"Des bactéries intestinales datées du Miocène (12 millions d’années) ont co-évolué avec les Hominidés et les transplantations fécales sont maintenant utilisées comme bactériothérapie", par Jacques Hallard


ISIAS Santé

Des bactéries intestinales datées du Miocène (12 millions d’années) ont co-évolué avec les Hominidés et les transplantations fécales sont maintenant utilisées comme bactériothérapie

Jacques HALLARD, Ing. CNAM – Site ISIAS – 1er août 2016.


Sommaire

Introduction

Annexe 2 : Documents sur l’époque géologique du Miocène

Annexe 3 : Accès à des documents sur les greffes fécales

Annexe 4 ;Flore intestinale : une collection de bactéries

Annexe 5 :Le rôle des microorganismes intestinaux dans la santé humaine

Annexe 6 : L’évolution des bactéries intestinales indique une séparation chez les espèces de primates – Les micro-organismes ont peut-être joué un rôle dans la formation des singes, vers l’évolution humaine.


Introduction

Le corps humain héberge un ensemble très important de divers micro-organismes, essentiellement des bactéries, qui sont principalement localisées au niveau intestinal. Selon Marc Gozlan « Le nombre de bactéries qui tapissent la surface des intestins, de la peau, la muqueuse buccale et la conjonctive de l’œil, est dix plus importante que celui de nos propres cellules. Il arrive même parfois de lire que ce rapport est de 100/1.

Autrement dit, que chaque homme et femme héberge une plus grande quantité de bactéries que de cellules humaines ». Le nombre de ces micro-organismes du tube digestif, que l’on dénomme aussi microbiote en français - et ‘microbiome’ en anglais -, se situe aux environs de 1011 à 1014 bactéries. Voir l’article « Combien le corps humain renferme-t-il de bactéries ? » en date du 11/01/2016 sur le site suivant : http://biomedicales.blogs.sciencesetavenir.fr/archive/2016/01/11/combien-le-corps-humain-renferme-t-il-de-bacteries-23417.html

D’après Wikipédia, « Le microbiote intestinal, aussi appelé flore intestinale, est l’ensemble des micro-organismes (archées, bactéries, protistes) qui se trouvent dans le tube digestif. Il ne s’agit pas uniquement de bactéries intestinales, mais également de celles de l’estomac.

Le mot « bactérie » désigne un micro-organisme et son étymologie provient du grec « petit bâton ». La flore intestinale est un bon exemple de mutualisme : coopération entre différentes sortes d’organismes impliquant un avantage pour chacun. Le terme flore, associé aux bactéries, provient de ce que les premiers scientifiques à s’intéresser à ces micro-organismes étaient des botanistes… » Lire l’article complet sur le site : https://fr.wikipedia.org/wiki/Microbiote_intestinal

Nous savons depuis 2011 que « la population humaine se répartit en seulement trois groupes bactériens distincts, selon la nature et la fonction des bactéries qui composent la flore intestinale. Ces groupes ou « entérotypes » sont indépendants du lieu de résidence, de l’état de santé, du sexe ou de l’âge des individus… Le premier groupe des Bactéroides exprime davantage les enzymes intervenant dans la production de vitamine B7 – impliquée notamment dans le métabolisme des graisses - ; le deuxième groupe, nommé Prevotella, surexprime les intermédiaires de synthèse de la vitamine B1, nécessaire au fonctionnement du système nerveux et à l’assimilation des hydrates de carbone ; et le dernier groupe, Ruminococcus, surexprime les molécules participant au métabolisme du fer… »

Voir l’article intitulé « Flore intestinale : trois groupes bactériens - De même qu’il existe plusieurs groupes sanguins, il existe trois types de flore bactérienne intestinale distincts chez l’homme ». Auteure : Bénédicte Salthun-Lassalle, journaliste. Document ‘pourlascience.fr » S’abonner – Source : http://www.pourlascience.fr/ewb_pages/a/actu-flore-intestinale-trois-groupes-bacteriens-26879.php

Nous avons rapporté comment cette étonnante diversité des micro-organismes de notre tube digestif, ou microbiote [‘microbiome’ en anglais] peut jouer un rôle dans la prédisposition et le traitement des cancers, influencer notre esprit, notre humeur et notre comportement, et même avoir des répercussions sur les générations futures. Voir une série d’articles sur ces sujets accessibles à partir de l’annexe 1.

D’autres informations sur cette flore intestinale et son rôle dans la santé humaine : stimulation du système immunitaire, relations avec des maladies mentales dont l’autisme et amélioration des effets de la chimiothérapie [Voir à l’annexe 4], en particulier à travers les propriétés bénéfiques des probiotiques et les prébiotiques [Voir à l’annexe 5].

Les probiotiques sont des micro-organismes vivants (bactéries ou levures) qui, ajoutés comme compléments à certains produits alimentaires comme les yaourts ou les céréales par exemple, auraient un effet bénéfique sur la santé de l’hôte. En savoir plus sur : https://fr.wikipedia.org/wiki/Probiotique

Les prébiotiques sont généralement des oligosaccharides ou des polysaccharides à courte chaîne constitués approximativement de deux à vingt unités de sucre. Ils échappent à la digestion dans l’intestin grêle et sont des substrats potentiels pour l’hydrolyse et la fermentation par les bactéries intestinales. Les prébiotiques doivent agir comme substrat sélectif d’une ou d’un nombre restreint de souches bactériennes bénéfiques qui résident dans le côlon et en stimuler la croissance. Les bifidobactéries et les lactobacilles sont les microorganismes du microbiote intestinal (flore intestinale) les plus fréquemment ciblés. Voir détails sur https://fr.wikipedia.org/wiki/Pr%C3%A9biotique

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  • Dans nos intestins, des bactéries datant d’au moins 15 millions d’années - Reprise d’un document de 20 Minutes’ avec agences, publié le 22.07.2016 à 16:43. Mis à jour le 25.07.2016 à 16:12
    SCIENCES - Certaines de nos bactéries intestinales étaient déjà présentes chez les singes africains dont descend l’espèce humaine… Certaines bactéries présentes dans notre flore intestinale dateraient d’au moins quinze millions d’années, soit bien avant l’apparition de l’Homme. C’est ce que révèle une étude publiée dans la revue américaine Science*.

[* Microbes in our guts have been with us for millions of years. By Ann Gibbons Jul. 21, 2016 , 2:00 PM. Voir http://www.sciencemag.org/news/2016/07/microbes-our-guts-have-been-us-millions-years ]

Pour parvenir à cette découverte, les scientifiques ont analysé, grâce au séquençage génétique, des échantillons de singes sauvages d’Afrique et de personnes aux Etats-Unis.

Un rôle plus important de l’évolution sur le microbiote humain

Bilan  : « Certaines bactéries intestinales humaines descendent directement de celles qui vivaient dans les intestins de nos ancêtres communs avec les singes », indique Andrew Moeller, chercheur à l’Université de Californie à Berkeley, un des co-auteurs, avant d’ajouter. « Cela prouve qu’il y a une lignée ininterrompue de ces bactéries depuis des millions d’années, depuis l’émergence des singes africains ».

Principal enseignement de cette découverte : l’évolution aurait joué un plus grand rôle dans la composition du microbiote humain qu’on ne le pensait, affirment les scientifiques, précisant que les bactéries en question entraînent notre système immunitaire à combattre des agents pathogènes et pourraient même affecter notre humeur et notre comportement.

Une évolution des bactéries en souches distinctes

En outre, les chercheurs ont mis en évidence une évolution des bactéries en différentes souches, lorsque les ancêtres communs ont commencé à évoluer en diverses espèces.

Le premier clivage serait intervenu il y a environ 15,6 millions d’années, quand la lignée des gorilles a divergé de celle des autres hominidés. Une seconde séparation aurait eu lieu il y a 5,3 millions d’années, au moment où la branche humaine s’est séparée de celles des chimpanzés et des bonobos.

>> A lire aussi : Pourquoi l’intestin est devenu un sujet ultra tendance ? - Mots-clés : Santé Sciences, recherche, bactéries - © Copyright 20 Minutes

Source : http://www.20minutes.fr/sante/1896799-20160722-intestins-bacteries-datant-moins-15-millions-annees

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  • Co-spéciation du microbiote intestinal avec les hominidés
    L’article d’origine est intitulé « Co-speciation of gut microbiota with hominids » et il a été diffusé sous cette référence : ‘Science’  22 Jul 2016 : Vol. 353, Issue 6297, pp. 380-382 è DOI : 10.1126/science.aaf3951 – Auteurs : Andrew H. Moeller1,2, Alejandro Caro-Quintero3, Deus Mjungu4, Alexander V. Georgiev5,6, Elizabeth V. Lonsdorf7, Martin N. Muller8, Anne E. Pusey9, Martine Peeters10, Beatrice H. Hahn11, Howard Ochman1* + Author Affiliations *Corresponding author. Email : howard.ochman@austin.utexas.eduScience, this issue p. 380 ; see also p. 350 - Traduction de Jacques Hallard sur ISIAS.

Coevolution des êtes humains et des bactéries intestinales (microbiote)

Les bactéries qui ont leur lieu de vie dans les intestins des singes et des êtres humains modernes, ont surgi à partir de bactéries plus anciennes qui ont colonisé les entrailles de nos ancêtres communs. Moeller et al. ont développé une méthode pour comparer l’évolution rapide des séquences de gènes gyrB * dans des échantillons fécaux des humains et des chimpanzés sauvages, les bonobos et les gorilles (voir le point de vue exprimé par Segre et Salafsky. Voir traduction d’une note sur leur travail à l’annexe 6)).

[*Gène gyrB : le gène gyrB peut être amplifié pour identifier diverses espèces au sein de groupes bactériens tels les entérobactéries, les mycobactyéries. Intérêt taxonomique évident, selon http://www.microbes-edu.org/glossaire/detail.cfm?cle=559 ].

La comparaison des phylogénies * du gène gyrB des grandes lignées bactériennes révèle qu’ils correspondent la plupart du temps la phylogénie des hominidés Apes **, sauf pour certains transferts de symbiotes rares entre des espèces de primates.

| * La classification phylogénétique est un système de classification des êtres vivants, issu d’une école de taxonomie appelée le cladisme (ou encore systématique phylogénétique), qui a pour objectif de rendre compte des degrés de parenté entre les espèces. Elle ne reconnait pas les groupes paraphylétiques comme les reptiles ou les poissons (qui ne contiennent pas tous les descendants de leur dernier ancêtre commun), contrairement à la classification classique1. Selon les cladistes, cette dernière classification se fonde trop subjectivement sur les ressemblances les plus visibles entre les espèces (ce qui la rend facilement utilisable par le grand public) mais elle ne reflète pas correctement les proximités évolutives entre espèces. Cette allégation est rejetée par les systématiciens évolutionnistes qui insistent sur l’intérêt des groupes paraphylétiques pour représenter correctement le processus évolutif. Aujourd’hui le cladisme est l’école dominante (bien que non consensuelle2) et la classification phylogénétique a remplacé en grande partie la classification traditionnelle dans la plupart des milieux scientifiques, ainsi que dans l’enseignement secondaire en France, et même dans l’enseignement primaire (dès le cycle III). Cette classification est principalement fondée sur la cladistique, une méthode de reconstruction phylogénétique formalisée en 1950 par Willi Hennig3. Cette méthode révolutionna ainsi toute la systématique à partir de la fin des années 1960. L’analyse cladistique qui sert de base à l’établissement de cette classification considère les caractères à toutes les échelles à valeur égale : les caractères macroscopiques et microscopiques issus de l’anatomie comparée et de l’embryologie, les caractères moléculaires4 issus de la biochimie et de la biologie moléculaire, ainsi que les données apportées par la paléontologie. Le cladisme ne doit cependant pas être confondue avec la cladistique, celle-ci étant également utilisée par les systématiciens issus des autres écoles de taxonomie… » Voir : https://fr.wikipedia.org/wiki/Classification_phylog%C3%A9n%C3%A9tique ].

[ ** Apes (Hominoidea) are a branch of Old World tailless anthropoid catarrhine primates native to Africa and Southeast Asia. They are distinguished from other primates by a wider degree of freedom of motion at the shoulder joint as evolved by the influence of brachiation. See : https://en.wikipedia.org/wiki/Ape ].

Les bactéries intestinales ne sont donc pas simplement acquises à partir de l’environnement, mais elles ont co-évolué au cours de millions d’années avec des hominidés pour aider à façonner notre système immunitaire et notre développement.

Les origines évolutionnaires des lignées bactériennes qui peuplent l’intestin humain sont inconnues. Ici, nous montrons que plusieurs lignées de taxons bactériens prédominants dans l’intestin, ont été manifestées par co-spéciation avec les êtres humains, les chimpanzés, les bonobos et les gorilles au cours des 15 derniers millions d’années.

Les analyses de la diversité bactérienne au niveau des souches vivant au sein des microbiotes, dans les intestins des hominidés, ont révélé que les clades de Bacteroidaceae et Bifidobacteriaceae ont été maintenues exclusivement dans les lignées d’accueil au cours des centaines de milliers de générations d’accueil.

Le moment de la divergence de ces bactéries intestinales, qui se sont formées en même temps, est congruent avec celui des hominidés, ce qui indique que les génomes nucléaires et mitochondriaux des bactéries de l’intestin se sont diversifiés de concert au cours de l’évolution des hominidés. Cette étude identifie les bactéries intestinales humaines qui descendent des symbiotes anciens, par une spéciation simultanée par rapport aux bactéries des êtres humains et des singes africains.

Les origines, en termes d’évolution, des lignées bactériennes qui peuplent l’intestin humain sont inconnues. Les analyses de la diversité bactérienne au sein des microbiotes intestinaux des hominidés a révélé que les clades de Bacteroidaceae et Bifidobacteriaceae se sont maintenus exclusivement dans les lignées d’accueil, à travers des centaines de milliers de générations d’accueil. Haut du formulaire

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View Full Text - © 2016 American Association for the Advancement of Science. All rights Reserved. AAAS is a partner of HINARI, AGORA OARE, PatientInform,CHORUS,CLOCKSS,CrossRef and COUNTER. Science ISSN 1095-9203. Source : http://science.sciencemag.org/content/353/6297/380.short

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  • Les greffes fécales à la rescousse de la flore intestinale – Auteurs : Sarah Daoust-Braun et Clémence Rinfret Robert, le 27 juin 2016, 9h50. Document ‘Agence Sciences Presse’ Contact
    Les excréments sont peut-être l’une des choses les moins ragoûtantes au monde. Et pourtant, nos selles possèdent des vertus insoupçonnées. Elles sont utilisées pour combattre l’infection à Clostridium difficile – le fameux C. difficile – qui s’attaque agressivement au système digestif et provoque parfois une inflammation du côlon. Pour remédier à la situation, les médecins peuvent maintenant prescrire en dernier recours à leurs patients un saugrenu traitement, la greffe fécale.

Les greffes fécales, qu’on nomme aussi « transplantation fécale » ou « bactériothérapie fécale », ont pour but de diminuer l’abondance de C. difficile au sein du microbiote intestinal. Cette bactérie, qui prolifère souvent dans les hôpitaux et cause des diarrhées et des troubles intestinaux, est responsable de centaines de décès au Québec chaque année. Elle se retrouve dans le système digestif d’environ 5 % de la population, mais ne cause pas de symptômes chez les personnes en santé.

Cependant, la bactérie opportuniste peut proliférer lorsqu’un patient est traité avec de forts antibiotiques pour une tout autre infection. En effet, ces antibiotiques provoquent un déséquilibre de la flore intestinale en éliminant les bonnes bactéries qui y sont présentes. Le tube digestif affaibli devient alors un parfait terrain de jeu pour C. difficile. Le traitement de cette infection est compliqué puisque la bactérie résiste aux plus puissants antibiotiques.

Lorsque le combat contre C. difficile demeure vain, les patients ont la possibilité de se tourner vers la greffe fécale. Ce traitement, qui reste pour le moment expérimental, consiste à introduire des selles, qui proviennent d’un donneur sain, dans l’intestin de la personne malade. Les fèces utilisées sont souvent celles d’un membre de la même famille et sont passées scrupuleusement à la loupe afin de vérifier qu’elles ne contiennent aucun virus, parasite ou bactérie pathogène.

Ensuite, elles sont généralement mélangées avec une solution saline puis filtrées. Enfin, la prescription homogénéisée est administrée par un tube qui passe par le nez ou la bouche et rejoint le petit intestin, ou par une coloscopie qui permet d’atteindre le côlon. Le tube digestif est ainsi recolonisé par les bactéries saines présentes dans les excréments du donneur. L’équilibre du microbiote intestinal est retrouvé et l’abondance de C. difficile est diminuée de façon à ce que la bactérie ne cause plus de symptômes.

Une efficacité démontrée

L’origine de la transplantation fécale remonte au IVe siècle en Chine. Les selles étaient alors ingérées oralement pour traiter la diarrhée sévère ou les intoxications alimentaires. La greffe fécale a fait son apparition dans la médecine moderne en 1958. Le docteur Ben Eiseman, de l’Université du Colorado, avait publié à l’époque un article sur le sujet dans la revue Surgery.

Depuis, plusieurs études ont été menées, mais le traitement demeure marginal et ne fait pas l’objet d’un consensus au sein de la communauté scientifique. Son efficacité a tout de même été démontrée lors d’un essai clinique aux Pays-Bas, dont les résultats ont été publiés en 2013 dans le New England Journal of Medecine. Le taux de guérison au Clostridium difficile grâce à la transplantation fécale était alors de trois à quatre fois supérieur à la prise de vancomycine, l’antibiotique testé en comparaison. Le taux de succès de la greffe fécale pour enrayer la bactérie est d’environ 90 %.

Différentes études sont actuellement menées à travers le monde afin de mieux comprendre le fonctionnement des transplantations fécales. Des indications préliminaires suggèrent même que ce traitement pourrait être utile dans la lutte contre diverses conditions intestinales ou non, comme les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, l’obésité et le syndrome métabolique.

Les scientifiques tentent également de développer un mélange simple et précis de quelques bactéries cultivées en laboratoire et qui pourrait être administré sous forme de capsule afin de remplacer le traitement actuel. Il s’agit toutefois d’un défi, car les espèces qui peuplent le microbiote intestinal demeurent peu ou mal caractérisées et il est pour le moment difficile d’en faire la culture ex vivo, c’est-à-dire en milieu artificiel.

Un traitement à peaufiner

Il est également nécessaire de déterminer plus précisément quelles bactéries sont responsables de l’effet thérapeutique. Une telle approche serait préférable à celle présentement utilisée, puisque le contrôle serait plus important. Bien que l’efficacité des greffes fécales ait été démontrée, celles-ci ne constituent pas un traitement parfaitement crédible, puisqu’il manque de contrôle sur la qualité de ce qui est administré aux patients, qu’il y a des variations biologiques d’une administration à l’autre, et que les effets secondaires à long terme ne sont pas connus.

Des greffes fécales ont d’ailleurs déjà été réalisées au Québec, entre autres au Centre hospitalier universitaire (CHU) de Sherbrooke, à l’Hôpital général juif de Montréal et au CHU de Québec. Pour le moment, Santé Canada considère la bactériothérapie fécale comme un « nouveau médicament biologique de recherche ». Il reste que la multiplication, ces dernières années, des études sur le sujet, ainsi que les résultats cliniques encourageants, font de la transplantation fécale un traitement assez prometteur. Qui l’eût cru ?

Vous devez vous identifier ou créer un compte pour écrire des commentaires. Mots-clefs : Clostridium difficile flore intestinale Greffe fécale Troubles intestinaux

Source : http://www.sciencepresse.qc.ca/blogue/2016/06/27/greffes-fecales-rescousse-flore-intestinale

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Annexe 1

Publications sur ISIAS concernant les bactéries du tube digestif ou microbiote

’Notre monde intestinal méconnu : le microbiote humain’ par la Dr Eva Sirinathsinghji

jeudi 30 juillet 2015 par Sirinathsinghji Eva - français

’La flore microbienne intestinale (microbiote) influence la prédisposition et les traitements des cancers’ par la Dr Eva Sirinathsinghji

jeudi 13 août 2015 par Sirinathsinghji Eva - français

’Comment les microbes influencent notre esprit, notre humeur et notre comportement’ par le Dr Eva Sirinathsinghji

dimanche 7 juin 2015 par Sirinathsinghji Eva - français

’Les habitudes alimentaires des parents peuvent avoir une influence sur la santé des générations futures’ par le Dr Eva Sirinathsinghji

lundi 28 mars 2016 par Sirinathsinghji Eva - français

’L’étonnante biodiversité des écosystèmes microbiens et leurs effets sur la santé’ par Jacques Hallard

samedi 1er août 2015 par Hallard Jacques - français

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Annexe 2

  • L’époque géologique du Miocène
    Selon Wikipédia, en géologie, « Le Miocène est la première époque du Néogène et la quatrième de l’ère Cénozoïque. Précédée par l’Oligocène, elle s’étend de 23,03 ± 0,05 à 5,332 ± 0,005 millions d’années1 et est suivie par le Pliocène. Ses bornes ne sont pas identifiées à un évènement global mais plutôt au refroidissement continu depuis l’Oligocène, qui se poursuivra pendant le Pliocène. Le nom « Miocène » a été créé par Charles Lyell à partir du grec μείων (meioon, moins) et καινός (kainos, nouveau), moins récent, car cette période comporte moins d’invertébrés marins modernes que le Pliocène… »

« Plus de 100 espèces d’hominidés existent durant le Miocène. C’est durant cette période que la lignée humaine et la lignée des chimpanzés et autres grands singes se séparent. Le plus ancien fossile de la lignée humaine, le fossile Toumaï (Sahelanthropus tchadensis), est daté d’environ 7 millions d’années. La classification de Toumaï comme ancêtre de la lignée humaine ne fait pas l’unanimité chez les spécialistes. Dans ce cas Toumaï serait seulement très proche de la séparation de la lignée des grands singes actuels et des homininés sans être un ancêtre de l’homme moderne. Les analyses moléculaires montrent que la séparation de ces deux lignées remonte entre 5 et 14 millions d’années ».

Article complet avec notes et références sur le site suivant : https://fr.wikipedia.org/wiki/Mioc%C3%A8ne

  • Vidéo – Au Miocène il y a 15 millions d’années
    Quand des requins géants nageaient dans l’océan tropical, en Bretagne ! Il y a 15 millions d’années (Miocène), notre continent se situait sous les tropiques. Plongez dans la mer, puis glissez à travers une savane peuplée d’éléphants préhistoriques. Un film de synthèse réalisé pour l’exposition ’Roches armoricaines’ de l’Espace des sciences, à Rennes. Source : http://www.espace-sciences.org/explorer/videos/il-y-a-15-millions-d-annees
  • Simulation du climat au Miocène moyen : les conditions environnementales en Europe auraient-elles pu favoriser la migration des Hominoïdes ? – Communiqué de presse du CNRS en date du 14 mai 2012.
    Unique phase de réchauffement global des 30 derniers millions d’années et période majeure dans l’histoire des hominoïdes, le Miocène moyen (17 à 13 Ma1 environ) marque leur première dispersion de l’Afrique vers l’Eurasie, et plus particulièrement vers l’Europe. Jusqu’à présent les conditions climatiques précises associées à cette période restaient inexpliquées. Grâce à la combinaison d’un modèle de climat couplé océan-atmosphère et d’un modèle de végétation, des chercheurs du LSCE (CNRS/CEA/UVSQ), de l’IPHEP (CNRS/Université de Poitiers) et de l’Université de Liège, ont réussi à simuler les changements environnementaux intervenus au Miocène moyen en Europe. Leurs résultats permettent ainsi, pour la première fois, d’identifier les conditions climatiques (température, concentration de CO2, cycle de l’eau, volume de glace) nécessaires au développement de forêts subtropicales en Europe, offrant ainsi un habitat favorable aux hominoïdes en dehors du territoire africain. Ces résultats viennent d’être publiés en ligne par la revue Geology.

Au Miocène moyen (17 à 13 Ma environ), de nombreuses données polliniques et paléobotaniques indiquent, en Europe, la présence de forêts subtropicales, caractéristiques d’un climat plus chaud et plus humide qu’aujourd’hui, avec un contraste saisonnier moins marqué. Unique phase de réchauffement global des 30 derniers millions d’années et période majeure dans l’histoire des hominoïdes2, le Miocène moyen marque leur première dispersion de l’Afrique vers l’Eurasie, et plus particulièrement vers l’Europe. A l’époque, d’importants changements environnementaux, au premier rang desquels le développement de forêts subtropicales, ont offert aux hominoïdes un habitat favorable en Europe.

Jusqu’à présent peu d’informations étaient disponibles sur ces changements. Les conditions climatiques, et donc environnementales, de l’époque restaient inexpliquées. Aucune évaluation de la concentration atmosphérique en CO2 (variation entre 200 et plus de 700 ppmv3) et du volume de glace en Antarctique (variation entre 25% et 70% du volume de la calotte est-antarctique actuelle) n’avait été établie de manière précise et déterminante.

Des chercheurs du LSCE (CNRS/CEA/UVSQ), de l’IPHEP (CNRS/Université de Poitiers) et de l’Université de Liège viennent d’étudier l’impact de ces deux paramètres sur le climat de l’époque et ont réalisé des simulations inédites du climat au Miocène moyen. En se basant sur leurs calculs, les chercheurs ont, pour la première fois, identifié les conditions climatiques (température, cycle de l’eau, volume de glace) et environnementales (forêts subtropicales) favorisant le développement des hominoïdes en Europe. Plus précisément, ces recherches indiquent quelle gamme de CO2 atmosphérique et quel volume de calotte de glace antarctique ont pu conduire à l’extension d’une forêt subtropicale en Europe à l’époque.

En utilisant un modèle de climat couplé océan-atmosphère et un modèle de végétation dynamique4, les chercheurs ont simulé le climat et la végétation en Europe au Miocène moyen pour différents taux de CO2 et différentes configurations de la calotte antarctique. Leurs résultats indiquent qu’un taux de CO2 supérieur à l’actuel est nécessaire pour commencer à développer une forêt subtropicale en Europe.

Plus précisément, la combinaison d’une concentration en CO2 atmosphérique de 560 ppmv et d’un faible volume de glace, soit 25% du volume de la calotte est-antarctique actuelle, contribuerait fortement à produire des conditions climatiques optimales pour le développement de forêts subtropicales en Europe.

Les chercheurs ont également découvert qu’un taux plus fort de CO2 en Europe, équivalent par exemple à 700 ppmv, diminuerait la croissance de végétaux tropicaux. Selon leur modélisation, ce phénomène s’expliquerait par un effondrement de la convection en Atlantique Nord qui perturberait l’apport de chaleur par l’océan sur l’Europe.

De plus, ces résultats révèlent l’impact important au Miocène moyen du volume de glace en Antarctique sur le climat et la végétation européens. En effet, en présence d’un très faible volume de glace en Antarctique, voire en son absence, les changements simulés dans la circulation thermohaline 5 provoqueraient un réchauffement de l’Europe, pouvant ainsi favoriser la croissance et l’expansion des forêts subtropicales, tandis qu’une calotte antarctique similaire à l’actuelle aurait tendance à l’inhiber.

Les chercheurs espèrent désormais expliquer pourquoi le taux de CO2 atmosphérique a augmenté au Miocène moyen alors que depuis le commencement de l’ère tertiaire, la température n’a quasiment pas cessé de baisser de même que la concentration de CO2. De tels résultats constitueraient un élément majeur pour la compréhension du réchauffement observé au Miocène moyen.

Schéma_Climat

Productivité primaire nette (NPP) moyenne des types de plantes subtropicaux de CARAIB en Europe, pour les différentes simulations. Les cartes indiquent le pourcentage de la productivité locale due aux subtropicaux, ainsi que la localisation des sites fossilifères ayant livré des indicateurs de forêt subtropicale (points noirs) et des Hominoïdes (carrés blancs). La barre hachurée (560ppm de CO2 et glace en Antarctique) correspond à l’effet du climat seul, sans effet de fertilisation lié à l’augmentation de la concentration en CO2.

Notes :

1Millions d’années.
2Les hominoïdes, ou Grands Singes, regroupent les Hommes, Chimpanzés, Gorilles, Orangs-outans et Gibbons actuels.
3Partie par millions par unité de volume.
4Modèle de biosphère Terrestre et Modèle de circulation Générale de l’Océan et Atmosphère FOAM (the Fast Ocean Atmosphere Model).
5Il s’agit de la circulation permanente à grande échelle de l’eau des océans engendrée par des écarts de température et de salinité des masses d’eau.

Références :

Growth of subtropical forests in Miocene Europe : The role of carbon dioxide and Antarctic ice volume
N. Hamon, P. Sepulchre, Y. Donnadieu, A.-J. Henrot, L. François, J.-J.Jaeger, and G. Ramstein, Geology.

Contacts :

Presse CNRS l Priscilla Dacher l T 01 44 96 46 06 l priscilla.dacher@cnrs-dir.fr
Presse CEA l Coline Verneau l T 01 64 50 14 88 l coline.verneau@cea.fr

Le CNRS : Centre national de la recherche scientique

Source : http://www2.cnrs.fr/presse/communique/2625.htm

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Annexe 3

Accès à des documents sur les greffes fécales

Sélection à l’aide de Google le 25 juillet 2016

Bactériothérapie fécale — Wikipédia

https://fr.wikipedia.org/wiki/Bactériothérapie_fécale

La bactériothérapie fécale ou fécalothérapie (également nommée « transplantation fécale », « greffe fécale » ou « transfusion fécale » ou pour les anglophones ...

La greffe de matière fécale de plus en plus prise au sérieux - Europe 1

www.europe1.fr › Accueil › santé

23 mars 2016 - La greffe de matière fécale, ou ’bactériothérapie fécale’, suscite de plus en plus d’espoirs chez les scientifiques du monde entier.

La greffe fécale, traitement de poids contre la résistance bactérienne ...

www.sciencesetavenir.fr › Santé

30 mars 2015 - La transplantation du microbiote fécal d’un donneur sain vers un patient souffrant d’une infection bactérienne sévère peut être très efficace.

La greffe fécale plus forte que les antibiotiques ? - Allodocteurs.fr

www.allodocteurs.fr/actualite-sante......

22 oct. 2012 - L’idée peut paraître peu ragoûtante pourtant la transplantation fécale ou bactériothérapie fécale gagne du terrain dans les traitements…

Les personnes atteintes de la maladie de Crohn seront bientôt ...

soocurious.com/fr/greffe-fecale-maladie-crohn/

Nous sommes très intrigués par cette technique de greffe fécale. Nous n’aurions jamais imaginé que cette substance peu ragoûtante pouvait se révéler si ...

[PDF] Transplantation fécale - Swiss Medical Forum

www.medicalforum.ch/docs/smf/2015/4...

fécale », « greffe fécale », « transfusion fécale » et, dans l’espace anglophone, « fecal microbiota transplantation ». (transplantation de microbiote fécal, TMF).

La greffe fécale nous sauvera tous

https://www.vice.com/fr/read/la-g...

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Annexe 4

Flore intestinale : une collection de bactéries – Par la rédaction d’Allodocteurs.fr - Rédigé le 07/04/2009, mis à jour le 13/04/2016 à 14:43

La flore intestinale est l’ensemble des bactéries qu’abrite notre appareil digestif. Quel est son rôle ? De quoi se compose-t-elle ? Quelles sont les conséquences d’un déséquilibre de la flore ? Dans quelles maladies peut-elle être impliquée ?

Photo à voir à la source : Flore intestinale : une collection de bactéries

Sommaire

Marina Carrère d’Encausse et Benoît Thevenet expliquent le rôle de la flore intestinale.

Des milliers de milliards de bactéries peuplent notre intestin. Autrefois appelé flore intestinale, le microbiote intestinal est un incroyable terreau de découvertes scientifiques. Ce microbiote joue un rôle-clé dans la digestion, agit sur le système immunitaire et même sur notre humeur, nos émotions et nos comportements…

Le microbiote intestinal désigne l’ensemble des micro-organismes qui tapissent les 400 m2 de la paroi de nos intestins. Au total, ce sont près de 100.000 milliards de bactéries de 160 espèces différentes qui vivent dans notre ventre. Ces ’bonnes’ bactéries vivent avec nous en parfaite symbiose. Elles se logent principalement dans l’intestin grêle et le côlon, la paroi de l’estomac étant beaucoup trop acide pour accueillir la vie.

Le microbiote est comme une empreinte digitale, il est propre à chacun. Ses bactéries colonisent notre ventre dès notre naissance. En particulier lors de l’accouchement, au contact de la flore vaginale de la mère.

Le microbiote intestinal joue un rôle primordial dans le fonctionnement de notre corps. Il est bien sûr indispensable pour la digestion et l’absorption de certains minéraux et nutriments. Mais des recherches récentes montrent aussi son implication dans le fonctionnement de notre cerveau par exemple. Il pourrait effectivement jouer un rôle dans de nombreuses maladies comme l’autisme, la dépression voire la schizophrénie… C’est pourquoi un déséquilibre du microbiote peut avoir des effets multiples et inattendus sur notre santé.

Protéger des mauvaises bactéries et stimuler le système immunitaire

Des anomalies de la flore intestinale peuvent être responsables de maladies inflammatoires.

En échange du gîte et du couvert que nous leur offrons, ces bactéries nous rendent plusieurs services : aide à la digestion, stimulation de notre système immunitaire, production de vitamines...

Notre tube digestif contient ainsi une armée de microbes qui travaille pour nous, jouant en particulier un rôle important dans la lutte contre les infections.

La flore intestinale peut toutefois aussi être impliquée dans certaines maladies. Elle est, par exemple, modifiée chez les personnes atteintes de la maladie de Crohn ou de la rectocolite hémorragique (maladies inflammatoires du côlon).

Selon certaines études, c’est également le cas chez les personnes obèses. Mais on ne sait pas encore si cette modification de la flore est une cause ou une conséquence de ces pathologies. Les bactéries qui nous habitent restant largement méconnues.

Microbiote intestinal et autisme

Quelles pistes thérapeutiques peuvent découler de l’étude du microbiote de patients autistes ?

Dépression, troubles bipolaires, schizophrénie... Depuis une quinzaine d’années, de nombreuses études internationales dessinent le lien entre perturbations du microbiote intestinal et maladies mentales. En France, une équipe développe un projet novateur sur l’étude du microbiote de patients autistes.

Plusieurs études confirment une perturbation du microbiote chez les patients autistes. ’Environ 50% des patients présentent des symptômes gastro-intestinaux, des douleurs, des diarrhées, des constipations chroniques…’, explique le Dr Alexandru Gaman, psychiatre.

Pour mieux comprendre le lien entre la fragilité du microbiote intestinal et l’autisme, des patients participent à un projet de recherche. Ils fournissent plusieurs échantillons de selles qui sont traités en laboratoire de pointe. La matière fécale est préparée pour être finement analysée. L’objectif étant de lever les secrets de l’ADN du microbiote pour identifier l’ensemble de son empreinte génétique.

On peut avec cette technologie déterminer pour un individu donné, le type de bactéries qu’il a, les quantifier et déterminer précisément la carte d’identité du microbiote avec l’abondance et les fonctions que portent ces bactéries’, confie Emmanuelle Le Chatelier, chercheur-analyste de données.

Une meilleure connaissance des particularités du microbiote intestinal des patients autistes permettrait à terme une meilleure prise en charge de la maladie comme l’affirme le Pr Marion Leboyer, responsable du pôle psychiatrie : ’L’objectif aujourd’hui est de développer des outils qui permettent comme on le fait dans le cancer ou les maladies cardiovasculaires de développer des stratégies de médecine personnalisée en psychiatrie, c’est-à-dire de définir des signatures multi-systèmes biologiques et cliniques pour identifier des sous-groupes de patients qui vont répondre à des thérapeutiques personnalisées et spécifiques en particulier probiotiques si on démontre et si on confirme l’hypothèse qui est la nôtre à savoir qu’il existe des anomalies spécifiques du microbiote chez certains patients autistes’.

Pour l’instant, des travaux prometteurs ont été menés sur des ratons. L’animal qui a reçu un probiotique par voie orale est moins anxieux et explore mieux le labyrinthe par rapport au raton non supplémenté qui exprime un stress. Si on parvient aujourd’hui à moduler le microbiote de l’animal, l’espoir est immense chez l’homme. Et le recrutement de volontaires pour cette étude sur l’autisme se poursuit.

En France, la recherche sur les maladies mentales manque de moyens. Pour les aider, vous pouvez faire un don à la fondation Fondamental.

Chimiothérapie : les bactéries intestinales à la rescousse

Des chercheurs de l’Institut Gustave Roussy, de l’Inserm, l’Inra et l’Institut Pasteur ont montré que les bactéries intestinales amélioraient l’effet de la chimiothérapie sur des souris. Ces travaux menés depuis 2013 ouvrent des perspectives thérapeutiques intéressantes.

Pour l’instant, les bactéries intestinales sont considérées comme des alicaments, des nutriments et il faudrait changer leur statut pour pouvoir en faire des médicaments...

Incontournable pour combattre le cancer, la chimiothérapie reste un traitement lourd pour les patients. Mais ces dernières années, une équipe de chercheurs a fait une découverte majeure qui pourrait en améliorer l’efficacité. Et le secret est à chercher parmi les milliards de bactéries qui peuplent notre intestin.

Pour les étudier, une centaine de patients traités pour des cancers du poumon, du sein, du rein et de la vessie ont fourni la matière première : des échantillons de selles. ’On collecte les selles des patients atteints de cancer afin de déterminer les bactéries présentes dans leur intestin et de voir si certaines bactéries peuvent guider le traitement et permettre de prédire la réponse à ces traitements’, explique le Dr Bertrand Routy, hématologue.

Rendre le traitement plus performant, ce pouvoir inattendu a déjà été observé chez la souris. Chez l’animal, la chimiothérapie entraîne une inflammation qui perturbe l’équilibre du microbiote intestinal. La barrière de l’intestin devient plus poreuse et certaines bactéries la traversent. Elles circulent dans le sang et les ganglions lymphatiques. Alerté par leur présence, l’organisme contre-attaque en créant de super cellules de défense qui se révèlent aussi plus efficaces contre la tumeur.

Pour parvenir à ce résultat, les chercheurs ont comparé plusieurs groupes de souris. ’Si on enlève le microbiote d’une souris soit par un traitement d’antibiotiques, ou si les souris naissent sans microbiote, certaines chimiothérapies ne fonctionnent plus’, constate le Dr Routy. A contrario les souris qui ont reçu par la bouche certaines bactéries intestinales efficaces ont bien répondu au traitement : ’Les bactéries des patients colonisent l’intestin de ces souris. Et on s’est rendu compte qu’un seul groupe de patients avec les bonnes bactéries permettait de restaurer l’activité du médicament par rapport aux deux autres groupes de patients qui n’avaient pas les bonnes bactéries’.

À long terme, il s’agirait d’utiliser les bactéries intestinales comme des médicaments pour supplémenter les patients atteints de cancer comme le précise le Pr Laurence Zitvogel, immunologiste : ’Nous avons l’intention de les utiliser chez des patients qui n’auraient pas ces bactéries au diagnostic pour améliorer la réponse à leur traitement. On appellera ces nouvelles thérapies, non pas des probiotiques anti-cancer, mais des oncobiotiques’.

Dans les trois prochaines années, cette équipe de chercheurs souhaite lancer une étude clinique sur des patients pour continuer à exploiter le potentiel du microbiote intestinal dans la lutte anti-cancer.

Flore intestinale – Source : http://www.allodocteurs.fr/maladies/intestins-et-estomac/flore-intestinale/flore-intestinale-une-collection-de-bacteries_776.html

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Annexe 5

Le rôle des microorganismes intestinaux dans la santé humaine - Document diffusé par ‘EUFIC’ FOOD TODAY 10/2013.

On sait depuis longtemps que les microorganismes de l’intestin humain jouent un rôle important dans la santé digestive. Toutefois, des recherches plus récentes indiquent qu’il est possible que les bactéries intestinales aient une incidence sur d’autres aspects de la santé, dont l’obésité et la santé du métabolisme. 

Les microorganismes dans le corps humain
Les microorganismes occupent différents endroits du corps humain, dont la peau, le nez, la bouche et les intestins. Les intestins humains, notamment, abritent d’énormes quantités de microorganismes, approximativement cent mille milliards de cellules bactériennes, soit environ 10 fois plus que le nombre de cellules humaines.1 Les microorganismes présents dans les intestins sont principalement des bactéries appartenant à plus de 1000 espèces différentes et dont 90% appartiennent à la famille des Firmicutes et des Bacteroidetes.2,3

Chaque personne possède une composition distincte et très variable de microbes intestinaux, bien qu’un groupe de base de ces microorganismes soit commun à tous les individus.2,4 Cette combinaison de microorganismes intestinaux s’appelle la « flore intestinale », alors que la totalité des gènes de la flore s’appelle le « microbiome ». Les gènes du microbiome intestinal sont environ 150 fois plus nombreux que ceux du corps humain.1

Qu’est-ce qui influence la flore intestinale ?

La flore humaine se forme au début de la vie : le fœtus est stérile dans l’utérus et l’exposition aux microorganismes commence avec la naissance, par exemple lors du passage par la filière pelvienne et/ou l’exposition aux microbes présents dans l’environnement. Les bébés nés par césarienne possèdent une flore intestinale différente, dont il a été suggéré qu’elle était moins favorable et qu’elle était associée à un risque accru de maladie, de surpoids et d’obésité par la suite, contrairement aux bébés nés par voie vaginale.5

Bien que la flore soit formée au début de la vie, elle peut évoluer au cours de l’existence, avec des changements liés à l’âge, au régime alimentaire, à l’emplacement géographique, à l’absorption de compléments alimentaires et de médicaments, ainsi qu’à d’autres influences relatives à l’environnement.6 L’excès de graisses corporelles et la maladie sont également associés aux modifications de la flore intestinale.

On sait que le régime alimentaire adopté au début de l’existence, y compris le fait qu’un nourrisson soit nourri au sein ou au lait maternisé, module la composition de la flore intestinale humaine, et on estime que les habitudes alimentaires à long terme exercent un effet considérable qui explique certaines différences géographiques.2

Cela tient au fait que les composants du régime alimentaire, les fibres alimentaires par exemple, sont décomposés par la fermentation bactérienne et utilisés comme combustible. Le fait de consommer de plus grandes quantités de certains composants alimentaires peut démultiplier le nombre de bactéries utilisant ces composants spécifiques comme combustible, ce qui signifie que toute modification de la composition des aliments peut entrainer une modification de la composition de la flore intestinale. La composition des macronutriments (c’est-à-dire, la proportion de protéines, de glucides et de lipides) du régime alimentaire semble avoir une influence, et toute modification du régime alimentaire est susceptible d’entrainer une variation de la flore intestinale.2 Des recherches sont encore en cours afin de déterminer les modalités d’interaction du régime alimentaire avec la flore.

La flore intestinale et la santé

La plupart des recherches effectuées sur la flore humaine portent sur les microorganismes présents dans les intestins, car on estime qu’ils influencent la santé de différentes manières. Il a ainsi pu être démontré que des personnes souffrant de certaines maladies (par exemple : maladie intestinale inflammatoire, syndrome de l’intestin irritable, allergie) ont une flore différente de celle des personnes en bonne santé, bien que dans la plupart des cas, il soit impossible de dire si la modification de la flore est une cause ou une conséquence de la maladie en question. Les types de flore intestinale associés à la bonne santé sont toutefois plus difficiles à définir.6

La composition de la flore intestinale est très variable, même entre sujets sains. Les chercheurs ont découvert que même si la composition varie d’un individu à un autre, des compositions différentes peuvent exercer des fonctions similaires (par exemple sur la manière dont les microorganismes décomposent certains composés du régime alimentaire ou sur la façon dont ils agissent sur le système immunitaire de l’organisme). C’est pourquoi il a été suggéré que la fonction de la flore intestinale, plutôt que sa composition, était plus importante pour la santé.6

Les microorganismes présents dans les intestins jouent un rôle crucial pour la santé digestive, mais ils influencent également le système immunitaire. Les tissus immunitaires du tube digestif constituent la partie la plus vaste et la plus complexe du système immunitaire humain. La muqueuse intestinale est une grande surface bordant les intestins, exposée aux antigènes pathogènes (à l’origine de maladies) et non-pathogènes de l’environnement (substances déclenchant la production d’anticorps par le système immunitaire). Dans la lumière intestinale, les microorganismes jouent un rôle crucial pour le développement d’un système immunitaire robuste et équilibré.3

La modification de la flore intestinale d’un individu, qui peut survenir lors de la prise de certains antibiotiques par exemple, peut accroitre les risques d’infection par des pathogènes opportunistes, tels que le Clostridium difficile.6

Ces dernières années, les chercheurs ont établi un lien entre la flore intestinale et le poids corporel. Bien que la majeure partie des recherches en soit encore à ses débuts, des études ont révélé que des personnes obèses ont tendance à posséder une composition quelque peu différente de bactéries intestinales par rapport à des individus minces.7,8,4

On ignore actuellement si la composition de la flore modifiée est une cause ou une conséquence de l’obésité. Des études démontrent que la composition de la flore intestinale évolue selon la perte et/ou la prise de poids ; toutefois, l’importance de ces modifications pour la santé humaine fait encore débat.8

Certains chercheurs ont suggéré que la flore des personnes obèses peut aider l’organisme à augmenter la quantité d’énergie « récoltée » à partir des aliments, ce qui suggère que certaines structures de flore intestinale peuvent augmenter la probabilité de devenir obèse.2,4

Cependant, cette théorie fait encore débat et de nouvelles études sont nécessaires afin d’en vérifier l’exactitude. La plupart des données relatives à l’association entre flore intestinale et risque d’obésité proviennent pour l’instant d’études menées sur les animaux. Les constatations issues des études menées sur des animaux indiquent que la flore d’une personne « obèse » (c’est-à-dire, certaines compositions de la flore, telles qu’elles sont présentes chez une personne obèse) peut entrainer un surcroit d’obésité et des changements métaboliques défavorables lorsqu’elle est transposée sur des souris minces et stériles.2,4

Bien que les modèles animaux fournissent des éclairages intéressants, aucune conclusion directe ne peut être tirée de ces associations chez les humains. Ce domaine de recherche est assez nouveau et de nouvelles études, notamment chez l’homme, s’avèrent nécessaires afin de comprendre comment et dans quelle mesure la composition des microorganismes dans les intestins influence les différentes fonctions métaboliques de l’organisme.

Les probiotiques et les prébiotiques

Les probiotiques se définissent comme des microorganismes vivants qui, lorsqu’ils sont administrés selon des quantités appropriées, peuvent apporter un bienfait pour la santé. De nombreux types de probiotiques ont été étudiés. Certains éléments portent à croire que certains probiotiques sont efficaces pour l’amélioration des symptômes du syndrome de l’intestin irritable, de la colite ulcéreuse (une forme de maladie intestinale inflammatoire), et de maladies infectieuses, ainsi que pour la réduction du risque de développement d’un eczéma et d’autre états allergiques.9,10

Les individus sains peuvent également tirer parti de la prise de probiotiques : certains éléments tendent à suggérer que les probiotiques peuvent réduire les risques de maladies infectieuses, y compris les infections des voies respiratoires supérieures, chez les populations saines.9 Les effets des probiotiques sont généralement spécifiques à la souche de bactérie probiotique utilisée. Cela signifie que si l’on découvre les effets d’une souche probiotique, aucune conclusion ne peut en être tirée quant aux effets potentiels d’autres souches probiotiques.10

Bien qu’il existe des preuves importantes démontant l’effet positif de souches probiotiques spécifiques sur certaines affections, telles qu’une infection au Clostridium difficile ou une colite ulcéreuse, pour d’autres problèmes de santé les études existantes ne sont pas concluantes, et de nouvelles études seront nécessaires afin de confirmer les bienfaits des probiotiques, notamment chez les sujets sains.

L’Autorité européenne de sécurité des aliments, qui fournit des conseils scientifiques à la Commission européenne, a rejeté jusqu’à présent toute allégation de santé en vue d’une utilisation dans des produits alimentaires suggérant que les individus en bonne santé tirent profit de la prise de probiotiques. D’autres recherches sont en cours avec des technologies plus modernes et des bio-marqueurs spécifiques, susceptibles d’aider à comprendre si, et de quelle manière, les individus tirent profit de l’utilisation des probiotiques.

Bien que l’on ne connaisse pas encore précisément la manière exacte dont les probiotiques agissent sur la santé, il a été suggéré que les probiotiques pourraient posséder la capacité d’influencer la fonction, plus que la composition, de la flore.6,9 Si tel était le cas, le fait de consommer des probiotiques pourrait avoir une incidence sur la santé, même lorsqu’il n’y a aucun changement dans la composition de la flore intestinale.6

Les prébiotiques

Les prébiotiques sont des composants alimentaires non-digestibles utilisés de manière sélective par les bactéries intestinales à des fins de fermentation. Cela signifie que les bactéries associées à des bienfaits pour la santé peuvent être ciblées de manière spécifique. Il semble bien établi que les prébiotiques peuvent induire des modifications de la flore intestinale, mais on ignore encore la manière exacte dont l’utilisation des prébiotiques peut modifier la composition et la fonction de la flore intestinale, le degré de stabilité de ces changements, ainsi que la signification de toute modification de la flore pour la santé humaine ; ceci devra faire l’objet de nouvelles recherches.6

Effets des antibiotiques sur la flore intestinale

La prise d’antibiotiques peut entrainer des désordres de la flore intestinale. Ceci est dû à leur effet différentiel sur les différents types de bactéries présentes dans les intestins ; des bactéries spécifiques sont en effet particulièrement sensibles, ou résistantes, à l’antibiotique en question.6 Ceci peut entrainer des diarrhées associées aux antibiotiques et peut, en milieu hospitalier, augmenter le risque de développement d’une forme plus grave de diarrhée causée par le pathogène Clostridium difficile.

L’impact des antibiotiques est généralement de courte durée, mais des désordres de la flore intestinale pendant de longues périodes ont également été constatés.6 Certains éléments indiquent que la prise de probiotiques pendant un traitement antibiotique peut réduire les risques de développer des diarrhées associées aux antibiotiques.11

Conclusion

Les microorganismes présents dans les intestins humains sont sans aucun doute essentiels pour la santé humaine. Les domaines de la santé humaine qui sont influencés par nos « habitants », ainsi que la manière exacte et la mesure dans laquelle ils subissent cette influence restent à déterminer, tout comme la manière dont la composition et/ou la fonction de la flore pourrai(en)t être manipulée(s) afin d’en tirer des bienfaits spécifiques pour la santé.

Références

  • Wu GD & Lewis JD (2013). Analysis of the human gut microbiome and association with disease (Analyse du microbiome intestinal humain et de son association à la maladie). Clinical Gastroenterology Hepatology 11(7):774-777.
  • Tremaroli V & Bäckhed F (2012). Functional interactions between the gut microbiota and host metabolism (Interactions fonctionnelles entre la flore intestinale et le métabolisme de l’hôte). Nature 489:242-249.
  • Robles Alonso V & Guarner F (2013). Linking the gut microbiota to human health (Les liens entre la flore intestinale et la santé humaine). British Journal of Nutrition 109:S21-S26.
  • Molinaro, Paschetta E, Cassader M, et al. (2012). Probiotics, prebiotics, energy balance, and obesity – mechanistic insights and therapeutic implications (Probiotiques, prébiotiques, équilibre énergétique et obésité : éclairages mécanistes et implications thérapeutiques). Gastroenterology Clinics of North America 41(4):843-854.
  • Li H-t, Zhou YB & Liu JM (2013). The impact of cesarean section on offspring overweight and obesity : a systematic review and meta-analysis (L’impact de la césarienne sur le surpoids et l’obésité des enfants : analyse systématique et méta-analyse). International Journal of Obesity 37(7):893-899.
  • Bäckhed F, Fraser CM, Ringel Y, et al. (2012). Defining a healthy human gut microbiome : current concepts, future directions, and clinical applications (Définition d’un microbiome intestinal humain en bonne santé : concepts actuels, orientations à venir et applications cliniques). Cell Host Microbe 12(5):611-622.
  • Fava F, Gitau R, Griffin BA, et al. (2013). The type and quantity of dietary fat and carbohydrate alter faecal microbiome and short-chain fatty acid excretion in a metabolic syndrome ’at-risk’ population (Le type et la quantité de graisses alimentaires et de glucides modifient le microbiome fécal et l’excrétion des acides gras à chaîne courte chez les populations « exposées » au syndrome métabolique). International Journal of Obesity 37(2):216-223.
  • Clarke SF, Murphy EF, Nilaweera K, et al. (2012). The gut microbiota and its relationship to diet and obesity (La flore intestinale et sa relation avec le régime alimentaire et l’obésité). Gut Microbes 3(3):186-202.
  • Sanders ME, Guarner F, Guerrant R, et al. (2013). An update on the use and investigation of probiotics in health and disease (Point sur l’usage et la recherche sur les probiotiques en matière de santé et de maladie). Gut 62(5):787-796.
  • Weichselbaum E (2009). Probiotics and health : a review of the evidence (Probiotiques et santé : analyse de la situation). Nutrition Bulletin 34:340-373.
  • Hempel S, Newberry SJ, Maher AR, et al. (2012). Probiotics for the prevention and treatment of antibiotic-associated diarrhea : a systematic review and meta-analysis (Les probiotiques pour la prévention et le traitement des diarrhées liées aux antibiotiques : analyse systématique et méta-analyse). Journal of the American Medical Association 307(18):1959-1969.
    Source : http://www.eufic.org/article/fr/artid/Le_role_des_microorganismes_intestinaux_dans_la_sante_humaine/

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Annexe 6

L’évolution des bactéries intestinales indique une séparation chez les espèces de primates – Les micro-organismes ont peut-être joué un rôle dans la formation des singes, vers l’évolution humaine.

Titre original :’Evolution of gut bacteria tracks splits in primate species - Microbes may have played role in shaping ape, human evolution’. Note d’actualités dAmy McDermott , 21 juillet 2016. Texte en anglais à la suite.

silhouettes of primates

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EASY RIDER Gut bacteria have been passed down from the ancestors of humans and African apes for millennia, evolving alongside their hosts, says a new study that looked at bacteria from gorillas, bonobos, chimpanzees and humans. 

Référence : J. Segre and N. Salafsky/Science 2016 

Microbes may have played a role in making us, us. A new study shows similar patterns in the evolution of gut bacteria and the primates they live in, suggesting that germs and apes could have helped shaped one another. For at least 10 million years, bacteria have been handed down from the common ancestor of humans and African apes. As apes split into separate species, so did the microbes inside them, researchers report July 22 in Science. Now, relationships between gut bacterial species mirror the family tree of gorillas, humans, bonobos and chimpanzees.

Germs are a piece of our history, says evolutionary biologist Andrew Moeller who led the study while at both the University of Texas at Austin and the University of California, Berkeley. “Just like genes we’ve inherited from our ancestors,” he says, “we’ve inherited some of our bacteria from our ancestors as well.”

It’s well known that bacteria are key to human health (SN : 04/02/16, p. 23). They play major roles in the immune system and development. But very few researchers have turned to the past, Moeller says, to ask how humans got those handy bacteria in the first place. His team studied three families of bacteria living in the feces of people from Connecticut, as well as in that of wild chimps, bonobos and gorillas. The scientists used DNA evidence to build relationship trees for each bacterial family, then compared each tree with known relationships between humans and close primate relatives.

Two of three bacterial trees matched primate relationships. For those families, closely related bacteria live in closely related primates. For humans, “the closest relatives of our gut bacteria live in chimpanzees,” Moeller says, “just like our closest relatives are chimps.”

Scientists would expect that pattern to match only if apes and bacteria split into new species in unison. The fact that apes and bacteria split at roughly the same time, while bacteria were living inside of ape species, implies that they were influencing each other, and therefore that the evolution of one group could shape the evolution of the other.

Changing bacteria may have “allowed us to evolve,” says microbial geneticist Julia Segre of the National Human Genome Research Institute in Bethesda, Md., who was not involved in the new work. She and conservationist Nick Salafsky of the nonprofit Foundations of Success, also in Bethesda, wrote a perspective on it in the same issue of Science

A “very intimate relationship with bacteria,” she says, “is part of who we are.” While the researchers agree that humans and bacteria probably shaped each other’s evolution, they caution that it’s too soon to tell if (and how) ancient apes and microbes changed each other. Those ancient relationships may get harder to study over time. Industrialization and antibiotics have reduced the diversity of bacteria living in and on humans, Moeller says. And while the microbes in this study have stuck around, other groups may have disappeared or changed dramatically.

One caveat, Segre says, is that humans have been exposed to antibiotics and modern life. Wild African apes might still have their ancient gut flora, but people in Connecticut might not (SN : 12/13/14, p. 10). It’s especially important to do studies like this now, she says, “because it’s not going to get better.”

In the future, Moeller says, researchers should look deeper into the past to see if the gut bacteria living in all mammals share one common ancestor. Scientists could also go the other way, he says, to see if more recently divided human populations also have characteristic gut bacteria.

Références

A. Moeller et al. Cospeciation of gut microbiota with hominids. Science. Vol 353, July 2016, p. 380. doi : 10.1126/science.aaf3951.

J. Segre and N. Salafsky. Hominid superorganisms. Science. Vol 353, July 2016, p. 350. doi : 10.1162/science.aag2788.

Further Reading

R. Ehrenberg. Post-stroke shifts in gut bacteria could cause additional brain injury. Science News Online, July 12, 2016. 

L. Sanders. Microbes can play games with the mindScience News. Vol. 189, April 2, 2016, p. 23.

T.H. Saey. Gut microbes less diverse in humans than in apes. Science News. Vol. 186, December 13, 2014, p. 10. 

S. Milius. Gut microbes may put barrier between speciesScience News. Vol. 184, August 10, 2013, p. 13.

Source : https://www.sciencenews.org/article/evolution-gut-bacteria-tracks-splits-primate-species

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Auteur : Jacques HALLARD, Ingénieur CNAM, consultant indépendant – 01/08/2016

Site ISIAS = Introduire les Sciences et les Intégrer dans des Alternatives Sociétales

http://www.isias.lautre.net/

Adresse : 585 Chemin du Malpas 13940 Mollégès France

Courriel : jacques.hallard921@orange.fr

Fichier :ISIAS Santé Des bactéries intestinales datées du Miocène et la transplantation fécale.7

Mis en ligne par Pascal Paquin de Yonne Lautre, un site d’information, associatif et solidaire(Vie du site & Liens), un site inter-associatif, coopératif, gratuit, sans publicité, indépendant de tout parti,

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