reportage de ‘Science’ sur la pandémie de COVID-19 est soutenu par la Fondation Heising-Simons

[Voir Heising-Simons Foundation :

Anglais - The Heising-Simons Foundation is a California-based private family foundation led by liberal philanthropists and major Democratic Party donors Liz Simons and her husband Mark Heising. The Heising-Simons Foundation primarily funds organizations that work on environmentalist policy, climate change, scientific research, education, and human rights issues. [1] Since its founding in 2007, the foundation has donated more than $618 million to these causes. In 2019 alone, the Foundation awarded over $113 million in grants. [2]

Français - La Fondation Heising-Simons est une fondation familiale privée basée en Californie et dirigée par des philanthropes libéraux et grands donateurs du parti démocrate, Liz Simons et son mari Mark Heising. La Fondation Heising-Simons finance principalement des organisations qui travaillent sur la politique environnementale, le changement climatique, la recherche scientifique, l’éducation et les droits de l’homme. Depuis sa création en 2007, la fondation a fait don de plus de 618 millions de dollars à ces causes. Rien qu’en 2019, la fondation a accordé plus de 113 millions de dollars de subventions… » - Source : https://www.influencewatch.org/non-profit/heising-simons-foundation/ ]

Dans un monde affamé de nouvelles données pour aider à clarifier l’origine de la pandémie COVID-19, une étude prétendant avoir découvert les premières séquences du SRAS-CoV-2, qui avaient été délibérément cachées, ne pouvait que déclencher un débat passionné.

L’article non révisé, rédigé par le biologiste évolutionniste Jesse Bloom du ‘Fred Hutchinson Cancer Research Center’, affirme qu’une équipe de chercheurs chinois a prélevé des virus chez certains des premiers patients atteints de la pandémie de COVID-19 à Wuhan, en Chine, qu’elle a publié les séquences virales dans une base de données américaine largement utilisée, puis que, quelques mois plus tard, elle a supprimé les informations génétiques pour ’masquer leur existence’.

Pour certains scientifiques, ces affirmations renforcent les soupçons selon lesquels la Chine a quelque chose à cacher sur les origines de la pandémie de COVID-19. Mais les critiques de la pré-impression, publiée hier sur ‘bioRxiv’, affirment que le travail de détective de Jesse Bloom fait beaucoup de bruit pour rien, car les scientifiques chinois ont ensuite publié les informations virales sous une forme différente, et les séquences récupérées n’ajoutent pas grand-chose à ce que l’on sait des origines du SRAS-CoV-2.

Selon M. Bloom, ces séquences corroborent d’autres éléments indiquant que la pandémie n’a pas pris naissance au ‘Huanan Seafood Market’ de Wuhan, où le SRAS-CoV-2 a été initialement mis en évidence. Le 31 décembre 2019, les autorités sanitaires chinoises ont établi un lien entre ce marché et une épidémie de ’pneumonie inexpliquée’, mais un mois plus tard, il est apparu clairement que bon nombre des premiers cas n’avaient aucun lien avec cet endroit. L’article met en évidence trois mutations trouvées dans le SRAS-CoV-2 collecté auprès de patients liés au marché, qui ne figurent pas dans les séquences exhumées du coronavirus ou de son plus proche parent, que des chercheurs de l’Institut de virologie de Wuhan avaient découvert chez des chauves-souris en 2013.

L’affirmation plus explosive de M. Bloom, selon laquelle les chercheurs chinois ont supprimé des données, ne peut qu’intensifier le débat sur la question de savoir si le virus est passé à l’homme à partir d’un animal inconnu ou s’il a fui d’un laboratoire. M. Bloom affirme qu’il n’a aucun parti pris en faveur d’une hypothèse d’origine particulière pour le SRAS-CoV-2, et il convient que les séquences virales qu’il a mises en évidence sont une petite pièce d’un grand puzzle inachevé. ’Je ne pense pas que cela renforce l’hypothèse de l’origine en laboratoire ou celle de la zoonose’, déclare-t-il. ’Je pense que cela fournit des preuves supplémentaires que ce virus circulait probablement à Wuhan avant décembre[2019], certainement, et que probablement, nous avons une image moins que complète des séquences des premiers virus.’

Jesse Bloom, qui étudie l’évolution virale, a lancé son étude après la publication en mars d’un rapport controversé sur l’origine de la pandémie par une commission conjointe de chercheurs chinois et étrangers organisée par l’Organisation mondiale de la santé (OMS). M. Bloom a participé à l’élaboration d’une lettre très discutée, cosignée par 17 autres scientifiques, qui critiquaient le rapport de l’OMS, estimant qu’il était ’extrêmement improbable’ que le SRAS-CoV-2 se soit échappé d’un laboratoire. Dans cette lettre, publiée le 14 mai dans la revue ‘Science’, les auteurs plaident pour ’un discours scientifique impartial sur cette question difficile mais importante’.

Le rapport de l’OMS s’est largement appuyé sur les séquences du SRAS-CoV-2 trouvées chez les patients du COVID-19 liées au marché, note Jese Bloom. ’J’ai simplement parcouru et essayé de répéter un certain nombre d’analyses dans le rapport conjoint OMS-Chine’, dit Jesse Bloom. Cela l’a conduit à une étude qui répertoriait toutes les séquences du SRAS-CoV-2 soumises avant le 31 mars 2020 à la ‘Sequence Read Archive’ (SRA), une base de données supervisée par le ‘National Center for Biotechnology Information’, une division des ‘National Institutes of Health’ (NIH) des États-Unis. Mais lorsqu’il a consulté la SRA pour l’un des projets répertoriés, il n’a pas pu trouver ses séquences.

En recherchant sur Google certaines des informations relatives au projet, il a trouvé une autre étude, dirigée par Ming Wang de l’hôpital Renmin de l’université de Wuhan, qui a été publiée sous forme de pré-impression le 6 mars sur ‘medRxiv’, puis le 24 juin dans ‘Small’, une revue plus axée sur les matériaux et la chimie que sur la virologie. Cet article énumère certains des premiers patients atteints du COVID-19 de Wuhan et les mutations spécifiques de leurs virus, mais ne fournit pas les données de séquence complètes. En poursuivant ses recherches sur Internet, M. Bloom a découvert que l’ARS sauvegarde ses informations sur la plate-forme Google Cloud, et une recherche dans cette dernière a permis de trouver des fichiers contenant certaines des premières soumissions de données de l’équipe Wang.

L’article de ‘Small ne mentionne aucune correction des séquences virales qui pourrait expliquer pourquoi elles ont été retirées du SRA, ce qui a conduit Jesse Bloom à conclure dans sa pré-impression que ’les structures de confiance de la science ont été abusées pour occulter des séquences pertinentes pour la propagation précoce du SRAS-CoV-2 à Wuhan’. Jesse Bloom affirme qu’étant donné que les séquences supprimées ne présentent pas les trois mutations observées dans le SRAS-CoV-2 du marché des produits de la mer, les virus trouvés par l’équipe de Wang représentent plus probablement un pro-géniteur.

Mais la séquence du virus de la chauve-souris découvert en 2013 diffère du SRAS-CoV-2 d’environ 1.100 nucléotides, ce qui signifie que des décennies ont dû s’écouler avant qu’il n’évolue en coronavirus pandémique - et que d’autres espèces pourraient bien avoir été infectées par le virus de la chauve-souris avant qu’il ne fasse le saut final chez l’homme.

Selon le biologiste évolutionniste Andrew Rambaut, de l’université d’Édimbourg, cette grande différence entre les séquences signifie que les chercheurs ne peuvent pas utiliser quelques mutations comme celles que Jesse Bloom met en évidence pour remonter dans le temps et voir les ’racines’ de l’arbre généalogique du SRAS-CoV-2.

M. Bloom dit avoir contacté les chercheurs chinois pour leur demander pourquoi ils avaient supprimé les données de l’ARS, mais ils n’ont pas répondu. (la revue ‘Science’ n’a pas non plus reçu de réponse après avoir envoyé un courriel aux auteurs principaux.) Les NIH ont publié une déclaration aujourd’hui indiquant qu’ils ont retiré les séquences à la demande du chercheur qui les a soumises, et qui, selon l’agence, détient les droits sur les données. Le scientifique ’a indiqué que les informations sur les séquences avaient été mises à jour, qu’elles étaient soumises à une autre base de données et qu’il souhaitait que les données soient retirées de SRA afin d’éviter les problèmes de contrôle de version’, a déclaré le NIH. (Jesse Bloom dit qu’il ne peut trouver les séquences dans aucune autre base de données de virologie qu’il connaît).

Les chercheurs sont très divisés quant à la valeur de la résurrection des données du SRA par Jessee Bloom. ’Il s’agit d’une approche créative et rigoureuse de l’enquête sur la provenance du SRAS-CoV-2’, déclare Ian Lipkin, microbiologiste à la ‘Mailman School of Public Health’ de l’université Columbia. ’Les deux points à retenir sont que le virus circulait avant l’épidémie liée au marché des produits de la mer de Wuhan, et qu’il y a peut-être eu une suppression active des données épidémiologiques et des séquences nécessaires pour retracer son origine.’

En laissant de côté la signification des séquences trouvées par Jesse Bloom, la démonstration que les chercheurs peuvent potentiellement trouver de ’nouvelles’ données dans le ‘Cloud’ (nuage) est une avancée passionnante, ajoute Sudhir Kumar, qui fait de la recherche en génomique à ‘Temple University’ et qui a publié sa propre analyse des premières séquences du SRAS-CoV-2. ’Beaucoup de gens ont le sentiment qu’il y a beaucoup plus de données chinoises et qu’ils n’y ont pas accès’, dit-il.

D’autres chercheurs sont déçus. ’Jesse Bloom fait resurgir des informations qui sont en ligne depuis plus d’un an et prétend que cela prouve une dissimulation’, déclare StephenGoldstein, virologue évolutionniste à l’Université de l’Utah. ’Je ne comprends pas [son raisonnement]’. L’article de ‘Small’ est simplement une bonne étude qui ’est malheureusement passée sous le radar’, ajoute-t-il.

M. Rambaut note que les chercheurs chinois ont soumis leur article sur ‘Small’ avant de demander au SRA de retirer les données. ’L’idée que le groupe essayait de cacher quelque chose est grotesque’, déclare Rambaut. ’S’ils avaient voulu cacher quelque chose, ils n’auraient sûrement pas soumis l’article. (...) Je n’aime pas les insinuations de malversation alors que [Bloom] n’a aucune connaissance des raisons pour lesquelles les auteurs de l’article ont retiré leurs données.’

Un membre de la commission d’origine de l’OMS, Marion Koopmans, du Centre médical de l’Université Erasmus, note que son rapport souligne la nécessité de trouver davantage de données sur les premiers virus en circulation. ’C’est bien de voir des données supplémentaires, mais je ne suis pas sûr de ce que cela apporte’, dit Koopmans, ajoutant que les accusations du pré-print pourraient nuire aux futures collaborations sur les études d’origine avec les chercheurs chinois. ’Le ton de l’introduction est, à mon avis, plutôt suggestif et j’aimerais que la science reste à l’écart de cela.’

Jesse Bloom reconnaît que les chercheurs peuvent reconstituer les séquences du coronavirus à partir des données trouvées dans l’article de ‘Small’, mais il affirme que ce n’est pas la façon dont la plupart des spécialistes du domaine effectuent des analyses évolutives du SRAS-CoV-2. ’Personne n’était au courant de ces séquences, car la façon dont les gens trouvent des séquences est de se rendre dans les bases de données de séquences, de télécharger les séquences et de les examiner’, explique M. Bloom.

S’immiscer dans le débat controversé sur l’origine du SRAS-CoV-2 a un prix, reconnaît-il. ’Il y a tellement de gens qui ont des programmes et des idées préconçues sur ce sujet que si vous ouvrez la bouche sur le sujet, quelqu’un va prendre ce que vous avez dit pour soutenir ou rejeter un récit particulier’, dit-il. ’Les choix sont donc soit de ne rien dire du tout, ce qui, à mon avis, n’est ni utile ni productif, soit d’essayer de tirer les conclusions que vous pouvez et de rendre les choses aussi transparentes que possible. Peu importe que les gens aiment ou n’aiment pas [ma nouvelle étude], qu’ils soient d’accord ou non avec l’interprétation, ils peuvent au moins aller la télécharger et la répéter eux-mêmes.’

Posted in : Health Scientific Community Coronavirus - doi:10.1126/science.abk1383

L’auteur Jon Cohen (photo) - Jon is a staff writer for ‘Science. Email Jon Twitter

Jon Cohen est un rédacteur pour la revue ‘Science.’

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Source : https://www.sciencemag.org/news/2021/06/claim-chinese-team-hid-early-sars-cov-2-sequences-stymie-origin-hunt-sparks-furor

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Traduction, [compléments] et intégration de liens hypertextes par Jacques HALLARD, Ingénieur CNAM, consultant indépendant – 30/06/2021

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