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"Les pommes issues de l’agriculture biologique (AB) ont un microbiome plus diversifié que les pommes cultivées avec des protections chimiques et elles pourraient être meilleures pour une bonne santé intestinale" par GMWatch

Traduction et compléments de Jacques Hallard

vendredi 8 novembre 2019, par GMWatch


ISIAS AB

Les pommes issues de l’agriculture biologique (AB) ont un microbiome plus diversifié que les pommes cultivées avec des protections chimiques et elles pourraient être meilleures pour une bonne santé intestinale selon les conclusions d’une nouvelle étude

L’article d’origine a été publié par GMWatch le 07 octobre 2019 sous le titre « Organic apples have more diverse microbiome than chemically grown ones  » et il est accessible sur ce site : https://gmwatch.org/en/news/latest-news/19160-organic-apples-have-more-diverse-microbiome-than-chemically-grown-ones

Apples on tree

Selon une nouvelle étude (voir le résumé ci-dessous), les microbiomes (populations bactériennes) de pommes biologiques contiennent une communauté bactérienne qui est plus diversifiée, plus équilibrée et plus recommandable pour la santé que les pommes qui proviennent d’une culture avec emploi de produits chimiques de protection. Cela pourrait aussi les rendre plus saines et meilleures pour l’environnement, bien que ces aspects n’aient pas été testés dans l’étude.

[Selon Wikipédia, « Le microbiome (du grec micro, «  petit  », et bios, «  vie  ») est l’« aire biotique » (aire de vie) du microbiote, le mot microbiote désignant ici les espèces autrefois regroupées sous le terme « microflore », c’est-à-dire celles qui prédominent ou sont durablement adaptées à la surface et à l’intérieur d’un organisme vivant1. Ce terme est introduit en 2001 par le généticien et microbiologiste américain Joshua Lederberg pour intégrer la notion d’une communauté écologique comprenant symbiotes, commensaux et pathogènes partageant l’espace corporel humain, dans le but de reconnaître leur fonction de déterminants de la santé et de la maladie2. En anglais, le terme microbiome fait référence aux génomes (données génétiques) d’un microbiote. Cette définition ne semble cependant pas faire consensus parmi les auteurs français : d’après Pascale Cossart « on parle de ’microbiote’ pour désigner l’ensemble des espèces microbiennes présentes dans un environnement, et de ’microbiome’ quand il s’agit de l’ensemble des gènes présents dans ce microbiote »3… » - Source : https://fr.wikipedia.org/wiki/Microbiome ].

Suite de l’article traduit - « Les bactéries, les champignons et les virus présents dans nos aliments colonisent temporairement nos intestins », a déclaré la principale auteure de cette étude, la professeure Gabriele Berg, de l’Université de technologie de Graz, en Autriche. « La cuisson tue la plupart d’entre eux. Les fruits et légumes crus sont donc une source particulièrement importante de microbes intestinaux ».

L’équipe du professeur Gabriele Berg a analysé le microbiome de différents tissus (tige, pelure, pulpe de fruit, graines et calice) de pommes issues de la culture biologique et de la culture chimique conventionnelle. Ils ont comparé les bactéries présentes dans les pommes cultivées chimiquement achetées en magasin avec les pommes biologiques fraîches.

Les chercheurs ont découvert que les pommes biologiques et chimiques hébergeaient un nombre similaire de bactéries, soit environ 100 millions de corps bactériens. La plupart étaient situées dans les graines, le reste dans la chair. Cependant, les pommes biologiques hébergeaient une communauté bactérienne plus diversifiée et bien distincte, par rapport à celles qui avaient été cultivées chimiquement.

La professeure Gabriele Berg a commenté : « Cette diversité et cet équilibre devraient limiter la prolifération d’une espèce donnée, et des études antérieures avaient montré une corrélation négative entre l’abondance des agents pathogènes humains et la diversité dans le microbiome des produits frais ». Comme le précisent les chercheurs dans leur article, « le microbiome très diversifié de pommes gérées de manière biologique pourrait probablement limiter ou entraver l’abondance d’agents pathogènes humains, simplement en les supplantant ».

Des types spécifiques de bactéries connues pour affecter la santé différaient également entre les pommes biologiques et les pommes cultivées chimiquement, les produits biologiques semblant propices à une meilleure santé. Escherichia Shigella, un groupe de bactéries comprenant des agents pathogènes, a été trouvé dans la plupart des pommes cultivées chimiquement, mais pas dans les pommes biologiques. Pour les lactobacilles, qui sont des bactéries bénéfiques, l’inverse a été observé.

[D’après Wikipédia, « Les shigelles, les bactéries du genre Shigella, sont des Enterobacteriaceae pathogènes strictes, rencontrées exclusivement chez l’être humain.
Elles ont été nommées ainsi en l’honneur du bactériologiste japonais Kiyoshi Shiga. L’espèce Shigella dysenteriae est responsable de la dysenterie bacillaire ou shigellose. Les Shigella sont des bactéries très proches d’Escherichia coli… » - Source : https://fr.wikipedia.org/wiki/Shigelle ].

[D’après l’Institut Pasteur France, « La shigellose est une maladie diarrhéique qui sévit surtout dans les régions tropicales. Elle est endémique toute l’année dans les pays en développement, avec des poussées épidémiques à certaines saisons ou lors de désastres humanitaires. La shigellose tue plusieurs centaines de milliers d’individus dans le monde par an, surtout des enfants de moins de 5 ans. En 2014, le Centre national de référence de l’Institut Pasteur a identifié plus de 900 souches de Shigella…- Cause Symptômes Transmission Traitement et prophylaxie A l’Institut Pasteur - Voir toutes les fiches maladies - Aidez-nous à faire avancer la recherche > Faites un don ! – Source : https://www.pasteur.fr/fr/centre-medical/fiches-maladies/shigellose ].

Les chercheurs ont commenté ainsi les modèles microbiens dans les pommes biologiques : « Considérant que des signatures microbiennes spécifiques peuvent potentiellement réduire les allergies alimentaires ... le microbiome natif des pommes biologiques et non transformées pourrait être un moyen avantageux pour gérer et prévenir les maladies se traduisant par des allergies ».

Les chercheurs ont également suggéré que les différences entre les bactéries pourraient expliquer pourquoi les pommes biologiques ont souvent un meilleur goût : le genre bactérien Methylobacterium, qui est connu pour améliorer la biosynthèse de composés aromatisés à la fraise, était plus abondant dans les pommes biologiques.

[D’après Wikipédia, « Methylobacterium radiotolerans est une bactérie Gram négatif aérobie en forme de bâtonnet. La couleur rose très caractéristique de ses colonies est due aux caroténoïdes qu’elle produit. Elle produit également de la bactériochlorophylle. Le genre Methylobacterium est divisé en deux groupes selon l’activité métabolique basse ou élevée des espèces. M. radiotolerans appartient au groupe à activité métabolique élevée… » - Source : https://fr.wikipedia.org/wiki/Methylobacterium_radiotolerans

Les pommes biologiques testées étaient plus fraîches que les pommes cultivées chimiquement, car ces dernières avaient été emballées et réfrigérées quelques jours avant l’analyse, tandis que les premières avaient été analysées immédiatement après la récolte. Les pommes provenaient de différentes fermes de la même région autrichienne.

Les chercheurs ont toutefois indiqué que leurs résultats concordaient avec ceux d’une autre étude récente sur les communautés fongiques présentes dans les pommes, qui ont révélé que les différences étaient associées à différents tissus et aux pratiques de gestion à la ferme.

Les chercheurs ont conclu : « Les pommes provenant de l’agriculture biologique (AB) ont des effets favorables sur la santé des consommateurs, de la plante hôte et de l’environnement, contrairement aux pommes conventionnelles, protégées par des produits phytosanitaires, qui hébergent des agents pathogènes potentiels d’origine alimentaire ».

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An Apple a Day : Which Bacteria Do We Eat With Organic and Conventional Apples ? (Une pomme par jour : quelles bactéries mangeons-nous avec les pommes biologiques et conventionnelles ?) - Birgit Wassermann, Henry Müller et Gabriele Berg
Frontiers in Microbiology, 24 juillet 2019 - https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.01629

Les pommes sont parmi les fruits les plus consommés dans le monde. Elles représentent une source d’exposition humaine directe aux communautés bactériennes, moins étudiée. Nous avons analysé le microbiome de pommes afin de détecter les différences entre les tissus et l’impact de la gestion agricole, biologique et conventionnelle, par une approche combinée de l’analyse d’amplicon de gène d’ARNr 16S et de la qPCR, ainsi que la visualisation par hybridation in situ en fluorescence et microscopie confocale à balayage laser (FISH-CLSM).

Chaque pomme contient différents tissus (tige, peau, pulpe de fruit, graines et calice), qui ont été colonisés par des communautés bactériennes distinctes. Fait intéressant, la pulpe et les graines de fruits étaient des points de forte concentration bactérienne, alors que la peau était la moins colonisée. Au total, environ 108 copies de gènes de bactéries ARNr 16S ont été déterminées dans chaque gramme de pomme. Les pratiques de gestion agricole n’ont pas influencé les fréquences, mais nous avons constaté une forte réduction de la diversité bactérienne et de la régularité des pommes gérées de manière conventionnelle.

En outre, malgré une structure similaire, dominée en général par des protéobactéries (80%), des bactéroïdes (9%), des Actinobactéries (5%) et des Firmicutes (3%), des déplacements importants de près de 40% des genres et des ordres de bactéries ont été recherchés. Parmi eux, les signatures bactériennes connues pour leurs effets néfastes sur la santé se sont révélées plus efficaces dans les pommes traitées de manière conventionnelle. Nos résultats suggèrent que nous consommons environ 100 millions de cellules bactériennes avec une pomme. Bien que cette quantité soit la même, la composition bactérienne était significativement différente chez les pommes provenant des deux systèmes de production, biologique et conventionnelle.

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Traduction avec ajout de compléments d’informations et intégration de liens hypertextes : Jacques HALLARD, Ingénieur CNAM, consultant indépendant 06/11/2019

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Fichier : ISIAS AB Organic apples have more diverse microbiome than chemically grown ones French version.2

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